analysis filtered

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.23.3%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%20%20%20%20if%20'pyodide'%20in%20sys.modules%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20micropip%0A%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B'plotly'%2C%20'lifelines'%2C%20'statsmodels'%2C%20'pyarrow'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20keep_going%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20plotly.graph_objects%20as%20go%0A%20%20%20%20import%20plotly.express%20as%20px%0A%20%20%20%20from%20scipy.stats%20import%20chi2_contingency%0A%20%20%20%20import%20statsmodels.api%20as%20sm%0A%0A%20%20%20%20return%20chi2_contingency%2C%20go%2C%20mo%2C%20np%2C%20pd%2C%20px%2C%20sm%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Ovarian%20Cancer%20Treatment%20and%20Insurance%20Analysis%0A%0A%20%20%20%20**Research%20Question%3A**%20How%20do%20insurance%20characteristics%20(payer%20type%2C%20plan%20design)%20relate%20to%20treatment%20patterns%20for%20ovarian%20cancer%20patients%20receiving%20PARP%20inhibitors%20and%2For%20bevacizumab%3F%0A%0A%20%20%20%20**Analysis%20Approach%3A**%0A%20%20%20%201.%20Define%20cohort%20and%20describe%20patient%20characteristics%0A%20%20%20%202.%20Characterize%20treatment%20patterns%20(PARP%2C%20bevacizumab%2C%20both%2C%20or%20neither)%0A%20%20%20%203.%20Examine%20treatment%20variation%20by%20insurance%20type%0A%20%20%20%204.%20Formal%20statistical%20testing%20of%20treatment-insurance%20relationships%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_(mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20import%20sys%20as%20_sys%0A%20%20%20%20import%20io%20as%20_io%0A%0A%20%20%20%20_DATA%20%3D%20'data-filtered'%0A%0A%20%20%20%20if%20'pyodide'%20in%20_sys.modules%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20js%20as%20_js%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20pyodide.http%20import%20pyfetch%20as%20_pyfetch%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_href%20%3D%20str(_js.location.href)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20In%20a%20web%20worker%2C%20location.href%20is%20the%20*worker%20script*%20URL%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20(e.g.%20...%2Fassets%2Fworker-xyz.js)%2C%20not%20the%20page%20URL.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Strip%20%2Fassets%2F...%20to%20get%20the%20deployment%20root.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20'%2Fassets%2F'%20in%20_href%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_base%20%3D%20_href%5B%3A_href.index('%2Fassets%2F')%5D%20%2B%20'%2F'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_base%20%3D%20_href%5B%3A_href.rfind('%2F')%20%2B%201%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20async%20def%20_load(name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_url%20%3D%20f'%7B_base%7D%7B_DATA%7D%2F%7Bname%7D'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_resp%20%3D%20await%20_pyfetch(_url)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_raw%20%3D%20await%20_resp.bytes()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_raw)%20%3C%204%20or%20_raw%5B%3A4%5D%20!%3D%20b'PAR1'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Not%20parquet%20%E2%80%94%20status%3D%7B_resp.status%7D%20url%3D%7B_url%7D%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22first_bytes%3D%7B_raw%5B%3A40%5D!r%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pd.read_parquet(_io.BytesIO(_raw))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20diagnosis_df%20%3D%20await%20_load('diagnosis.parquet')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20medication_ingredient_df%20%3D%20await%20_load('medication_ingredient.parquet')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20patient_df%20%3D%20await%20_load('patient.parquet')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tumor_df%20%3D%20await%20_load('tumor.parquet')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr_raw%20%3D%20await%20_load('member_enrollment.parquet')%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_load(name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pd.read_parquet(f'%7B_DATA%7D%2F%7Bname%7D')%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20diagnosis_df%20%3D%20_load('diagnosis.parquet')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20medication_ingredient_df%20%3D%20_load('medication_ingredient.parquet')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20patient_df%20%3D%20_load('patient.parquet')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tumor_df%20%3D%20_load('tumor.parquet')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr_raw%20%3D%20_load('member_enrollment.parquet')%0A%20%20%20%20_cutoff%20%3D%20pd.Timestamp('2026-01-01')%0A%20%20%20%20_bad%20%3D%20_enr_raw%5B'termination_date'%5D%20%3E%3D%20_cutoff%0A%20%20%20%20member_enrollment_df%20%3D%20_enr_raw%5B~_bad%5D.copy()%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Enrollment%20filter%3A**%20removed%20%7B_bad.sum()%3A%2C%7D%20of%20%7Blen(_enr_raw)%3A%2C%7D%20records%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22with%20%60termination_date%20%E2%89%A5%202026-01-01%60%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22(%7B_bad.sum()%20%2F%20len(_enr_raw)%20*%20100%3A.4f%7D%25).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Blen(member_enrollment_df)%3A%2C%7D%20records%20remain.%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20diagnosis_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20medication_ingredient_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20member_enrollment_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20patient_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tumor_df%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(diagnosis_df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Identify%20patients%20with%20C56%20(ovarian%20cancer)%20diagnosis%2C%20from%202012%20onward%0A%20%20%20%20earliest_c56%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20diagnosis_df%5Bdiagnosis_df%5B'code'%5D.str.startswith(('C56'%2C%20'183.0')%2C%20na%3DFalse)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values('date')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('patient_id'%2C%20as_index%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.first()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%5B'patient_id'%2C%20'code'%2C%20'date'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B'date'%3A%20'earliest_diagnosis_date'%2C%20'code'%3A%20'diagnosis_code'%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.loc%5Blambda%20df%3A%20df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D%20%3E%3D%20'2012-01-01'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Total%20patients%20with%20C56%20diagnosis%20(%E2%89%A52012)%3A**%20%7Blen(earliest_c56)%3A%2C%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Date%20range%3A**%20%7Bearliest_c56%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.min()%7D%20to%20%7Bearliest_c56%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.max()%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(earliest_c56%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(earliest_c56%2C%20medication_ingredient_df%2C%20member_enrollment_df%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Filter%20enrollment%20to%20C56%20cohort%20patients%20only%0A%20%20%20%20c56_ids%20%3D%20earliest_c56%5B'patient_id'%5D%0A%20%20%20%20c56_enrollment_df%20%3D%20member_enrollment_df%5Bmember_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.isin(c56_ids)%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Medication%20codes%0A%20%20%20%20PARP_CODES%20%3D%20%5B'1597982'%2C%20'1918231'%2C%20'1862579'%5D%0A%20%20%20%20BEVACIZUMAB_CODE%20%3D%20%5B'253337'%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Helper%20function%20to%20match%20medications%20to%20enrollment%20periods%0A%20%20%20%20def%20add_treatment_flag(enrollment_df%2C%20medication_df%2C%20codes%2C%20treatment_name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Add%20boolean%20flag%20and%20start%20date%20for%20treatment%20within%20enrollment%20period.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20meds%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20medication_df%5Bmedication_df%5B'code'%5D.isin(codes)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%5B'patient_id'%2C%20'start_date'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B'start_date'%3A%20f'%7Btreatment_name%7D_start_date'%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20merged%20%3D%20enrollment_df.merge(meds%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'left')%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Check%20if%20treatment%20started%20within%20enrollment%20period%0A%20%20%20%20%20%20%20%20within_period%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(merged%5Bf'%7Btreatment_name%7D_start_date'%5D%20%3E%3D%20merged%5B'effective_date'%5D)%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(merged%5Bf'%7Btreatment_name%7D_start_date'%5D%20%3C%3D%20merged%5B'termination_date'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20merged%5Btreatment_name%5D%20%3D%20within_period.fillna(False)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20merged.loc%5B~merged%5Btreatment_name%5D%2C%20f'%7Btreatment_name%7D_start_date'%5D%20%3D%20pd.NaT%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20merged%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20treatment%20flags%20to%20enrollment%20data%0A%20%20%20%20enrollment_with_treatments%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20c56_enrollment_df%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.pipe(add_treatment_flag%2C%20medication_ingredient_df%2C%20PARP_CODES%2C%20'PARP')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.pipe(add_treatment_flag%2C%20medication_ingredient_df%2C%20BEVACIZUMAB_CODE%2C%20'bevacizumab')%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Reorder%20columns%20for%20clarity%0A%20%20%20%20treatment_cols%20%3D%20%5B'PARP'%2C%20'PARP_start_date'%2C%20'bevacizumab'%2C%20'bevacizumab_start_date'%5D%0A%20%20%20%20base_cols%20%3D%20%5B'patient_id'%2C%20'effective_date'%2C%20'termination_date'%5D%0A%20%20%20%20other_cols%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20enrollment_with_treatments.columns%20if%20c%20not%20in%20base_cols%20%2B%20treatment_cols%5D%0A%0A%20%20%20%20enrollment_with_treatments%20%3D%20enrollment_with_treatments%5Bbase_cols%20%2B%20treatment_cols%20%2B%20other_cols%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Total%20enrollment%20periods%20(before%20deduplication)%3A**%20%7Blen(enrollment_with_treatments)%3A%2C%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Periods%20with%20PARP%3A**%20%7Benrollment_with_treatments%5B'PARP'%5D.sum()%3A%2C%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Periods%20with%20bevacizumab%3A**%20%7Benrollment_with_treatments%5B'bevacizumab'%5D.sum()%3A%2C%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(enrollment_with_treatments%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(earliest_c56%2C%20enrollment_with_treatments%2C%20mo%2C%20np%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Join%20enrollment%20data%20with%20diagnosis%20dates%0A%20%20%20%20_enr%20%3D%20enrollment_with_treatments.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20earliest_c56%5B%5B'patient_id'%2C%20'earliest_diagnosis_date'%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on%3D'patient_id'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20how%3D'inner'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20Insurance%20at%20diagnosis%3A%20enrollment%20period%20covering%20the%20diagnosis%20date%20---%0A%20%20%20%20_ins_cols%20%3D%20%5B'payer_type'%2C%20'plan_design'%2C%20'medical_eligible'%2C%20'rx_eligible'%2C%20'source_id'%5D%0A%20%20%20%20_at_diag%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(_enr%5B'earliest_diagnosis_date'%5D%20%3E%3D%20_enr%5B'effective_date'%5D)%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(_enr%5B'earliest_diagnosis_date'%5D%20%3C%3D%20_enr%5B'termination_date'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values('effective_date')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('patient_id')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.first()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B_ins_cols%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Fallback%3A%20for%20patients%20with%20no%20enrollment%20period%20covering%20diagnosis%2C%0A%20%20%20%20%23%20use%20the%20nearest%20enrollment%20period%20(earliest%20period%20starting%20after%20diagnosis%2C%0A%20%20%20%20%23%20or%20if%20none%2C%20the%20latest%20period%20before%20diagnosis)%0A%20%20%20%20_all_patients%20%3D%20_enr%5B%5B'patient_id'%5D%5D.drop_duplicates()%0A%20%20%20%20_missing%20%3D%20_all_patients%5B~_all_patients%5B'patient_id'%5D.isin(_at_diag%5B'patient_id'%5D)%5D%0A%20%20%20%20_n_exact%20%3D%20len(_at_diag)%0A%20%20%20%20if%20len(_missing)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr_missing%20%3D%20_enr%5B_enr%5B'patient_id'%5D.isin(_missing%5B'patient_id'%5D)%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr_missing%5B'_days_after'%5D%20%3D%20(_enr_missing%5B'effective_date'%5D%20-%20_enr_missing%5B'earliest_diagnosis_date'%5D).dt.days%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Prefer%20nearest%20period%20starting%20after%20diagnosis%3B%20fall%20back%20to%20closest%20before%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_after%20%3D%20_enr_missing%5B_enr_missing%5B'_days_after'%5D%20%3E%3D%200%5D.sort_values('_days_after').groupby('patient_id').first()%5B_ins_cols%5D.reset_index()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_still_missing%20%3D%20_missing%5B~_missing%5B'patient_id'%5D.isin(_after%5B'patient_id'%5D)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_before%20%3D%20_enr_missing%5B_enr_missing%5B'patient_id'%5D.isin(_still_missing%5B'patient_id'%5D)%5D.sort_values('_days_after'%2C%20ascending%3DFalse).groupby('patient_id').first()%5B_ins_cols%5D.reset_index()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_at_diag%20%3D%20pd.concat(%5B_at_diag%2C%20_after%2C%20_before%5D%2C%20ignore_index%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Patients%20with%20insurance%20at%20diagnosis%20(exact%20match)%3A**%20%7B_n_exact%3A%2C%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Patients%20with%20insurance%20from%20nearest%20period%20(fallback)%3A**%20%7Blen(_missing)%3A%2C%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20Aggregate%20treatment%20flags%20across%20ALL%20enrollment%20periods%20per%20patient%20---%0A%20%20%20%20_treatments%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('patient_id')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'PARP'%3A%20'any'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'PARP_start_date'%3A%20lambda%20x%3A%20x.dropna().min()%20if%20x.notna().any()%20else%20pd.NaT%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'bevacizumab'%3A%20'any'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'bevacizumab_start_date'%3A%20lambda%20x%3A%20x.dropna().min()%20if%20x.notna().any()%20else%20pd.NaT%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20Insurance%20at%20treatment%3A%20enrollment%20period%20where%20treatment%20was%20flagged%20---%0A%20%20%20%20_treated_rows%20%3D%20_enr%5B_enr%5B'PARP'%5D%20%7C%20_enr%5B'bevacizumab'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_treated_rows%5B'_treatment_date'%5D%20%3D%20_treated_rows%5B%5B'PARP_start_date'%2C%20'bevacizumab_start_date'%5D%5D.min(axis%3D1)%0A%20%20%20%20_at_treatment%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_treated_rows%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values('_treatment_date')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('patient_id')%5B%5B'payer_type'%2C%20'plan_design'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.first()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B'payer_type'%3A%20'payer_type_at_treatment'%2C%20'plan_design'%3A%20'plan_design_at_treatment'%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20Combine%3A%20all%20patients%20%2B%20diagnosis%20insurance%20%2B%20treatment%20flags%20%2B%20treatment%20insurance%20---%0A%20%20%20%20enrollment_final%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_at_diag%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.merge(_treatments%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'left')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20earliest_c56%5B%5B'patient_id'%2C%20'earliest_diagnosis_date'%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on%3D'patient_id'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20how%3D'left'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.merge(_at_treatment%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'left')%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20same_payer%3A%20True%20if%20diagnosis%20and%20treatment%20insurance%20match%20(NaN%20for%20untreated)%0A%20%20%20%20enrollment_final%5B'same_payer'%5D%20%3D%20np.where(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'payer_type_at_treatment'%5D.notna()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'payer_type'%5D%20%3D%3D%20enrollment_final%5B'payer_type_at_treatment'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np.nan%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20treatment%20group%20classification%0A%20%20%20%20conditions%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(enrollment_final%5B'PARP'%5D%20%26%20enrollment_final%5B'bevacizumab'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(enrollment_final%5B'PARP'%5D%20%26%20~enrollment_final%5B'bevacizumab'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(~enrollment_final%5B'PARP'%5D%20%26%20enrollment_final%5B'bevacizumab'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20choices%20%3D%20%5B'Both'%2C%20'PARP%20only'%2C%20'Bevacizumab%20only'%5D%0A%20%20%20%20enrollment_final%5B'treatment_group'%5D%20%3D%20np.select(conditions%2C%20choices%2C%20default%3D'Neither')%0A%20%20%20%20enrollment_final%5B'treated'%5D%20%3D%20(enrollment_final%5B'PARP'%5D%20%7C%20enrollment_final%5B'bevacizumab'%5D).astype(int)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Drop%20unknown%20payer%20type%0A%20%20%20%20enrollment_final%20%3D%20enrollment_final%5Benrollment_final%5B'payer_type'%5D%20!%3D%20'Unknown'%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Patients%20with%20insurance%20at%20diagnosis**%20(dropping%20Unknown)%3A%20%7Blen(enrollment_final)%3A%2C%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Treated%3A**%20%7Benrollment_final%5B'treated'%5D.sum()%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Untreated%3A**%20%7B(~enrollment_final%5B'treated'%5D.astype(bool)).sum()%3A%2C%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(enrollment_final%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%201.%20Descriptive%20Statistics%0A%0A%20%20%20%20Overview%20of%20the%20ovarian%20cancer%20cohort%3A%20how%20patients%20were%20identified%2C%20demographic%20characteristics%2C%20and%20insurance%20coverage%20at%20the%20time%20of%20diagnosis.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20earliest_c56%2C%0A%20%20%20%20enrollment_final%2C%0A%20%20%20%20enrollment_with_treatments%2C%0A%20%20%20%20member_enrollment_df%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Cohort%20attrition%20summary%0A%20%20%20%20steps%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22All%20enrolled%20patients%20(member_enrollment_df)%22%2C%20member_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.nunique())%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22Patients%20with%20C56%2F183.0%20diagnosis%20%E2%89%A52012%20(earliest_c56)%22%2C%20len(earliest_c56))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22C56%20enrollment%20periods%20with%20treatment%20flags%22%2C%20enrollment_with_treatments%5B'patient_id'%5D.nunique())%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22%20%20%E2%86%92%20Insurance%20assigned%20at%20diagnosis%20(enrollment_final)%22%2C%20len(enrollment_final))%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Cohort%20Attrition**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Step%20%7C%20N%20Patients%20%7C%20Lost%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------%7C-----------%7C------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20prev%20%3D%20None%0A%20%20%20%20for%20label%2C%20n%20in%20steps%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lost%20%3D%20f%22-%7Bprev%20-%20n%3A%2C%7D%22%20if%20prev%20is%20not%20None%20and%20prev%20%3E%20n%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7Blabel%7D%20%7C%20%7Bn%3A%2C%7D%20%7C%20%7Blost%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20prev%20%3D%20n%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Diagnosis%20Distribution%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(earliest_c56%2C%20go)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Distribution%20of%20specific%20C56%20diagnosis%20codes%0A%20%20%20%20_counts%20%3D%20earliest_c56%5B'diagnosis_code'%5D.value_counts().head(10)%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure(data%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20go.Bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_counts.index%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_counts.values%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20orientation%3D'h'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(color%3D'steelblue')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7By%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3ECount%3A%20%25%7Bx%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Top%2010%20C56%20Diagnosis%20Codes'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Number%20of%20Patients'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Diagnosis%20Code'%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Patient%20Demographics%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(earliest_c56%2C%20mo%2C%20patient_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Merge%20demographics%20with%20C56%20cohort%0A%20%20%20%20cohort_demographics%20%3D%20earliest_c56.merge(patient_df%2C%20on%3D'patient_id')%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Cohort%20size%3A**%20%7Blen(cohort_demographics)%3A%2C%7D%20patients%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Unique%20races%3A**%20%7Bcohort_demographics%5B'race'%5D.nunique()%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Unique%20ethnicities%3A**%20%7Bcohort_demographics%5B'ethnicity'%5D.nunique()%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(cohort_demographics%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cohort_demographics%2C%20go)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Demographics%3A%20Race%0A%20%20%20%20_counts%20%3D%20cohort_demographics%5B'race'%5D.value_counts().head(10)%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure(data%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20go.Bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_counts.index%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_counts.values%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20orientation%3D'h'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(color%3D'steelblue')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7By%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3ECount%3A%20%25%7Bx%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Patient%20Distribution%20by%20Race%20(Top%2010)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Number%20of%20Patients'%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cohort_demographics%2C%20go)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Demographics%3A%20Ethnicity%0A%20%20%20%20_counts%20%3D%20cohort_demographics%5B'ethnicity'%5D.value_counts().head(10)%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure(data%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20go.Bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_counts.index%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_counts.values%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20orientation%3D'h'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(color%3D'steelblue')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7By%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3ECount%3A%20%25%7Bx%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Patient%20Distribution%20by%20Ethnicity%20(Top%2010)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Number%20of%20Patients'%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Insurance%20Coverage%20at%20Diagnosis%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20go)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Payer%20Type%20Distribution%20plot%0A%20%20%20%20_payer_counts%20%3D%20enrollment_final.payer_type.value_counts()%0A%20%20%20%20_payer_pct%20%3D%20enrollment_final.payer_type.value_counts(normalize%3DTrue)%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure(data%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20go.Bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_payer_counts.index%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_payer_pct.values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D%5Bf%22%7Bpct%3A.1f%7D%25%3Cbr%3E(n%3D%7Bcount%3A%2C%7D)%22%20for%20pct%2C%20count%20in%20zip(_payer_pct.values%2C%20_payer_counts.values)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20textposition%3D'auto'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(color%3D'steelblue')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7Bx%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EPercentage%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cbr%3ECount%3A%20%25%7Bcustomdata%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20customdata%3D_payer_counts.values%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Payer%20Type%20Distribution'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Payer%20Type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Percentage%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Eligibility%20rates%20by%20treated%20vs%20not%20treated%0A%20%20%20%20_treated_label%20%3D%20enrollment_final%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Not%20treated'%7D)%0A%20%20%20%20_eligibility_summary%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.assign(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_label%3D_treated_label%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20medical_eligible%3D(lambda%20df%3A%20(df%5B'medical_eligible'%5D%20%3D%3D%20'T').astype(int))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rx_eligible%3D(lambda%20df%3A%20(df%5B'rx_eligible'%5D%20%3D%3D%20'T').astype(int))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('_label')%5B%5B'medical_eligible'%2C%20'rx_eligible'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mean()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B'_label'%3A%20'group'%7D)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Eligibility%20Rates%20by%20Treatment%20Status**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Group%20%7C%20Medical%20Eligible%20%7C%20Rx%20Eligible%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C-------%7C-----------------%7C-------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_%2C%20_row%20in%20_eligibility_summary.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_row%5B'group'%5D%7D%20%7C%20%7B_row%5B'medical_eligible'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%7B_row%5B'rx_eligible'%5D%3A.3f%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%202.%20Treatment%20Patterns%0A%0A%20%20%20%20Characterizing%20who%20receives%20PARP%20inhibitors%20and%2For%20bevacizumab%3A%20overall%20treatment%20rates%2C%20trends%20over%20time%2C%20and%20time%20from%20diagnosis%20to%20first%20treatment.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20go)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Treatment%20Group%20Distribution%20plot%0A%20%20%20%20_treatment_counts%20%3D%20enrollment_final.treatment_group.value_counts()%0A%20%20%20%20_treatment_pct%20%3D%20enrollment_final.treatment_group.value_counts(normalize%3DTrue)%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure(data%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20go.Bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_treatment_counts.index%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_treatment_pct.values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D%5Bf%22%7Bpct%3A.1f%7D%25%3Cbr%3E(n%3D%7Bcount%3A%2C%7D)%22%20for%20pct%2C%20count%20in%20zip(_treatment_pct.values%2C%20_treatment_counts.values)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20textposition%3D'auto'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(color%3D'steelblue')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7Bx%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EPercentage%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cbr%3ECount%3A%20%25%7Bcustomdata%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20customdata%3D_treatment_counts.values%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Treatment%20Group%20Distribution'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Treatment%20Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Percentage%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Treatment%20Trends%20Over%20Time%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20PARP%20Inhibitor%20vs%20Bevacizumab%20Use%20Over%20Time%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20go%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20PARP%20vs%20Bev%20use%20by%20diagnosis%20year%0A%20%20%20%20%23%20Numerator%20%26%20denominator%20both%20keyed%20on%20year%20of%20diagnosis%3A%0A%20%20%20%20%23%20%22Of%20patients%20diagnosed%20in%20year%20X%2C%20what%20%25%20ever%20received%20each%20drug%3F%22%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20enrollment_final%5B%5B'patient_id'%2C%20'earliest_diagnosis_date'%2C%20'PARP'%2C%20'bevacizumab'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_df%5B'year'%5D%20%3D%20_df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.dt.year%0A%0A%20%20%20%20_yearly%20%3D%20_df.groupby('year').agg(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_diagnosed%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_parp%3D('PARP'%2C%20'sum')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_bev%3D('bevacizumab'%2C%20'sum')%2C%0A%20%20%20%20).reset_index()%0A%20%20%20%20_yearly%5B'parp_pct'%5D%20%3D%20_yearly%5B'n_parp'%5D%20%2F%20_yearly%5B'n_diagnosed'%5D%20*%20100%0A%20%20%20%20_yearly%5B'bev_pct'%5D%20%3D%20_yearly%5B'n_bev'%5D%20%2F%20_yearly%5B'n_diagnosed'%5D%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**PARP%20vs%20Bevacizumab%20Use%20by%20Diagnosis%20Year**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22*(Of%20patients%20diagnosed%20in%20each%20year%2C%20%25%20who%20ever%20received%20each%20drug)*%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Year%20%7C%20N%20Diagnosed%20%7C%20N%20PARP%20%7C%20PARP%25%20%7C%20N%20Bev%20%7C%20Bev%25%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------%7C------------%7C--------%7C-------%7C-------%7C------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_%2C%20_row%20in%20_yearly.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7Bint(_row%5B'year'%5D)%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_diagnosed'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_parp'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_row%5B'parp_pct'%5D%3A.1f%7D%25%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_bev'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_row%5B'bev_pct'%5D%3A.1f%7D%25%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_yearly%5B'year'%5D%2C%20y%3D_yearly%5B'parp_pct'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines%2Bmarkers'%2C%20name%3D'PARP%20Inhibitor'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'steelblue'%2C%20width%3D2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3EPARP%20Inhibitor%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDiagnosis%20Year%3A%20%25%7Bx%7D%3Cbr%3E%25%20ever%20treated%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_yearly%5B'year'%5D%2C%20y%3D_yearly%5B'bev_pct'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines%2Bmarkers'%2C%20name%3D'Bevacizumab'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'%23ff7f0e'%2C%20width%3D2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3EBevacizumab%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDiagnosis%20Year%3A%20%25%7Bx%7D%3Cbr%3E%25%20ever%20treated%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'PARP%20Inhibitor%20vs%20Bevacizumab%20Use%20by%20Diagnosis%20Year%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Csub%3EOf%20patients%20diagnosed%20each%20year%2C%20%25%20who%20ever%20received%20each%20drug%3C%2Fsub%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Diagnosis%20Year'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Patients%20Ever%20Receiving%20Drug%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis%3Ddict(dtick%3D1)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Drug%20Type'%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%2C%20_fig%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Percentage%20of%20treated%20patients%20per%20year%0A%20%20%20%20%23%20For%20each%20patient-year%20(from%20diagnosis%20year%20to%20last%20year%20in%20data)%2C%0A%20%20%20%20%23%20mark%20as%20treated%20if%20treatment%20started%20in%20or%20before%20that%20year%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20enrollment_final%5B%5B'patient_id'%2C%20'earliest_diagnosis_date'%2C%20'PARP_start_date'%2C%20'bevacizumab_start_date'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_df%5B'diagnosis_year'%5D%20%3D%20_df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.dt.year%0A%0A%20%20%20%20%23%20Earliest%20treatment%20date%20(whichever%20came%20first%3A%20PARP%20or%20bevacizumab)%0A%20%20%20%20_df%5B'treatment_year'%5D%20%3D%20_df%5B%5B'PARP_start_date'%2C%20'bevacizumab_start_date'%5D%5D.min(axis%3D1).dt.year%0A%0A%20%20%20%20min_year%20%3D%20int(_df%5B'diagnosis_year'%5D.min())%0A%20%20%20%20max_year%20%3D%20int(_df%5B'diagnosis_year'%5D.max())%0A%0A%20%20%20%20%23%20Cross%20join%20patients%20with%20years%2C%20keep%20only%20years%20%3E%3D%20diagnosis%20year%0A%20%20%20%20_years%20%3D%20pd.DataFrame(%7B'year'%3A%20range(min_year%2C%20max_year%20%2B%201)%7D)%0A%20%20%20%20_expanded%20%3D%20_df.merge(_years%2C%20how%3D'cross')%0A%20%20%20%20_expanded%20%3D%20_expanded%5B_expanded%5B'year'%5D%20%3E%3D%20_expanded%5B'diagnosis_year'%5D%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Patient%20is%20treated%20in%20a%20given%20year%20if%20their%20treatment%20started%20in%20or%20before%20that%20year%0A%20%20%20%20_expanded%5B'treated'%5D%20%3D%20_expanded%5B'treatment_year'%5D.notna()%20%26%20(_expanded%5B'year'%5D%20%3E%3D%20_expanded%5B'treatment_year'%5D)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Aggregate%20per%20year%0A%20%20%20%20_yearly%20%3D%20_expanded.groupby('year').agg(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_patients%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_treated%3D('treated'%2C%20'sum')%0A%20%20%20%20).reset_index()%0A%20%20%20%20_yearly%5B'pct_treated'%5D%20%3D%20_yearly%5B'n_treated'%5D%20%2F%20_yearly%5B'n_patients'%5D%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Treated%20Patients%20by%20Year**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Year%20%7C%20N%20Patients%20%7C%20N%20Treated%20%7C%20%25%20Treated%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------%7C-----------%7C-----------%7C-----------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_%2C%20_row%20in%20_yearly.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7Bint(_row%5B'year'%5D)%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_patients'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_treated'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_row%5B'pct_treated'%5D%3A.1f%7D%25%20%7C%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%0A%20%20%20%20yearly_treatment%20%3D%20_yearly%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Time%20to%20Treatment%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20np)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Time%20gap%20between%20first%20diagnosis%20and%20first%20treatment%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20enrollment_final%5Benrollment_final%5B'PARP'%5D%20%7C%20enrollment_final%5B'bevacizumab'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_df%5B'treatment_date'%5D%20%3D%20_df%5B%5B'PARP_start_date'%2C%20'bevacizumab_start_date'%5D%5D.min(axis%3D1)%0A%20%20%20%20_df%5B'days_to_treatment'%5D%20%3D%20(_df%5B'treatment_date'%5D%20-%20_df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D).dt.days%0A%20%20%20%20_df%5B'months_to_treatment'%5D%20%3D%20_df%5B'days_to_treatment'%5D%20%2F%2030.44%0A%0A%20%20%20%20_n_negative%20%3D%20(_df%5B'days_to_treatment'%5D%20%3C%200).sum()%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20_df%5B_df%5B'days_to_treatment'%5D%20%3E%3D%200%5D%0A%0A%20%20%20%20_percentiles%20%3D%20%22%20%7C%20%22.join(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**P%7Bq%7D%3A**%20%7Bnp.percentile(_df%5B'months_to_treatment'%5D.dropna()%2C%20q)%3A.1f%7Dm%22%20for%20q%20in%20%5B25%2C%2050%2C%2075%2C%2090%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Time%20from%20Diagnosis%20to%20First%20Treatment**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22N%20treated%20patients%3A%20%7Blen(_df)%20%2B%20_n_negative%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Excluded%20(treatment%20before%20diagnosis)%3A%20%7B_n_negative%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22N%20after%20exclusion%3A%20%7Blen(_df)%3A%2C%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Stat%20%7C%20Value%20%7C%5Cn%7C------%7C-------%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Median%20%7C%20%7B_df%5B'months_to_treatment'%5D.median()%3A.1f%7D%20months%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Mean%20%7C%20%7B_df%5B'months_to_treatment'%5D.mean()%3A.1f%7D%20months%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Std%20%7C%20%7B_df%5B'months_to_treatment'%5D.std()%3A.1f%7D%20months%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Min%20%7C%20%7B_df%5B'months_to_treatment'%5D.min()%3A.1f%7D%20months%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Max%20%7C%20%7B_df%5B'months_to_treatment'%5D.max()%3A.1f%7D%20months%20%7C%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_percentiles%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20time_to_treatment%20%3D%20_df%5B%5B'patient_id'%2C%20'earliest_diagnosis_date'%2C%20'days_to_treatment'%2C%20'months_to_treatment'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20return%20(time_to_treatment%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(px%2C%20time_to_treatment)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Box%20plot%20of%20time%20to%20treatment%20grouped%20by%20diagnosis%20year%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20time_to_treatment.copy()%0A%20%20%20%20_df%5B'diagnosis_year'%5D%20%3D%20_df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.dt.year.astype(str)%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20_df.sort_values('earliest_diagnosis_date')%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20px.box(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'diagnosis_year'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'months_to_treatment'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Time%20from%20Diagnosis%20to%20First%20Treatment%20by%20Diagnosis%20Year'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'diagnosis_year'%3A%20'Year%20of%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'months_to_treatment'%3A%20'Months%20to%20Treatment'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20category_orders%3D%7B'diagnosis_year'%3A%20sorted(_df%5B'diagnosis_year'%5D.unique())%7D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig.update_traces(marker_color%3D'steelblue'%2C%20line_color%3D'steelblue')%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20np%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Time%20from%20diagnosis%20to%20first%20drug%20start%2C%20by%20treatment%20group%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20enrollment_final%5Benrollment_final%5B'treatment_group'%5D%20!%3D%20'Neither'%5D.copy()%0A%20%20%20%20_df%5B'PARP_days'%5D%20%3D%20(_df%5B'PARP_start_date'%5D%20-%20_df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D).dt.days%0A%20%20%20%20_df%5B'bev_days'%5D%20%3D%20(_df%5B'bevacizumab_start_date'%5D%20-%20_df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D).dt.days%0A%0A%20%20%20%20def%20_days_to_first(row)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20row%5B'treatment_group'%5D%20%3D%3D%20'PARP%20only'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20row%5B'PARP_days'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20row%5B'treatment_group'%5D%20%3D%3D%20'Bevacizumab%20only'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20row%5B'bev_days'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%20%20%23%20Both%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vals%20%3D%20%5Bv%20for%20v%20in%20%5Brow%5B'PARP_days'%5D%2C%20row%5B'bev_days'%5D%5D%20if%20pd.notna(v)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20min(vals)%20if%20vals%20else%20np.nan%0A%0A%20%20%20%20_df%5B'days_to_first'%5D%20%3D%20_df.apply(_days_to_first%2C%20axis%3D1)%0A%20%20%20%20_df%5B'months_to_treatment'%5D%20%3D%20_df%5B'days_to_first'%5D%20%2F%2030.44%0A%0A%20%20%20%20%23%20Exclude%20negative%20values%20(treatment%20before%20diagnosis)%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20_df%5B_df%5B'days_to_first'%5D%20%3E%3D%200%5D%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Time%20to%20First%20Drug%20by%20Treatment%20Group**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Group%20%7C%20N%20%7C%20Median%20%7C%20Mean%20%7C%20P25%20%7C%20P75%20%7C%20P90%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C-------%7C---%7C--------%7C------%7C-----%7C-----%7C-----%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_grp%2C%20_g%20in%20_df.groupby('treatment_group')%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_m%20%3D%20_g%5B'months_to_treatment'%5D.dropna()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_m)%20%3D%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_grp%7D%20%7C%20%7Blen(_m)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_m.median()%3A.1f%7Dm%20%7C%20%7B_m.mean()%3A.1f%7Dm%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Bnp.percentile(_m%2C%2025)%3A.1f%7Dm%20%7C%20%7Bnp.percentile(_m%2C%2075)%3A.1f%7Dm%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Bnp.percentile(_m%2C%2090)%3A.1f%7Dm%20%7C%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%0A%20%20%20%20time_to_treatment_by_group%20%3D%20_df%5B%5B'patient_id'%2C%20'treatment_group'%2C%20'months_to_treatment'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20return%20(time_to_treatment_by_group%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(px%2C%20time_to_treatment_by_group)%3A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20px.box(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20time_to_treatment_by_group%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'treatment_group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'months_to_treatment'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'treatment_group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Time%20from%20Diagnosis%20to%20First%20Drug%20by%20Treatment%20Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'treatment_group'%3A%20'Treatment%20Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'months_to_treatment'%3A%20'Months%20to%20First%20Drug'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(showlegend%3DFalse)%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%203.%20Insurance%20and%20Treatment%0A%0A%20%20%20%20Examining%20how%20treatment%20rates%20vary%20by%20payer%20type%20and%20plan%20design.%20Insurance%20is%20assigned%20based%20on%20the%20enrollment%20period%20at%20the%20time%20of%20first%20diagnosis.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Insurance%20Continuity%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20go%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Insurance%20continuity%3A%20same%20vs%20changed%20payer%20between%20diagnosis%20and%20treatment%0A%20%20%20%20_treated%20%3D%20enrollment_final%5Benrollment_final%5B'treated'%5D%20%3D%3D%201%5D.copy()%0A%20%20%20%20_n_treated%20%3D%20len(_treated)%0A%20%20%20%20_n_same%20%3D%20int(_treated%5B'same_payer'%5D.sum())%0A%20%20%20%20_n_changed%20%3D%20_n_treated%20-%20_n_same%0A%0A%20%20%20%20_md_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Insurance%20Continuity%3A%20Diagnosis%20vs%20Treatment**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Treated%20patients%3A%20%7B_n_treated%3A%2C%7D%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Same%20payer%20at%20treatment%3A%20%7B_n_same%3A%2C%7D%20(%7B_n_same%2F_n_treated*100%3A.1f%7D%25)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Changed%20payer%20at%20treatment%3A%20%7B_n_changed%3A%2C%7D%20(%7B_n_changed%2F_n_treated*100%3A.1f%7D%25)%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Cross-tab%20of%20payer%20type%20transitions%20for%20patients%20who%20changed%0A%20%20%20%20_changed%20%3D%20_treated%5B_treated%5B'same_payer'%5D%20%3D%3D%20False%5D%0A%20%20%20%20if%20len(_changed)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_transitions%20%3D%20pd.crosstab(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_changed%5B'payer_type'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_changed%5B'payer_type_at_treatment'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20margins%3DTrue%2C%20margins_name%3D'Total'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_md_lines.append(f%22%5Cn**Payer%20Type%20Transitions**%20(n%3D%7Blen(_changed)%3A%2C%7D%20who%20changed)%5Cn%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_md_lines.append(%22*Rows%20%3D%20at%20diagnosis%2C%20Columns%20%3D%20at%20treatment*%5Cn%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_cols%20%3D%20_transitions.columns.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_md_lines.append(%22%7C%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(str(c)%20for%20c%20in%20_cols)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_md_lines.append(%22%7C---%7C%22%20%2B%20%22%7C%22.join(%5B%22---%22%5D%20*%20len(_cols))%20%2B%20%22%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_idx%2C%20_row%20in%20_transitions.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_md_lines.append(f%22%7C%20%7B_idx%7D%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(f%22%7Bint(v)%3A%2C%7D%22%20for%20v%20in%20_row.values)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Bar%20chart%3A%20same%20vs%20changed%0A%20%20%20%20_labels%20%3D%20%5B'Same%20payer%20type'%2C%20'Changed%20payer%20type'%5D%0A%20%20%20%20_values%20%3D%20%5B_n_same%2C%20_n_changed%5D%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure(data%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20go.Bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_labels%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D%5Bf%22%7Bv%3A%2C%7D%20(%7Bv%2F_n_treated*100%3A.1f%7D%25)%22%20for%20v%20in%20_values%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20textposition%3D'auto'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(color%3D%5B'steelblue'%2C%20'%23e74c3c'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Insurance%20Continuity%3A%20Same%20Payer%20Type%20at%20Diagnosis%20vs%20Treatment'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Number%20of%20Patients'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22%5Cn%22.join(_md_lines))%2C%20_fig%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20go%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Treated%20vs%20Not%20Treated%20by%20Payer%20Type%0A%20%20%20%20_treated_label%20%3D%20enrollment_final%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Not%20treated'%7D)%0A%0A%20%20%20%20_summary%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.assign(_label%3D_treated_label)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby(%5B'payer_type'%2C%20'_label'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.size()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.unstack(fill_value%3D0)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_summary%5B'Total'%5D%20%3D%20_summary.sum(axis%3D1)%0A%20%20%20%20_summary%5B'Treatment%20Rate'%5D%20%3D%20_summary%5B'Treated'%5D%20%2F%20_summary%5B'Total'%5D%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Treated%20vs%20Not%20Treated%20by%20Payer%20Type**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20Type%20%7C%20Not%20Treated%20%7C%20Treated%20%7C%20Total%20%7C%20Treatment%20Rate%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------------%7C------------%7C---------%7C-------%7C---------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_payer%2C%20_row%20in%20_summary.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_payer%7D%20%7C%20%7Bint(_row.get('Not%20treated'%2C%200))%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_row.get('Treated'%2C%200))%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'Total'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_row%5B'Treatment%20Rate'%5D%3A.1f%7D%25%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Bar%20chart%3A%20treatment%20rate%20by%20payer%20type%0A%20%20%20%20_rates%20%3D%20_summary%5B%5B'Treatment%20Rate'%2C%20'Total'%5D%5D.reset_index().sort_values('Treatment%20Rate'%2C%20ascending%3DFalse)%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure(data%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20go.Bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_rates%5B'payer_type'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_rates%5B'Treatment%20Rate'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D%5Bf%22%7Br%3A.1f%7D%25%3Cbr%3E(n%3D%7Bt%3A%2C%7D)%22%20for%20r%2C%20t%20in%20zip(_rates%5B'Treatment%20Rate'%5D%2C%20_rates%5B'Total'%5D)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20textposition%3D'auto'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(color%3D'steelblue')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7Bx%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3ETreatment%20Rate%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cbr%3ETotal%3A%20%25%7Bcustomdata%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20customdata%3D_rates%5B'Total'%5D.values%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Treatment%20Rate%20by%20Payer%20Type%20(at%20Diagnosis)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Payer%20Type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Treatment%20Rate%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%2C%20_fig%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(chi2_contingency%2C%20enrollment_final%2C%20mo%2C%20np%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Chi-square%20test%3A%20Treated%20vs%20Payer%20Type%20(by%20payer)%0A%20%20%20%20_contingency%20%3D%20pd.crosstab(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'treated'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'payer_type'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_chi2%2C%20_p%2C%20_dof%2C%20_expected%20%3D%20chi2_contingency(_contingency)%0A%0A%20%20%20%20_sig%20%3D%20%22HIGHLY%20SIGNIFICANT%20(p%20%3C%200.001)%22%20if%20_p%20%3C%200.001%20else%20(%22SIGNIFICANT%20(p%20%3C%200.05)%22%20if%20_p%20%3C%200.05%20else%20%22NOT%20SIGNIFICANT%20(p%20%E2%89%A5%200.05)%22)%0A%0A%20%20%20%20_expected_df%20%3D%20pd.DataFrame(_expected%2C%20index%3D_contingency.index%2C%20columns%3D_contingency.columns).round(1)%0A%20%20%20%20_std_resid%20%3D%20((_contingency%20-%20_expected)%20%2F%20np.sqrt(_expected)).round(2)%0A%0A%20%20%20%20_obs_lines%20%3D%20%5B%22%7C%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(str(c)%20for%20c%20in%20_contingency.columns)%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C---%7C%22%20%2B%20%22%7C%22.join(%5B%22---%22%5D%20*%20len(_contingency.columns))%20%2B%20%22%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_idx%2C%20_row%20in%20_contingency.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_obs_lines.append(f%22%7C%20%7B_idx%7D%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(f%22%7Bv%3A%2C%7D%22%20for%20v%20in%20_row.values)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20_exp_lines%20%3D%20%5B%22%7C%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(str(c)%20for%20c%20in%20_expected_df.columns)%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C---%7C%22%20%2B%20%22%7C%22.join(%5B%22---%22%5D%20*%20len(_expected_df.columns))%20%2B%20%22%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_idx%2C%20_row%20in%20_expected_df.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_exp_lines.append(f%22%7C%20%7B_idx%7D%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(f%22%7Bv%3A.1f%7D%22%20for%20v%20in%20_row.values)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20_resid_lines%20%3D%20%5B%22%7C%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(str(c)%20for%20c%20in%20_std_resid.columns)%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C---%7C%22%20%2B%20%22%7C%22.join(%5B%22---%22%5D%20*%20len(_std_resid.columns))%20%2B%20%22%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_idx%2C%20_row%20in%20_std_resid.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_resid_lines.append(f%22%7C%20%7B_idx%7D%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(f%22%7Bv%3A.2f%7D%22%20for%20v%20in%20_row.values)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Chi-Square%20Test%3A%20Treated%20%C3%97%20Payer%20Type**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_chi2%3A.2f%7D%20%7C%20df%20%3D%20%7B_dof%7D%20%7C%20p-value%20%3D%20%7B_p%3A.6f%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Result%3A**%20%7B_sig%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Observed%20counts**%5Cn%5Cn%22%20%2B%20%22%5Cn%22.join(_obs_lines)%20%2B%20%22%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Expected%20counts**%5Cn%5Cn%22%20%2B%20%22%5Cn%22.join(_exp_lines)%20%2B%20%22%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Standardized%20residuals**%5Cn%5Cn%22%20%2B%20%22%5Cn%22.join(_resid_lines)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Crosstab%3A%20Treated%20vs%20not%20treated%20by%20payer%20type%0A%20%20%20%20_treated_label%20%3D%20enrollment_final%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Not%20treated'%7D)%0A%20%20%20%20crosstab_payer%20%3D%20pd.crosstab(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_treated_label%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'payer_type'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20margins%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20margins_name%3D'Total'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20crosstab_payer_pct%20%3D%20pd.crosstab(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_treated_label%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'payer_type'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20normalize%3D'columns'%0A%20%20%20%20)%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_cols%20%3D%20crosstab_payer.columns.tolist()%0A%20%20%20%20_count_lines%20%3D%20%5B%22**Treated%20vs%20Not%20Treated%20by%20Payer%20Type**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Counts%3A**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(str(c)%20for%20c%20in%20_cols)%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C---%7C%22%20%2B%20%22%7C%22.join(%5B%22---%22%5D%20*%20len(_cols))%20%2B%20%22%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_idx%2C%20_row%20in%20crosstab_payer.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_count_lines.append(f%22%7C%20%7B_idx%7D%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(f%22%7Bint(v)%3A%2C%7D%22%20for%20v%20in%20_row.values)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20_pct_lines%20%3D%20%5B%22%5Cn**Column%20Percentages%3A**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(str(c)%20for%20c%20in%20crosstab_payer_pct.columns)%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C---%7C%22%20%2B%20%22%7C%22.join(%5B%22---%22%5D%20*%20len(crosstab_payer_pct.columns))%20%2B%20%22%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_idx%2C%20_row%20in%20crosstab_payer_pct.round(1).iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_pct_lines.append(f%22%7C%20%7B_idx%7D%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(f%22%7Bv%3A.1f%7D%25%22%20for%20v%20in%20_row.values)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_count_lines%20%2B%20_pct_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(chi2_contingency%2C%20enrollment_final%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20from%20itertools%20import%20combinations%0A%20%20%20%20from%20statsmodels.stats.multitest%20import%20multipletests%0A%0A%20%20%20%20_contingency%20%3D%20pd.crosstab(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'treated'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'payer_type'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_payers%20%3D%20_contingency.columns.tolist()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Pairwise%20chi-square%20tests%0A%20%20%20%20_rows%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20_a%2C%20_b%20in%20combinations(_payers%2C%202)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sub%20%3D%20_contingency%5B%5B_a%2C%20_b%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_chi2%2C%20_p%2C%20_%2C%20_%20%3D%20chi2_contingency(_sub)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rate_a%20%3D%20_sub.loc%5B1%2C%20_a%5D%20%2F%20_sub%5B_a%5D.sum()%20*%20100%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rate_b%20%3D%20_sub.loc%5B1%2C%20_b%5D%20%2F%20_sub%5B_b%5D.sum()%20*%20100%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows.append(%7B'payer_a'%3A%20_a%2C%20'payer_b'%3A%20_b%2C%20'rate_a'%3A%20_rate_a%2C%20'rate_b'%3A%20_rate_b%2C%20'chi2'%3A%20_chi2%2C%20'p_raw'%3A%20_p%7D)%0A%0A%20%20%20%20_pairwise%20%3D%20pd.DataFrame(_rows)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Bonferroni%20correction%0A%20%20%20%20_%2C%20_p_adj%2C%20_%2C%20_%20%3D%20multipletests(_pairwise%5B'p_raw'%5D%2C%20method%3D'bonferroni')%0A%20%20%20%20_pairwise%5B'p_adj'%5D%20%3D%20_p_adj%0A%20%20%20%20_pairwise%5B'significant'%5D%20%3D%20_pairwise%5B'p_adj'%5D%20%3C%200.05%0A%0A%20%20%20%20_pairwise%20%3D%20_pairwise.sort_values('p_adj')%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Pairwise%20Chi-Square%3A%20Treated%20%C3%97%20Payer%20Type%20(Bonferroni-corrected)**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20A%20%7C%20Payer%20B%20%7C%20Rate%20A%20%7C%20Rate%20B%20%7C%20%CF%87%C2%B2%20%7C%20p%20(raw)%20%7C%20p%20(adj)%20%7C%20Sig%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C---------%7C---------%7C--------%7C--------%7C-----%7C---------%7C---------%7C-----%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_%2C%20_r%20in%20_pairwise.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20%22%5C%5C*%5C%5C*%5C%5C*%22%20if%20_r%5B'p_adj'%5D%20%3C%200.001%20else%20(%22%5C%5C*%22%20if%20_r%5B'significant'%5D%20else%20%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_r%5B'payer_a'%5D%7D%20%7C%20%7B_r%5B'payer_b'%5D%7D%20%7C%20%7B_r%5B'rate_a'%5D%3A.1f%7D%25%20%7C%20%7B_r%5B'rate_b'%5D%3A.1f%7D%25%20%7C%20%7B_r%5B'chi2'%5D%3A.2f%7D%20%7C%20%7B_r%5B'p_raw'%5D%3A.6f%7D%20%7C%20%7B_r%5B'p_adj'%5D%3A.6f%7D%20%7C%20%7B_sig%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Treated%20vs%20Not%20Treated%20by%20Payer%20Type%2C%20grouped%20by%20diagnosis%20year%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20enrollment_final.copy()%0A%20%20%20%20_df%5B'diagnosis_year'%5D%20%3D%20_df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.dt.year%0A%0A%20%20%20%20treatment_by_payer_year%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df.groupby(%5B'diagnosis_year'%2C%20'payer_type'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_total%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_treated%3D('treated'%2C%20'sum')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20treatment_by_payer_year%5B'n_not_treated'%5D%20%3D%20treatment_by_payer_year%5B'n_total'%5D%20-%20treatment_by_payer_year%5B'n_treated'%5D%0A%20%20%20%20treatment_by_payer_year%5B'treatment_rate_pct'%5D%20%3D%20(treatment_by_payer_year%5B'n_treated'%5D%20%2F%20treatment_by_payer_year%5B'n_total'%5D%20*%20100).round(1)%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Treated%20vs%20Not%20Treated%20by%20Payer%20Type%20(by%20Year)**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Year%20%7C%20Payer%20Type%20%7C%20Total%20%7C%20Treated%20%7C%20Not%20Treated%20%7C%20Rate%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------%7C-----------%7C-------%7C---------%7C-------------%7C------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%23%20for%20_%2C%20_row%20in%20treatment_by_payer_year.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%23%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7Bint(_row%5B'diagnosis_year'%5D)%7D%20%7C%20%7B_row%5B'payer_type'%5D%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_total'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_treated'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_not_treated'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_row%5B'treatment_rate_pct'%5D%3A.1f%7D%25%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%23%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%20(treatment_by_payer_year%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(px%2C%20treatment_by_payer_year)%3A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20px.line(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20treatment_by_payer_year%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'diagnosis_year'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'treatment_rate_pct'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'payer_type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20markers%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Treatment%20Rate%20by%20Payer%20Type%20Over%20Time'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'diagnosis_year'%3A%20'Year%20of%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'treatment_rate_pct'%3A%20'Treatment%20Rate%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'payer_type'%3A%20'Payer%20Type'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20custom_data%3D%5B'n_treated'%2C%20'n_total'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(xaxis%3Ddict(dtick%3D1))%0A%20%20%20%20_fig.update_traces(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Cb%3E%25%7BfullData.name%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Year%3A%20%25%7Bx%7D%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Treatment%20Rate%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Treated%3A%20%25%7Bcustomdata%5B0%5D%3A%2C%7D%20%2F%20%25%7Bcustomdata%5B1%5D%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%204.%20Statistical%20Analysis%0A%0A%20%20%20%20Formal%20tests%20of%20the%20relationship%20between%20insurance%20characteristics%20and%20treatment%20status.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Chi-Square%20Tests%20of%20Independence%0A%0A%20%20%20%20Testing%20whether%20treatment%20status%20(treated%20vs%20not%20treated)%20is%20independent%20of%20insurance%20characteristics.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(chi2_contingency%2C%20enrollment_final%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Chi-square%20test%3A%20Treated%20vs%20payer%20type%0A%20%20%20%20contingency_payer%20%3D%20pd.crosstab(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'treated'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'payer_type'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20chi2_payer%2C%20p_payer%2C%20dof_payer%2C%20_%20%3D%20chi2_contingency(contingency_payer)%0A%0A%20%20%20%20_sig%20%3D%20%22HIGHLY%20SIGNIFICANT%20(p%20%3C%200.001)%22%20if%20p_payer%20%3C%200.001%20else%20(%22SIGNIFICANT%20(p%20%3C%200.05)%22%20if%20p_payer%20%3C%200.05%20else%20%22NOT%20SIGNIFICANT%20(p%20%E2%89%A5%200.05)%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Chi-Square%20Test%3A%20Treated%20%C3%97%20Payer%20Type**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7Bchi2_payer%3A.2f%7D%20%7C%20df%20%3D%20%7Bdof_payer%7D%20%7C%20p-value%20%3D%20%7Bp_payer%3A.6f%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Result%3A**%20%7B_sig%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20chi2_payer%2C%20p_payer%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(chi2_contingency%2C%20enrollment_final%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Chi-square%20test%3A%20Treated%20vs%20plan%20design%0A%20%20%20%20contingency_plan%20%3D%20pd.crosstab(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'treated'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B'plan_design'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20chi2_plan%2C%20p_plan%2C%20dof_plan%2C%20_%20%3D%20chi2_contingency(contingency_plan)%0A%0A%20%20%20%20_sig%20%3D%20%22HIGHLY%20SIGNIFICANT%20(p%20%3C%200.001)%22%20if%20p_plan%20%3C%200.001%20else%20(%22SIGNIFICANT%20(p%20%3C%200.05)%22%20if%20p_plan%20%3C%200.05%20else%20%22NOT%20SIGNIFICANT%20(p%20%E2%89%A5%200.05)%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Chi-Square%20Test%3A%20Treated%20%C3%97%20Plan%20Design**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7Bchi2_plan%3A.2f%7D%20%7C%20df%20%3D%20%7Bdof_plan%7D%20%7C%20p-value%20%3D%20%7Bp_plan%3A.6f%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Result%3A**%20%7B_sig%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20chi2_plan%2C%20p_plan%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Logistic%20Regression%0A%0A%20%20%20%20Examining%20odds%20of%20receiving%20any%20treatment%20(PARP%20or%20bevacizumab)%2C%20controlling%20for%20insurance%20characteristics%20and%20eligibility.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Prepare%20regression%20dataset%20with%20dummy%20variables%20for%20payer_type%20only%0A%20%20%20%20regression_df%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.assign(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rx_eligible_binary%3D(lambda%20df%3A%20(df%5B'rx_eligible'%5D%20%3D%3D%20'T').astype(int))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.pipe(pd.get_dummies%2C%20columns%3D%5B'payer_type'%5D%2C%20drop_first%3DTrue%2C%20dtype%3Dint)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Extract%20predictor%20columns%20(exclude%20_at_treatment%20columns)%0A%20%20%20%20payer_predictors%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20regression_df.columns%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20c.startswith('payer_type_')%20and%20'_at_treatment'%20not%20in%20c%5D%0A%20%20%20%20all_predictors%20%3D%20payer_predictors%20%2B%20%5B'rx_eligible_binary'%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Regression%20dataset%3A**%20%7Blen(regression_df)%3A%2C%7D%20observations%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Predictors%3A**%20%7Blen(all_predictors)%7D%20(%7Blen(payer_predictors)%7D%20payer%20type%20%2B%201%20rx%20eligibility)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20all_predictors%2C%20regression_df%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(all_predictors%2C%20mo%2C%20np%2C%20pd%2C%20regression_df%2C%20sm)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Logistic%20regression%3A%20Any%20treatment%20(PARP%20or%20bevacizumab)%0A%20%20%20%20X%20%3D%20sm.add_constant(regression_df%5Ball_predictors%5D)%0A%20%20%20%20y%20%3D%20regression_df%5B'treated'%5D.astype(int)%0A%0A%20%20%20%20model_treated%20%3D%20sm.Logit(y%2C%20X).fit(disp%3D0)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Extract%20odds%20ratios%0A%20%20%20%20_results%20%3D%20pd.DataFrame(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Variable'%3A%20model_treated.params.index%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Odds%20Ratio'%3A%20np.exp(model_treated.params.values)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'OR%2095%25%20CI%20Lower'%3A%20np.exp(model_treated.conf_int()%5B0%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'OR%2095%25%20CI%20Upper'%3A%20np.exp(model_treated.conf_int()%5B1%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'P-value'%3A%20model_treated.pvalues.values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Significant'%3A%20model_treated.pvalues.values%20%3C%200.05%0A%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20treated_odds_ratios%20%3D%20_results%5B_results%5B'Variable'%5D%20!%3D%20'const'%5D.sort_values('Odds%20Ratio'%2C%20ascending%3DFalse)%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Logistic%20Regression%3A%20Any%20Treatment%20(PARP%20or%20Bevacizumab)**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Pseudo%20R%C2%B2%3A%20%7Bmodel_treated.prsquared%3A.4f%7D%20%7C%20Log-Likelihood%3A%20%7Bmodel_treated.llf%3A.2f%7D%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Odds%20Ratios%20(sorted)%3A**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Variable%20%7C%20Odds%20Ratio%20%7C%20P-value%20%7C%20Significant%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C----------%7C-----------%7C---------%7C-------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_%2C%20_row%20in%20treated_odds_ratios.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_row%5B'Variable'%5D%7D%20%7C%20%7B_row%5B'Odds%20Ratio'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%7B_row%5B'P-value'%5D%3A.4f%7D%20%7C%20%7B_row%5B'Significant'%5D%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%20model_treated%2C%20treated_odds_ratios%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20np%2C%20treated_odds_ratios)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Forest%20plot%3A%20Treatment%20odds%20ratios%0A%20%20%20%20_valid_mask%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(treated_odds_ratios%5B'Odds%20Ratio'%5D%20%3E%200)%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(treated_odds_ratios%5B'Odds%20Ratio'%5D%20%3C%20np.inf)%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(treated_odds_ratios%5B'OR%2095%25%20CI%20Lower'%5D%20%3E%200)%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(treated_odds_ratios%5B'OR%2095%25%20CI%20Upper'%5D%20%3C%20np.inf)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_plot_data%20%3D%20treated_odds_ratios%5B_valid_mask%5D.copy().sort_values('Odds%20Ratio')%0A%0A%20%20%20%20_colors%20%3D%20%5B'steelblue'%20if%20sig%20else%20'lightgray'%20for%20sig%20in%20_plot_data%5B'Significant'%5D%5D%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_fig.add_shape(type%3D'line'%2C%20x0%3D1%2C%20x1%3D1%2C%20y0%3D-0.5%2C%20y1%3Dlen(_plot_data)%20-%200.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'red'%2C%20dash%3D'dash'))%0A%0A%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_plot_data%5B'Odds%20Ratio'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_plot_data%5B'Variable'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'markers'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(size%3D10%2C%20color%3D_colors)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20error_x%3Ddict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%3D'data'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symmetric%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20array%3D(_plot_data%5B'OR%2095%25%20CI%20Upper'%5D%20-%20_plot_data%5B'Odds%20Ratio'%5D).values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20arrayminus%3D(_plot_data%5B'Odds%20Ratio'%5D%20-%20_plot_data%5B'OR%2095%25%20CI%20Lower'%5D).values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'gray'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Cb%3E%25%7By%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'OR%3A%20%25%7Bx%3A.3f%7D%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'CI%3A%20%25%7Bcustomdata%5B0%5D%3A.3f%7D%20%E2%80%93%20%25%7Bcustomdata%5B1%5D%3A.3f%7D%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'p%3A%20%25%7Bcustomdata%5B2%5D%3A.4f%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20customdata%3D_plot_data%5B%5B'OR%2095%25%20CI%20Lower'%2C%20'OR%2095%25%20CI%20Upper'%2C%20'P-value'%5D%5D.values%0A%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Any%20Treatment%3A%20Odds%20Ratios%20with%2095%25%20Confidence%20Intervals'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Odds%20Ratio%20(log%20scale)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_type%3D'log'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D400%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%205.%20Survival%20Analysis%0A%0A%20%20%20%20Time%20from%20diagnosis%20to%20death%2C%20stratified%20by%20payer%20type.%0A%0A%20%20%20%20**Event%3A**%20death%20recorded%20in%20%60month_year_death%60%20(month%20precision%20%E2%86%92%20first%20of%20month%20used).%0A%20%20%20%20**Cross-validation%3A**%20if%20a%20patient%20has%20any%20enrollment%20period%20whose%20%60termination_date%60%20falls%0A%20%20%20%20after%20their%20recorded%20death%20month%2C%20the%20death%20record%20is%20considered%20unreliable%20and%20the%20patient%0A%20%20%20%20is%20censored%20at%20their%20last%20enrollment%20end%20date%20instead.%0A%20%20%20%20**Censoring%3A**%20patients%20with%20no%20death%20record%20are%20censored%20at%20their%20last%20enrollment%20%60termination_date%60.%0A%20%20%20%20**2-year%20%2F%205-year%20survival%3A**%20all%20patients%20are%20included%3B%20follow-up%20is%20capped%20at%20730%20or%201825%20days%20respectively.%20Patients%20censored%20before%20the%20cap%20contribute%20their%20observed%20time.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20member_enrollment_df%2C%20mo%2C%20patient_df%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%201.%20Last%20enrollment%20date%20per%20patient%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20%23%20Cap%20sentinel%20far-future%20termination%20dates%20at%20today%0A%20%20%20%20_today%20%3D%20pd.Timestamp.today().normalize()%0A%20%20%20%20_enr%20%3D%20member_enrollment_df%5Bmember_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.isin(enrollment_final%5B'patient_id'%5D)%5D.copy()%0A%20%20%20%20_enr%5B'termination_date'%5D%20%3D%20_enr%5B'termination_date'%5D.clip(upper%3D_today)%0A%20%20%20%20_last_enr%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('patient_id')%5B'termination_date'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.max()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B'termination_date'%3A%20'last_enrollment_date'%7D)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%202.%20Death%20info%20from%20patient_df%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_death%20%3D%20patient_df%5B%5B'patient_id'%2C%20'month_year_death'%2C%20'year_of_birth'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20%23%20month_year_death%20is%20month-precision%20%E2%86%92%20use%20first%20of%20month%0A%20%20%20%20_death%5B'death_date'%5D%20%3D%20_death%5B'month_year_death'%5D.dt.to_period('M').dt.to_timestamp()%0A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%203.%20Merge%20everything%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_surv%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B%5B'patient_id'%2C%20'payer_type'%2C%20'earliest_diagnosis_date'%2C%20'treated'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.merge(_last_enr%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'left')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.merge(_death%5B%5B'patient_id'%2C%20'death_date'%2C%20'year_of_birth'%5D%5D%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'left')%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%204.%20Cross-validate%3A%20enrollment%20after%20death%20%E2%86%92%20censor%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_has_enr_after_death%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_surv%5B'last_enrollment_date'%5D.notna()%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_surv%5B'death_date'%5D.notna()%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(_surv%5B'last_enrollment_date'%5D%20%3E%20_surv%5B'death_date'%5D)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_surv%5B'event'%5D%20%3D%20(_surv%5B'death_date'%5D.notna()%20%26%20~_has_enr_after_death).astype(int)%0A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%205.%20Survival%20%2F%20censoring%20time%20(days%20from%20diagnosis)%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_surv%5B'end_date'%5D%20%3D%20_surv%5B'death_date'%5D.where(_surv%5B'event'%5D%20%3D%3D%201%2C%20_surv%5B'last_enrollment_date'%5D)%0A%20%20%20%20_surv%5B'survival_days'%5D%20%3D%20(_surv%5B'end_date'%5D%20-%20_surv%5B'earliest_diagnosis_date'%5D).dt.days%0A%20%20%20%20_surv%5B'survival_months'%5D%20%3D%20_surv%5B'survival_days'%5D%20%2F%2030.44%0A%0A%20%20%20%20%23%20Drop%20patients%20with%20negative%20or%20zero%20survival%20time%20(data%20issues)%0A%20%20%20%20_surv%20%3D%20_surv%5B_surv%5B'survival_days'%5D%20%3E%200%5D.copy()%0A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%206.%20Age%20at%20diagnosis%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_surv%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_surv%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.dt.year%20-%20_surv%5B'year_of_birth'%5D.astype('Int64')%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20n_events%20%3D%20int(_surv%5B'event'%5D.sum())%0A%20%20%20%20n_censored%20%3D%20int((1%20-%20_surv%5B'event'%5D).sum())%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Survival%20Dataset%20Summary**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Metric%20%7C%20Value%20%7C%5Cn%7C--------%7C-------%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Total%20patients%20%7C%20%7Blen(_surv)%3A%2C%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Deaths%20(events)%20%7C%20%7Bn_events%3A%2C%7D%20(%7Bn_events%2Flen(_surv)*100%3A.1f%7D%25)%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Censored%20%7C%20%7Bn_censored%3A%2C%7D%20(%7Bn_censored%2Flen(_surv)*100%3A.1f%7D%25)%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Median%20survival%20%7C%20%7B_surv%5B'survival_months'%5D.median()%3A.1f%7D%20months%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Cross-validated%20(enrollment%20after%20death%20%E2%86%92%20censored)%20%7C%20%7B_has_enr_after_death.sum()%3A%2C%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Age%20at%20diagnosis%20%E2%80%94%20median%20%7C%20%7B_surv%5B'age_at_diagnosis'%5D.median()%3A.0f%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Age%20at%20diagnosis%20%E2%80%94%20range%20%7C%20%7B_surv%5B'age_at_diagnosis'%5D.min()%3A.0f%7D%E2%80%93%7B_surv%5B'age_at_diagnosis'%5D.max()%3A.0f%7D%20%7C%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20survival_df%20%3D%20_surv%5B%5B'patient_id'%2C%20'payer_type'%2C%20'treated'%2C%20'event'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'survival_days'%2C%20'survival_months'%2C%20'age_at_diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'earliest_diagnosis_date'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20return%20(survival_df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(member_enrollment_df%2C%20mo%2C%20pd%2C%20survival_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%202-year%20survival%20rate%20overall%20and%20by%20payer%20type%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20%23%20Sentinel%20far-future%20dates%20(open%20enrollments)%20are%20capped%20at%20today%0A%20%20%20%20_today%20%3D%20pd.Timestamp.today().normalize()%0A%20%20%20%20_max_date%20%3D%20member_enrollment_df%5B'termination_date'%5D.clip(upper%3D_today).max()%0A%20%20%20%20_surv2%20%3D%20survival_df.copy()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Cap%20follow-up%20at%2024%20months%20(730%20days)%3B%20re-derive%20event%20within%20window%0A%20%20%20%20_surv2%5B'event_2yr'%5D%20%3D%20((_surv2%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_surv2%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20730)).astype(int)%0A%20%20%20%20_surv2%5B'time_2yr'%5D%20%3D%20_surv2%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D730)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Overall%202-year%20survival%20(naive%20rate%20%E2%80%94%20does%20not%20account%20for%20censoring%3B%0A%20%20%20%20%23%20the%20KM%20curve%20below%20provides%20the%20censoring-adjusted%20estimate)%0A%20%20%20%20_n%20%3D%20len(_surv2)%0A%20%20%20%20_died_2yr%20%3D%20int(_surv2%5B'event_2yr'%5D.sum())%0A%20%20%20%20_censored_2yr%20%3D%20int(((_surv2%5B'event_2yr'%5D%20%3D%3D%200)%20%26%20(_surv2%5B'time_2yr'%5D%20%3C%20730)).sum())%0A%20%20%20%20_overall_2yr%20%3D%20(1%20-%20_died_2yr%20%2F%20_n)%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**2-Year%20Survival%20(all%20patients%2C%20follow-up%20capped%20at%202%20years)**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Eligible%20patients%3A%20%7B_n%3A%2C%7D%20%7C%20Deaths%20within%202%20yrs%3A%20%7B_died_2yr%3A%2C%7D%20%7C%20Censored%20before%202%20yrs%3A%20%7B_censored_2yr%3A%2C%7D%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Naive%202-year%20survival%20rate%3A%20**%7B_overall_2yr%3A.1f%7D%25**%20*(does%20not%20adjust%20for%20censoring%20%E2%80%94%20see%20KM%20curve%20below)*%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20Type%20%7C%20N%20%7C%20Deaths%20(2yr)%20%7C%20Naive%202yr%20Surv%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------------%7C---%7C-------------%7C---------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_payer%2C%20_g%20in%20_surv2.groupby('payer_type')%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_nd%20%3D%20int(_g%5B'event_2yr'%5D.sum())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rate%20%3D%20(1%20-%20_nd%20%2F%20len(_g))%20*%20100%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_payer%7D%20%7C%20%7Blen(_g)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_nd%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_rate%3A.1f%7D%25%20%7C%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%0A%20%20%20%20surv2yr_df%20%3D%20_surv2%0A%20%20%20%20max_date%20%3D%20_max_date%0A%20%20%20%20return%20(surv2yr_df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20surv2yr_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_colors%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%231f77b4'%2C%20'%23ff7f0e'%2C%20'%232ca02c'%2C%20'%23d62728'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%239467bd'%2C%20'%238c564b'%2C%20'%23e377c2'%2C%20'%237f7f7f'%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20_payers%20%3D%20sorted(surv2yr_df%5B'payer_type'%5D.unique())%0A%20%20%20%20_all_sf_vals%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20_i%2C%20_payer%20in%20enumerate(_payers)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20surv2yr_df%5Bsurv2yr_df%5B'payer_type'%5D%20%3D%3D%20_payer%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20KaplanMeierFitter()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_2yr'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_2yr'%5D%2C%20label%3D_payer)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20fitted%20step-function%20data%20(at%20event%20times)%20%E2%80%94%20avoids%20missing%20method%20in%20lifelines%200.30%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors%5B_i%20%25%20len(_colors)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n%20%3D%20len(_g)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct%20%3D%20(_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo_pct%20%3D%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_vals.extend(_sf_pct%20%2B%20_ci_lo_pct)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D_sf_pct%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_payer%7D%20(n%3D%7B_n%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_payer%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo_pct%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_y_min%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf_vals)%20-%202)%0A%20%20%20%20_y_max%20%3D%20102%0A%0A%20%20%20%20%23%20Overall%20log-rank%20test%20across%20all%20payers%0A%20%20%20%20_lr%20%3D%20multivariate_logrank_test(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20surv2yr_df%5B'time_2yr'%5D%2C%20surv2yr_df%5B'payer_type'%5D%2C%20surv2yr_df%5B'event_2yr'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_p_lr%20%3D%20_lr.p_value%0A%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'Kaplan-Meier%3A%202-Year%20Survival%20by%20Payer%20Type%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_p_lr%3A.4f%7D%20%7C%20All%20patients%2C%20follow-up%20capped%20at%202%20years%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min%2C%20_y_max%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Payer%20Type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Overall%20log-rank%20test%20across%20payer%20types%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_p_lr%3A.4f%7D%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20surv5yr_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMF5p%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrt5p%0A%0A%20%20%20%20_fig5p%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_colors5p%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%231f77b4'%2C%20'%23ff7f0e'%2C%20'%232ca02c'%2C%20'%23d62728'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%239467bd'%2C%20'%238c564b'%2C%20'%23e377c2'%2C%20'%237f7f7f'%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20_payers5p%20%3D%20sorted(surv5yr_df%5B'payer_type'%5D.unique())%0A%20%20%20%20_all_sf_vals5p%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20_i5p%2C%20_payer5p%20in%20enumerate(_payers5p)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_g5p%20%3D%20surv5yr_df%5Bsurv5yr_df%5B'payer_type'%5D%20%3D%3D%20_payer5p%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf5p%20%3D%20_KMF5p()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf5p.fit(_g5p%5B'time_5yr'%5D%2C%20event_observed%3D_g5p%5B'event_5yr'%5D%2C%20label%3D_payer5p)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf5p%20%3D%20_kmf5p.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci5p%20%3D%20_kmf5p.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t5p%20%3D%20_sf5p.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_col5p%20%3D%20_colors5p%5B_i5p%20%25%20len(_colors5p)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n5p%20%3D%20len(_g5p)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct5p%20%3D%20(_sf5p.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo_pct5p%20%3D%20(_ci5p.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_vals5p.extend(_sf_pct5p%20%2B%20_ci_lo_pct5p)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig5p.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t5p%2C%20y%3D_sf_pct5p%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_payer5p%7D%20(n%3D%7B_n5p%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col5p%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_payer5p%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig5p.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t5p%20%2B%20_t5p%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo_pct5p%20%2B%20(_ci5p.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col5p%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_y_min5p%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf_vals5p)%20-%202)%0A%0A%20%20%20%20_lr5p%20%3D%20_mlrt5p(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20surv5yr_df%5B'time_5yr'%5D%2C%20surv5yr_df%5B'payer_type'%5D%2C%20surv5yr_df%5B'event_5yr'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_p_lr5p%20%3D%20_lr5p.p_value%0A%0A%20%20%20%20_fig5p.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'Kaplan-Meier%3A%205-Year%20Survival%20by%20Payer%20Type%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_p_lr5p%3A.4f%7D%20%7C%20All%20patients%2C%20follow-up%20capped%20at%205%20years%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min5p%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Payer%20Type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig5p%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Overall%20log-rank%20test%20across%20payer%20types%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr5p.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_p_lr5p%3A.4f%7D%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Interactive%205-Year%20KM%20Plot%0A%0A%20%20%20%20Toggle%20the%20segmentation%20dimensions%20(both%20can%20be%20on%20at%20once)%2C%20optionally%20edit%20age-bin%20edges%2C%20then%20click%20**Calculate**%20to%20render.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20km_payer_toggle%20%3D%20mo.ui.switch(value%3DTrue%2C%20label%3D'Segment%20by%20Payer%20Type')%0A%20%20%20%20km_age_toggle%20%3D%20mo.ui.switch(value%3DFalse%2C%20label%3D'Segment%20by%20Age%20Bin')%0A%20%20%20%20km_age_bins_input%20%3D%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D'0%2C50%2C65%2C75%2C120'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D'Age%20bin%20edges%20(comma-separated)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20km_run_btn%20%3D%20mo.ui.run_button(label%3D'Calculate'%2C%20kind%3D'success')%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bkm_payer_toggle%2C%20km_age_toggle%2C%20km_age_bins_input%2C%20km_run_btn%5D)%0A%20%20%20%20return%20km_age_bins_input%2C%20km_age_toggle%2C%20km_payer_toggle%2C%20km_run_btn%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20go%2C%0A%20%20%20%20km_age_bins_input%2C%0A%20%20%20%20km_age_toggle%2C%0A%20%20%20%20km_payer_toggle%2C%0A%20%20%20%20km_run_btn%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20surv5yr_df%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFi%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrti%0A%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20not%20km_run_btn.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22*Configure%20options%20above%20and%20click%20**Calculate**%20to%20render%20the%20plot.*%22)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20not%20(km_payer_toggle.value%20or%20km_age_toggle.value)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%E2%9A%A0%EF%B8%8F%20Turn%20on%20at%20least%20one%20segmentation%20toggle%20(Payer%20Type%20and%2For%20Age%20Bin).%22)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_df_i%20%3D%20surv5yr_df.copy()%0A%20%20%20%20_dims%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20if%20km_age_toggle.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_edges%20%3D%20sorted(%7Bfloat(x.strip())%20for%20x%20in%20km_age_bins_input.value.split('%2C')%20if%20x.strip()%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20ValueError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_edges%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20len(_edges)%20%3C%202%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%E2%9A%A0%EF%B8%8F%20Please%20enter%20at%20least%202%20numeric%20bin%20edges%20separated%20by%20commas.%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_labels%20%3D%20%5Bf%22%7Bint(_edges%5B_k%5D)%7D%20%3C%3D%20age%20%3C%20%7Bint(_edges%5B_k%2B1%5D)%7D%22%20for%20_k%20in%20range(len(_edges)%20-%201)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df_i%5B'_age_bin'%5D%20%3D%20pd.cut(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_df_i%5B'age_at_diagnosis'%5D.astype(float)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bins%3D_edges%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D_labels%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20include_lowest%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20right%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).astype(object)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_dims.append(('Age%20Bin'%2C%20'_age_bin'))%0A%0A%20%20%20%20if%20km_payer_toggle.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_dims.append(('Payer%20Type'%2C%20'payer_type'))%0A%0A%20%20%20%20if%20len(_dims)%20%3D%3D%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_label%2C%20_col%20%3D%20_dims%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df_i%5B'_group'%5D%20%3D%20_df_i%5B_col%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_group_col%20%3D%20_label%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df_i%5B'_group'%5D%20%3D%20_df_i%5B_dims%5B0%5D%5B1%5D%5D.astype(str)%20%2B%20'%20%7C%20'%20%2B%20_df_i%5B_dims%5B1%5D%5B1%5D%5D.astype(str)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df_i.loc%5B_df_i%5B_dims%5B0%5D%5B1%5D%5D.isna()%20%7C%20_df_i%5B_dims%5B1%5D%5B1%5D%5D.isna()%2C%20'_group'%5D%20%3D%20pd.NA%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_group_col%20%3D%20'%20%C3%97%20'.join(_d%5B0%5D%20for%20_d%20in%20_dims)%0A%0A%20%20%20%20_df_i%20%3D%20_df_i%5B_df_i%5B'_group'%5D.notna()%5D.copy()%0A%0A%20%20%20%20_palette%20%3D%20%5B'%231f77b4'%2C%20'%23ff7f0e'%2C%20'%232ca02c'%2C%20'%23d62728'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%239467bd'%2C%20'%238c564b'%2C%20'%23e377c2'%2C%20'%237f7f7f'%5D%0A%20%20%20%20_groups_i%20%3D%20sorted(_df_i%5B'_group'%5D.unique().tolist()%2C%20key%3Dstr)%0A%20%20%20%20_all_vals%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20_fig_i%20%3D%20go.Figure()%0A%0A%20%20%20%20for%20_idx%2C%20_grp%20in%20enumerate(_groups_i)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_gd%20%3D%20_df_i%5B_df_i%5B'_group'%5D%20%3D%3D%20_grp%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_gd)%20%3D%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf_i%20%3D%20_KMFi()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf_i.fit(_gd%5B'time_5yr'%5D%2C%20event_observed%3D_gd%5B'event_5yr'%5D%2C%20label%3Dstr(_grp))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_i%20%3D%20_kmf_i.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_i%20%3D%20_kmf_i.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t_i%20%3D%20_sf_i.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_color%20%3D%20_palette%5B_idx%20%25%20len(_palette)%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct%20%3D%20(_sf_i.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo%20%3D%20(_ci_i.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_hi%20%3D%20(_ci_i.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_vals.extend(_sf_pct%20%2B%20_ci_lo)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_i.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t_i%2C%20y%3D_sf_pct%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp%7D%20(n%3D%7Blen(_gd)%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_color%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_i.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t_i%20%2B%20_t_i%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo%20%2B%20_ci_hi%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_color%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_y_min_i%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_vals)%20-%202)%20if%20_all_vals%20else%200%0A%0A%20%20%20%20if%20_df_i%5B'_group'%5D.nunique()%20%3E%3D%202%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_i%20%3D%20_mlrti(_df_i%5B'time_5yr'%5D%2C%20_df_i%5B'_group'%5D.astype(str)%2C%20_df_i%5B'event_5yr'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_title_sup%20%3D%20f'Log-rank%20p%20%3D%20%7B_lr_i.p_value%3A.4f%7D%20%7C%20follow-up%20capped%20at%205%20years'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_md%20%3D%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Overall%20log-rank%20test%20across%20%7B_group_col.lower()%7D%20groups%3A%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr_i.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_lr_i.p_value%3A.4f%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_title_sup%20%3D%20'follow-up%20capped%20at%205%20years'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_md%20%3D%20mo.md(%22*Need%20%E2%89%A52%20groups%20for%20a%20log-rank%20test.*%22)%0A%0A%20%20%20%20_fig_i.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'Kaplan-Meier%3A%205-Year%20Survival%20by%20%7B_group_col%7D%3Cbr%3E%3Csup%3E%7B_title_sup%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min_i%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D_group_col%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B_fig_i%2C%20_lr_md%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%202-Year%20Survival%20by%20Treatment%20Status%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20survival_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMF2t%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrt2t%0A%0A%20%20%20%20_surv2t%20%3D%20survival_df.copy()%0A%20%20%20%20_surv2t%5B'event_2t'%5D%20%3D%20((_surv2t%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_surv2t%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20730)).astype(int)%0A%20%20%20%20_surv2t%5B'time_2t'%5D%20%20%3D%20_surv2t%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D730)%0A%20%20%20%20_surv2t%5B'treatment_group'%5D%20%3D%20_surv2t%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Not%20Treated'%7D)%0A%0A%20%20%20%20_colors2t%20%3D%20%7B'Treated'%3A%20'%231f77b4'%2C%20'Not%20Treated'%3A%20'%23ff7f0e'%7D%0A%20%20%20%20_fig2t%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_all_sf_vals2t%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20_grp2t%20in%20%5B'Treated'%2C%20'Not%20Treated'%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_g2t%20%3D%20_surv2t%5B_surv2t%5B'treatment_group'%5D%20%3D%3D%20_grp2t%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf2t%20%3D%20_KMF2t()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf2t.fit(_g2t%5B'time_2t'%5D%2C%20event_observed%3D_g2t%5B'event_2t'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf2t%20%3D%20_kmf2t.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci2t%20%3D%20_kmf2t.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t2t%20%20%3D%20_sf2t.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_col2t%20%3D%20_colors2t%5B_grp2t%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct2t%20%20%20%3D%20(_sf2t.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo_pct2t%20%3D%20(_ci2t.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_vals2t.extend(_sf_pct2t%20%2B%20_ci_lo_pct2t)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig2t.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t2t%2C%20y%3D_sf_pct2t%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp2t%7D%20(n%3D%7Blen(_g2t)%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col2t%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp2t%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig2t.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t2t%20%2B%20_t2t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo_pct2t%20%2B%20(_ci2t.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col2t%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_lr2t%20%3D%20_mlrt2t(_surv2t%5B'time_2t'%5D%2C%20_surv2t%5B'treatment_group'%5D%2C%20_surv2t%5B'event_2t'%5D)%0A%20%20%20%20_fig2t.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'Kaplan-Meier%3A%202-Year%20Survival%20by%20Treatment%20Status%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_lr2t.p_value%3A.4f%7D%20%7C%20All%20patients%2C%20follow-up%20capped%20at%202%20years%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5Bmax(0%2C%20min(_all_sf_vals2t)%20-%202)%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Treatment%20Status'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig2t%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Log-rank%20test%20(Treated%20vs%20Not%20Treated)%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr2t.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_lr2t.p_value%3A.4f%7D%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%205-Year%20Survival%20by%20Treatment%20Type%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20survival_df)%3A%0A%20%20%20%20_surv5%20%3D%20survival_df.copy()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Cap%20follow-up%20at%201825%20days%20(5%20years)%3B%20re-derive%20event%20within%20window%0A%20%20%20%20_surv5%5B'event_5yr'%5D%20%3D%20((_surv5%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_surv5%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%201825)).astype(int)%0A%20%20%20%20_surv5%5B'time_5yr'%5D%20%3D%20_surv5%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D1825)%0A%0A%20%20%20%20_surv5%5B'treatment_group'%5D%20%3D%20_surv5%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Not%20Treated'%7D)%0A%0A%20%20%20%20_n%20%3D%20len(_surv5)%0A%20%20%20%20_died_5yr%20%3D%20int(_surv5%5B'event_5yr'%5D.sum())%0A%20%20%20%20_overall_5yr%20%3D%20(1%20-%20_died_5yr%20%2F%20_n)%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**5-Year%20Survival%20(all%20patients%2C%20follow-up%20capped%20at%205%20years)**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Eligible%20patients%3A%20%7B_n%3A%2C%7D%20%7C%20Deaths%20within%205%20yrs%3A%20%7B_died_5yr%3A%2C%7D%20%7C%20Overall%205-year%20survival%20rate%3A%20**%7B_overall_5yr%3A.1f%7D%25**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Treatment%20Group%20%7C%20N%20%7C%20Deaths%20(5yr)%20%7C%205yr%20Survival%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C----------------%7C---%7C-------------%7C-------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_grp%2C%20_g%20in%20_surv5.groupby('treatment_group')%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_nd%20%3D%20int(_g%5B'event_5yr'%5D.sum())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rate%20%3D%20(1%20-%20_nd%20%2F%20len(_g))%20*%20100%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_grp%7D%20%7C%20%7Blen(_g)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_nd%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_rate%3A.1f%7D%25%20%7C%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%0A%20%20%20%20surv5yr_df%20%3D%20_surv5%0A%20%20%20%20return%20(surv5yr_df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20surv5yr_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMF5%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrt5%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_colors5%20%3D%20%7B'Treated'%3A%20'%231f77b4'%2C%20'Not%20Treated'%3A%20'%23ff7f0e'%7D%0A%20%20%20%20_groups5%20%3D%20%5B'Treated'%2C%20'Not%20Treated'%5D%0A%20%20%20%20_all_sf_vals5%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20_grp5%20in%20_groups5%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_g5%20%3D%20surv5yr_df%5Bsurv5yr_df%5B'treatment_group'%5D%20%3D%3D%20_grp5%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf5%20%3D%20_KMF5()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf5.fit(_g5%5B'time_5yr'%5D%2C%20event_observed%3D_g5%5B'event_5yr'%5D%2C%20label%3D_grp5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf5%20%3D%20_kmf5.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci5%20%3D%20_kmf5.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t5%20%3D%20_sf5.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_col5%20%3D%20_colors5%5B_grp5%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n5%20%3D%20len(_g5)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct5%20%3D%20(_sf5.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo_pct5%20%3D%20(_ci5.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_vals5.extend(_sf_pct5%20%2B%20_ci_lo_pct5)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t5%2C%20y%3D_sf_pct5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp5%7D%20(n%3D%7B_n5%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col5%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp5%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t5%20%2B%20_t5%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo_pct5%20%2B%20(_ci5.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col5%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_y_min5%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf_vals5)%20-%202)%0A%20%20%20%20_y_max5%20%3D%20102%0A%0A%20%20%20%20%23%20Filter%20out%20NaN%20treatment%20groups%20before%20log-rank%20test%0A%20%20%20%20_valid5%20%3D%20surv5yr_df%5Bsurv5yr_df%5B'treatment_group'%5D.notna()%5D%0A%20%20%20%20_lr5%20%3D%20_mlrt5(_valid5%5B'time_5yr'%5D%2C%20_valid5%5B'treatment_group'%5D%2C%20_valid5%5B'event_5yr'%5D)%0A%20%20%20%20_p_lr5%20%3D%20_lr5.p_value%0A%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'Kaplan-Meier%3A%205-Year%20Survival%20by%20Treatment%20Group%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_p_lr5%3A.4f%7D%20%7C%20All%20patients%2C%20follow-up%20capped%20at%205%20years%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min5%2C%20_y_max5%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Treatment%20Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Overall%20log-rank%20test%20across%20treatment%20groups%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr5.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_p_lr5%3A.4f%7D%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%205-Year%20Survival%20by%20Treatment%20Status%2C%20Stratified%20by%20Age%20Group%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20surv5yr_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFage%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20logrank_test%20as%20_lrt_age%0A%0A%20%20%20%20_age_groups%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20('%3C45'%2C%20%20%20lambda%20df%3A%20df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3C%2045)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20('45%E2%80%9360'%2C%20lambda%20df%3A%20(df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3E%3D%2045)%20%26%20(df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3C%2060))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20('60%E2%80%9370'%2C%20lambda%20df%3A%20(df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3E%3D%2060)%20%26%20(df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3C%2070))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20('70%2B'%2C%20%20%20lambda%20df%3A%20df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3E%3D%2070)%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20_colors_age%20%3D%20%7B'Treated'%3A%20'%231f77b4'%2C%20'Not%20Treated'%3A%20'%23ff7f0e'%7D%0A%0A%20%20%20%20_figs_age%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20_age_label%2C%20_age_mask%20in%20_age_groups%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_subset%20%3D%20surv5yr_df%5B_age_mask(surv5yr_df)%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_age%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_age%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_grp%2C%20_gval%20in%20%5B('Treated'%2C%201)%2C%20('Not%20Treated'%2C%200)%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_subset%5B_subset%5B'treated'%5D%20%3D%3D%20_gval%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20_KMFage()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_5yr'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_5yr'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%20%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors_age%5B_grp%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_n%20%20%20%3D%20len(_g)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct%20%3D%20(_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo%20%20%3D%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_age.extend(_sf_pct%20%2B%20_ci_lo)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_age.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D_sf_pct%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp%7D%20(n%3D%7B_n%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_age.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Log-rank%20test%20between%20treated%20and%20not%20treated%20within%20age%20group%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t_grp%20%20%3D%20_subset%5B_subset%5B'treated'%5D%20%3D%3D%201%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_nt_grp%20%3D%20_subset%5B_subset%5B'treated'%5D%20%3D%3D%200%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_age%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_t_grp)%20%3E%3D%205%20and%20len(_nt_grp)%20%3E%3D%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_age%20%3D%20_lrt_age(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t_grp%5B'time_5yr'%5D%2C%20%20_nt_grp%5B'time_5yr'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20event_observed_A%3D_t_grp%5B'event_5yr'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20event_observed_B%3D_nt_grp%5B'event_5yr'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_y_min_age%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf_age)%20-%202)%20if%20_all_sf_age%20else%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_note%20%3D%20(f%22Log-rank%20p%20%3D%20%7B_lr_age.p_value%3A.4f%7D%22%20if%20_lr_age%20else%20%22insufficient%20data%20for%20log-rank%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_age.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'5-Year%20KM%20by%20Treatment%20Status%20%E2%80%94%20Age%20%7B_age_label%7D%20(n%3D%7Blen(_subset)%3A%2C%7D)%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3E%7B_lr_note%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min_age%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Treatment'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_figs_age.append(_fig_age)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B_fig%20for%20_fig%20in%20_figs_age%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%205-Year%20Survival%20by%20Treatment%20Status%20and%20Age%20Group%2C%20by%20Payer%20Type%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20surv5yr_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFagep%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20logrank_test%20as%20_lrt_agep%0A%0A%20%20%20%20_age_groups_p%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20('%3C45'%2C%20%20%20lambda%20df%3A%20df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3C%2045)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20('45%E2%80%9360'%2C%20lambda%20df%3A%20(df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3E%3D%2045)%20%26%20(df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3C%2060))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20('60%E2%80%9370'%2C%20lambda%20df%3A%20(df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3E%3D%2060)%20%26%20(df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3C%2070))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20('70%2B'%2C%20%20%20lambda%20df%3A%20df%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%3E%3D%2070)%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20_colors_agep%20%3D%20%7B'Treated'%3A%20'%231f77b4'%2C%20'Not%20Treated'%3A%20'%23ff7f0e'%7D%0A%20%20%20%20_payers_agep%20%3D%20sorted(surv5yr_df%5B'payer_type'%5D.dropna().unique())%0A%0A%20%20%20%20_all_figs_agep%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20_payer_agep%20in%20_payers_agep%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_payer_df%20%3D%20surv5yr_df%5Bsurv5yr_df%5B'payer_type'%5D%20%3D%3D%20_payer_agep%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_figs_agep%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_age_label_p%2C%20_age_mask_p%20in%20_age_groups_p%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_subset_p%20%3D%20_payer_df%5B_age_mask_p(_payer_df)%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_agep%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_agep%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_grp_p%2C%20_gval_p%20in%20%5B('Treated'%2C%201)%2C%20('Not%20Treated'%2C%200)%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g_p%20%3D%20_subset_p%5B_subset_p%5B'treated'%5D%20%3D%3D%20_gval_p%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g_p)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf_p%20%3D%20_KMFagep()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf_p.fit(_g_p%5B'time_5yr'%5D%2C%20event_observed%3D_g_p%5B'event_5yr'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_p%20%20%3D%20_kmf_p.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_p%20%20%3D%20_kmf_p.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t_p%20%20%20%3D%20_sf_p.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col_p%20%3D%20_colors_agep%5B_grp_p%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct_p%20%3D%20(_sf_p.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo_p%20%20%3D%20(_ci_p.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_agep.extend(_sf_pct_p%20%2B%20_ci_lo_p)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_agep.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t_p%2C%20y%3D_sf_pct_p%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp_p%7D%20(n%3D%7Blen(_g_p)%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col_p%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp_p%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_agep.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t_p%20%2B%20_t_p%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo_p%20%2B%20(_ci_p.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col_p%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t_g_p%20%20%3D%20_subset_p%5B_subset_p%5B'treated'%5D%20%3D%3D%201%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_nt_g_p%20%3D%20_subset_p%5B_subset_p%5B'treated'%5D%20%3D%3D%200%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_note_p%20%3D%20'n%3C5'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_t_g_p)%20%3E%3D%205%20and%20len(_nt_g_p)%20%3E%3D%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_p%20%3D%20_lrt_agep(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t_g_p%5B'time_5yr'%5D%2C%20%20_nt_g_p%5B'time_5yr'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20event_observed_A%3D_t_g_p%5B'event_5yr'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20event_observed_B%3D_nt_g_p%5B'event_5yr'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_note_p%20%3D%20f'Log-rank%20p%20%3D%20%7B_lr_p.p_value%3A.4f%7D'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y_min_agep%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf_agep)%20-%202)%20if%20_all_sf_agep%20else%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_agep.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'%7B_payer_agep%7D%20%7C%20Age%20%7B_age_label_p%7D%20(n%3D%7Blen(_subset_p)%3A%2C%7D)%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3E%7B_lr_note_p%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min_agep%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Treatment'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_figs_agep.append(_fig_agep)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_figs_agep.extend(_figs_agep)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B_fig%20for%20_fig%20in%20_all_figs_agep%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20pd%2C%20surv5yr_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Summary%20table%3A%20N%20by%20payer%20type%20%C3%97%20age%20group%20%C3%97%20treatment%20status%0A%20%20%20%20_surv_tbl%20%3D%20surv5yr_df.copy()%0A%20%20%20%20_surv_tbl%5B'age_group'%5D%20%3D%20pd.cut(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_surv_tbl%5B'age_at_diagnosis'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bins%3D%5B0%2C%2045%2C%2060%2C%2070%2C%20200%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%5B'%3C45'%2C%20'45%E2%80%9360'%2C%20'60%E2%80%9370'%2C%20'70%2B'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20right%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_surv_tbl%5B'treatment_label'%5D%20%3D%20_surv_tbl%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Not%20Treated'%7D)%0A%0A%20%20%20%20_summary_tbl%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_surv_tbl%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby(%5B'payer_type'%2C%20'age_group'%2C%20'treatment_label'%5D%2C%20observed%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.size()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index(name%3D'n')%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_lines_tbl%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**N%20by%20Payer%20Type%20%C3%97%20Age%20Group%20%C3%97%20Treatment%20Status**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20Type%20%7C%20Age%20Group%20%7C%20Treated%20%7C%20Not%20Treated%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------------%7C-----------%7C---------%7C-------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20(_payer_t%2C%20_age_t)%2C%20_grp_t%20in%20_summary_tbl.groupby(%5B'payer_type'%2C%20'age_group'%5D%2C%20observed%3DTrue)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_treated%20%20%20%3D%20int(_grp_t.loc%5B_grp_t%5B'treatment_label'%5D%20%3D%3D%20'Treated'%2C%20%20%20'n'%5D.sum())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_untreated%20%3D%20int(_grp_t.loc%5B_grp_t%5B'treatment_label'%5D%20%3D%3D%20'Not%20Treated'%2C%20'n'%5D.sum())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines_tbl.append(f%22%7C%20%7B_payer_t%7D%20%7C%20%7B_age_t%7D%20%7C%20%7B_n_treated%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_n_untreated%3A%2C%7D%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.md('%5Cn'.join(_lines_tbl))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%202-Year%20Survival%20by%20Insurance%20Category%20and%20Treatment%20Status%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20surv2yr_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMF2pt%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrt2pt%0A%0A%20%20%20%20_surv2pt%20%3D%20surv2yr_df.copy()%0A%20%20%20%20_surv2pt%5B'treated_label'%5D%20%3D%20_surv2pt%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Untreated'%7D)%0A%20%20%20%20_surv2pt%5B'payer_treatment'%5D%20%3D%20_surv2pt%5B'payer_type'%5D%20%2B%20'%20%E2%80%93%20'%20%2B%20_surv2pt%5B'treated_label'%5D%0A%0A%20%20%20%20_fig2pt%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_colors2pt%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%231f77b4'%2C%20'%23aec7e8'%2C%20'%23ff7f0e'%2C%20'%23ffbb78'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%232ca02c'%2C%20'%2398df8a'%2C%20'%23d62728'%2C%20'%23ff9896'%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20_groups2pt%20%3D%20sorted(_surv2pt%5B'payer_treatment'%5D.dropna().unique())%0A%20%20%20%20_all_sf_vals2pt%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20_i2pt%2C%20_grp2pt%20in%20enumerate(_groups2pt)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_g2pt%20%3D%20_surv2pt%5B_surv2pt%5B'payer_treatment'%5D%20%3D%3D%20_grp2pt%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g2pt)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf2pt%20%3D%20_KMF2pt()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf2pt.fit(_g2pt%5B'time_2yr'%5D%2C%20event_observed%3D_g2pt%5B'event_2yr'%5D%2C%20label%3D_grp2pt)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf2pt%20%3D%20_kmf2pt.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci2pt%20%3D%20_kmf2pt.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t2pt%20%3D%20_sf2pt.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_col2pt%20%3D%20_colors2pt%5B_i2pt%20%25%20len(_colors2pt)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n2pt%20%3D%20len(_g2pt)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct2pt%20%3D%20(_sf2pt.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo_pct2pt%20%3D%20(_ci2pt.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_vals2pt.extend(_sf_pct2pt%20%2B%20_ci_lo_pct2pt)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig2pt.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t2pt%2C%20y%3D_sf_pct2pt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp2pt%7D%20(n%3D%7B_n2pt%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col2pt%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp2pt%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig2pt.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t2pt%20%2B%20_t2pt%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo_pct2pt%20%2B%20(_ci2pt.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col2pt%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_y_min2pt%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf_vals2pt)%20-%202)%20if%20_all_sf_vals2pt%20else%200%0A%0A%20%20%20%20_valid2pt%20%3D%20_surv2pt%5B_surv2pt%5B'payer_treatment'%5D.notna()%5D%0A%20%20%20%20_lr2pt%20%3D%20_mlrt2pt(_valid2pt%5B'time_2yr'%5D%2C%20_valid2pt%5B'payer_treatment'%5D%2C%20_valid2pt%5B'event_2yr'%5D)%0A%20%20%20%20_p_lr2pt%20%3D%20_lr2pt.p_value%0A%0A%20%20%20%20_fig2pt.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'Kaplan-Meier%3A%202-Year%20Survival%20by%20Payer%20Type%20%C3%97%20Treatment%20Status%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_p_lr2pt%3A.4f%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min2pt%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig2pt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Overall%20log-rank%20test%20across%20payer%C3%97treatment%20groups%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr2pt.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_p_lr2pt%3A.4f%7D%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%205-Year%20Survival%20by%20Insurance%20Category%20and%20Treatment%20Status%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20surv5yr_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMF6%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrt6%0A%0A%20%20%20%20_surv6%20%3D%20surv5yr_df.copy()%0A%20%20%20%20_surv6%5B'treated_label'%5D%20%3D%20_surv6%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Untreated'%7D)%0A%20%20%20%20_surv6%5B'payer_treatment'%5D%20%3D%20_surv6%5B'payer_type'%5D%20%2B%20'%20%5Cu2013%20'%20%2B%20_surv6%5B'treated_label'%5D%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_colors6%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%231f77b4'%2C%20'%23aec7e8'%2C%20'%23ff7f0e'%2C%20'%23ffbb78'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%232ca02c'%2C%20'%2398df8a'%2C%20'%23d62728'%2C%20'%23ff9896'%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20_groups6%20%3D%20sorted(_surv6%5B'payer_treatment'%5D.dropna().unique())%0A%20%20%20%20_all_sf_vals6%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20_i6%2C%20_grp6%20in%20enumerate(_groups6)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_g6%20%3D%20_surv6%5B_surv6%5B'payer_treatment'%5D%20%3D%3D%20_grp6%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g6)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf6%20%3D%20_KMF6()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf6.fit(_g6%5B'time_5yr'%5D%2C%20event_observed%3D_g6%5B'event_5yr'%5D%2C%20label%3D_grp6)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf6%20%3D%20_kmf6.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci6%20%3D%20_kmf6.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t6%20%3D%20_sf6.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_col6%20%3D%20_colors6%5B_i6%20%25%20len(_colors6)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n6%20%3D%20len(_g6)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct6%20%3D%20(_sf6.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo_pct6%20%3D%20(_ci6.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf_vals6.extend(_sf_pct6%20%2B%20_ci_lo_pct6)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t6%2C%20y%3D_sf_pct6%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp6%7D%20(n%3D%7B_n6%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col6%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp6%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t6%20%2B%20_t6%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo_pct6%20%2B%20(_ci6.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col6%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_y_min6%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf_vals6)%20-%202)%20if%20_all_sf_vals6%20else%200%0A%20%20%20%20_y_max6%20%3D%20102%0A%0A%20%20%20%20_valid6%20%3D%20_surv6%5B_surv6%5B'payer_treatment'%5D.notna()%5D%0A%20%20%20%20_lr6%20%3D%20_mlrt6(_valid6%5B'time_5yr'%5D%2C%20_valid6%5B'payer_treatment'%5D%2C%20_valid6%5B'event_5yr'%5D)%0A%20%20%20%20_p_lr6%20%3D%20_lr6.p_value%0A%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'Kaplan-Meier%3A%205-Year%20Survival%20by%20Payer%20Type%20%5Cu00d7%20Treatment%20Status%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_p_lr6%3A.4f%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min6%2C%20_y_max6%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Overall%20log-rank%20test%20across%20payer%C3%97treatment%20groups%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr6.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_p_lr6%3A.4f%7D%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Cox%20Proportional%20Hazards%20Models%0A%0A%20%20%20%20A%20**Cox%20model**%20estimates%20the%20relationship%20between%20covariates%20and%20the%20*rate*%20at%20which%20events%20(deaths)%20occur%20over%20time%2C%20without%20assuming%20any%20particular%20shape%20for%20the%20survival%20curve.%0A%0A%20%20%20%20The%20key%20output%20is%20the%20**Hazard%20Ratio%20(HR)**%3A%0A%20%20%20%20-%20**HR%20%3E%201**%20%E2%86%92%20higher%20risk%20of%20death%20(shorter%20survival)%20compared%20to%20the%20reference%20group%0A%20%20%20%20-%20**HR%20%3C%201**%20%E2%86%92%20lower%20risk%20of%20death%20(longer%20survival)%20compared%20to%20the%20reference%20group%0A%20%20%20%20-%20**HR%20%3D%201**%20%E2%86%92%20no%20difference%0A%0A%20%20%20%20The%20reference%20group%20for%20payer%20type%20is%20the%20first%20alphabetically%20(e.g.%20*Commercial*)%20%E2%80%94%20all%20other%20payer%20HRs%20are%20relative%20to%20it.%0A%0A%20%20%20%20**Model%201**%20tests%20whether%20payer%20type%20alone%20predicts%20survival.%0A%20%20%20%20**Model%202**%20adds%20%60treated%60%20and%20%60age_at_diagnosis%60%20as%20covariates%20to%20check%20whether%20any%20payer%20effect%0A%20%20%20%20is%20explained%20by%20differences%20in%20treatment%20rates%20or%20patient%20age%20across%20payer%20types.%0A%20%20%20%20If%20a%20payer's%20HR%20shrinks%20or%20loses%20significance%20in%20Model%202%2C%20it%20suggests%20the%20survival%20difference%0A%20%20%20%20was%20driven%20by%20treatment%20access%20or%20age%20rather%20than%20the%20insurance%20type%20itself.%0A%0A%20%20%20%20Models%20are%20run%20separately%20for%20**2-year**%20and%20**5-year**%20survival%20horizons.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20pd%2C%20survival_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20CoxPHFitter%20as%20_CoxPHFitter2yr%0A%0A%20%20%20%20_base2%20%3D%20survival_df.copy()%0A%20%20%20%20_base2%5B'event_h'%5D%20%3D%20((_base2%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_base2%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20730)).astype(int)%0A%20%20%20%20_base2%5B'time_h'%5D%20%20%3D%20_base2%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D730)%0A%0A%20%20%20%20def%20_format_cox(label%2C%20cph)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20cph.summary.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s.index%20%3D%20s.index.str.replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cols%20%3D%20%5B'exp(coef)'%2C%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%2C%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%2C%20'p'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20s%5Bcols%5D.rename(columns%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'exp(coef)'%3A%20'HR'%2C%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%3A%20'CI_lo'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%3A%20'CI_hi'%2C%20'p'%3A%20'p_value'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**%7Blabel%7D**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22N%3D%7Bcph._n_examples%3A%2C%7D%20%7C%20Events%3D%7Bint(cph.event_observed.sum())%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Concordance%3D%7Bcph.concordance_index_%3A.3f%7D%20%7C%20Log-likelihood%3D%7Bcph.log_likelihood_%3A.1f%7D%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Covariate%20%7C%20HR%20%7C%20CI_lo%20%7C%20CI_hi%20%7C%20p%20%7C%20Sig%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C-----------%7C-----%7C-------%7C-------%7C---%7C-----%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20var%2C%20row%20in%20s.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sig%20%3D%20%22%5C%5C*%5C%5C*%5C%5C*%22%20if%20row%5B'p_value'%5D%20%3C%200.001%20else%20(%22%5C%5C*%22%20if%20row%5B'p_value'%5D%20%3C%200.05%20else%20%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7Bvar%7D%20%7C%20%7Brow%5B'HR'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%7Brow%5B'CI_lo'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%7Brow%5B'CI_hi'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%7Brow%5B'p_value'%5D%3A.4f%7D%20%7C%20%7Bsig%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%5Cn%22.join(_lines)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Model%201%3A%20payer_type%20only%0A%20%20%20%20_cox_df1%20%3D%20pd.get_dummies(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base2%5B%5B'time_h'%2C%20'event_h'%2C%20'payer_type'%5D%5D.dropna()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20columns%3D%5B'payer_type'%5D%2C%20drop_first%3DTrue%2C%20dtype%3Dfloat%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_cox_df1.columns%20%3D%20%5Bc.replace('%20'%2C%20'_')%20for%20c%20in%20_cox_df1.columns%5D%0A%20%20%20%20_payer_cols1%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20_cox_df1.columns%20if%20c.startswith('payer_type_')%5D%0A%20%20%20%20_cph2yr_1%20%3D%20_CoxPHFitter2yr()%0A%20%20%20%20_cph2yr_1.fit(_cox_df1%2C%20duration_col%3D'time_h'%2C%20event_col%3D'event_h'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula%3D'%20%2B%20'.join(_payer_cols1))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Model%202%3A%20payer_type%20%2B%20treated%20%2B%20age_at_diagnosis%0A%20%20%20%20_cox_df2%20%3D%20pd.get_dummies(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base2%5B%5B'time_h'%2C%20'event_h'%2C%20'payer_type'%2C%20'treated'%2C%20'age_at_diagnosis'%5D%5D.dropna()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20columns%3D%5B'payer_type'%5D%2C%20drop_first%3DTrue%2C%20dtype%3Dfloat%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_cox_df2.columns%20%3D%20%5Bc.replace('%20'%2C%20'_')%20for%20c%20in%20_cox_df2.columns%5D%0A%20%20%20%20_payer_cols2%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20_cox_df2.columns%20if%20c.startswith('payer_type_')%5D%0A%20%20%20%20_cph2yr_2%20%3D%20_CoxPHFitter2yr()%0A%20%20%20%20_cph2yr_2.fit(_cox_df2%2C%20duration_col%3D'time_h'%2C%20event_col%3D'event_h'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula%3D'%20%2B%20'.join(_payer_cols2%20%2B%20%5B'treated'%2C%20'age_at_diagnosis'%5D))%0A%0A%20%20%20%20cox_2yr_model1_summary%20%3D%20_cph2yr_1.summary.copy()%0A%20%20%20%20cox_2yr_model2_summary%20%3D%20_cph2yr_2.summary.copy()%0A%20%20%20%20mo.output.replace(mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%23%202-Year%20Horizon%5Cn%5Cn%22%20%2B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_format_cox(%22Cox%20Model%201%20(2yr)%3A%20payer_type%20only%22%2C%20_cph2yr_1)%20%2B%20%22%5Cn%5Cn---%5Cn%5Cn%22%20%2B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_format_cox(%22Cox%20Model%202%20(2yr)%3A%20payer_type%20%2B%20treated%20%2B%20age_at_diagnosis%22%2C%20_cph2yr_2)%0A%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20pd%2C%20survival_df)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20CoxPHFitter%20as%20_CoxPHFitter5yr%0A%0A%20%20%20%20_base5%20%3D%20survival_df.copy()%0A%20%20%20%20_base5%5B'event_h'%5D%20%3D%20((_base5%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_base5%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%201825)).astype(int)%0A%20%20%20%20_base5%5B'time_h'%5D%20%20%3D%20_base5%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D1825)%0A%0A%20%20%20%20def%20_format_cox(label%2C%20cph)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20cph.summary.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s.index%20%3D%20s.index.str.replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cols%20%3D%20%5B'exp(coef)'%2C%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%2C%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%2C%20'p'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20s%5Bcols%5D.rename(columns%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'exp(coef)'%3A%20'HR'%2C%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%3A%20'CI_lo'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%3A%20'CI_hi'%2C%20'p'%3A%20'p_value'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**%7Blabel%7D**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22N%3D%7Bcph._n_examples%3A%2C%7D%20%7C%20Events%3D%7Bint(cph.event_observed.sum())%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Concordance%3D%7Bcph.concordance_index_%3A.3f%7D%20%7C%20Log-likelihood%3D%7Bcph.log_likelihood_%3A.1f%7D%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Covariate%20%7C%20HR%20%7C%20CI_lo%20%7C%20CI_hi%20%7C%20p%20%7C%20Sig%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C-----------%7C-----%7C-------%7C-------%7C---%7C-----%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20var%2C%20row%20in%20s.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sig%20%3D%20%22%5C%5C*%5C%5C*%5C%5C*%22%20if%20row%5B'p_value'%5D%20%3C%200.001%20else%20(%22%5C%5C*%22%20if%20row%5B'p_value'%5D%20%3C%200.05%20else%20%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7Bvar%7D%20%7C%20%7Brow%5B'HR'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%7Brow%5B'CI_lo'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%7Brow%5B'CI_hi'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%7Brow%5B'p_value'%5D%3A.4f%7D%20%7C%20%7Bsig%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%5Cn%22.join(_lines)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Model%201%3A%20payer_type%20only%0A%20%20%20%20_cox_df1%20%3D%20pd.get_dummies(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base5%5B%5B'time_h'%2C%20'event_h'%2C%20'payer_type'%5D%5D.dropna()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20columns%3D%5B'payer_type'%5D%2C%20drop_first%3DTrue%2C%20dtype%3Dfloat%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_cox_df1.columns%20%3D%20%5Bc.replace('%20'%2C%20'_')%20for%20c%20in%20_cox_df1.columns%5D%0A%20%20%20%20_payer_cols1%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20_cox_df1.columns%20if%20c.startswith('payer_type_')%5D%0A%20%20%20%20_cph5yr_1%20%3D%20_CoxPHFitter5yr()%0A%20%20%20%20_cph5yr_1.fit(_cox_df1%2C%20duration_col%3D'time_h'%2C%20event_col%3D'event_h'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula%3D'%20%2B%20'.join(_payer_cols1))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Model%202%3A%20payer_type%20%2B%20treated%20%2B%20age_at_diagnosis%0A%20%20%20%20_cox_df2%20%3D%20pd.get_dummies(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base5%5B%5B'time_h'%2C%20'event_h'%2C%20'payer_type'%2C%20'treated'%2C%20'age_at_diagnosis'%5D%5D.dropna()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20columns%3D%5B'payer_type'%5D%2C%20drop_first%3DTrue%2C%20dtype%3Dfloat%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_cox_df2.columns%20%3D%20%5Bc.replace('%20'%2C%20'_')%20for%20c%20in%20_cox_df2.columns%5D%0A%20%20%20%20_payer_cols2%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20_cox_df2.columns%20if%20c.startswith('payer_type_')%5D%0A%20%20%20%20_cph5yr_2%20%3D%20_CoxPHFitter5yr()%0A%20%20%20%20_cph5yr_2.fit(_cox_df2%2C%20duration_col%3D'time_h'%2C%20event_col%3D'event_h'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula%3D'%20%2B%20'.join(_payer_cols2%20%2B%20%5B'treated'%2C%20'age_at_diagnosis'%5D))%0A%0A%20%20%20%20cox_model1_summary%20%3D%20_cph5yr_1.summary.copy()%0A%20%20%20%20cox_model2_summary%20%3D%20_cph5yr_2.summary.copy()%0A%20%20%20%20mo.output.replace(mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%23%205-Year%20Horizon%5Cn%5Cn%22%20%2B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_format_cox(%22Cox%20Model%201%20(5yr)%3A%20payer_type%20only%22%2C%20_cph5yr_1)%20%2B%20%22%5Cn%5Cn---%5Cn%5Cn%22%20%2B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_format_cox(%22Cox%20Model%202%20(5yr)%3A%20payer_type%20%2B%20treated%20%2B%20age_at_diagnosis%22%2C%20_cph5yr_2)%0A%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20return%20cox_model1_summary%2C%20cox_model2_summary%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cox_model2_summary%2C%20go)%3A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%20Forest%20plot%20of%20Model%202%20HRs%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_summary%20%3D%20cox_model2_summary.reset_index().rename(columns%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'index'%3A%20'covariate'%2C%20'exp(coef)'%3A%20'HR'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%3A%20'HR_lo'%2C%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%3A%20'HR_hi'%2C%20'p'%3A%20'p_val'%0A%20%20%20%20%7D)%0A%20%20%20%20_summary%5B'covariate'%5D%20%3D%20_summary%5B'covariate'%5D.str.replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20_summary%5B'significant'%5D%20%3D%20_summary%5B'p_val'%5D%20%3C%200.05%0A%20%20%20%20_summary%20%3D%20_summary.sort_values('HR')%0A%0A%20%20%20%20_colors_fp%20%3D%20%5B'steelblue'%20if%20s%20else%20'lightgray'%20for%20s%20in%20_summary%5B'significant'%5D%5D%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_fig.add_shape(type%3D'line'%2C%20x0%3D1%2C%20x1%3D1%2C%20y0%3D-0.5%2C%20y1%3Dlen(_summary)%20-%200.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'red'%2C%20dash%3D'dash'))%0A%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_summary%5B'HR'%5D%2C%20y%3D_summary%5B'covariate'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'markers'%2C%20marker%3Ddict(size%3D10%2C%20color%3D_colors_fp)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20error_x%3Ddict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%3D'data'%2C%20symmetric%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20array%3D((_summary%5B'HR_hi'%5D%20-%20_summary%5B'HR'%5D).clip(upper%3D10)).values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20arrayminus%3D((_summary%5B'HR'%5D%20-%20_summary%5B'HR_lo'%5D).clip(upper%3D10)).values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'gray'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Cb%3E%25%7By%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EHR%3A%20%25%7Bx%3A.3f%7D%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'CI%3A%20%25%7Bcustomdata%5B0%5D%3A.3f%7D%E2%80%93%25%7Bcustomdata%5B1%5D%3A.3f%7D%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'p%3A%20%25%7Bcustomdata%5B2%5D%3A.4f%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20customdata%3D_summary%5B%5B'HR_lo'%2C%20'HR_hi'%2C%20'p_val'%5D%5D.values%0A%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Cox%20Model%202%3A%20Hazard%20Ratios%20with%2095%25%20CI%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Csup%3EBlue%20%3D%20significant%20(p%20%3C%200.05)%3B%20reference%20%3D%20first%20payer%20type%20alphabetically%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Hazard%20Ratio%20(log%20scale)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_type%3D'log'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20height%3Dmax(350%2C%20len(_summary)%20*%2040)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(cox_model1_summary%2C%20cox_model2_summary%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%20Interpretation%20of%20Cox%20Models%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_s1%20%3D%20cox_model1_summary.copy()%0A%20%20%20%20_s1.index%20%3D%20_s1.index.str.replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20_s2%20%3D%20cox_model2_summary.copy()%0A%20%20%20%20_s2.index%20%3D%20_s2.index.str.replace('_'%2C%20'%20')%0A%0A%20%20%20%20%23%20Find%20Medicare%20Advantage%20HR%20in%20both%20models%20%E2%80%94%20look%20up%20each%20index%20independently%0A%20%20%20%20%23%20so%20a%20different%20reference%20category%20in%20model%202%20(due%20to%20dropna%20on%20extra%20columns)%20doesn't%20KeyError%0A%20%20%20%20_ma_vars1%20%3D%20%5Bidx%20for%20idx%20in%20_s1.index%20if%20'Medicare'%20in%20idx%20and%20'Advantage'%20in%20idx%5D%0A%20%20%20%20_ma_vars2%20%3D%20%5Bidx%20for%20idx%20in%20_s2.index%20if%20'Medicare'%20in%20idx%20and%20'Advantage'%20in%20idx%5D%0A%20%20%20%20_hr1%20%3D%20_s1.loc%5B_ma_vars1%5B0%5D%2C%20'exp(coef)'%5D%20if%20_ma_vars1%20else%20float('nan')%0A%20%20%20%20_p1%20%20%3D%20_s1.loc%5B_ma_vars1%5B0%5D%2C%20'p'%5D%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_ma_vars1%20else%20float('nan')%0A%20%20%20%20_hr2%20%3D%20_s2.loc%5B_ma_vars2%5B0%5D%2C%20'exp(coef)'%5D%20if%20_ma_vars2%20else%20float('nan')%0A%20%20%20%20_p2%20%20%3D%20_s2.loc%5B_ma_vars2%5B0%5D%2C%20'p'%5D%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_ma_vars2%20else%20float('nan')%0A%0A%20%20%20%20%23%20Age%20HR%20from%20Model%202%0A%20%20%20%20_age_key%20%3D%20%5Bidx%20for%20idx%20in%20_s2.index%20if%20'age'%20in%20idx.lower()%5D%0A%20%20%20%20if%20_age_key%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_hr_age%20%3D%20_s2.loc%5B_age_key%5B0%5D%2C%20'exp(coef)'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_p_age%20%3D%20_s2.loc%5B_age_key%5B0%5D%2C%20'p'%5D%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_hr_age%2C%20_p_age%20%3D%20float('nan')%2C%20float('nan')%0A%0A%20%20%20%20%23%20Treated%20HR%20from%20Model%202%0A%20%20%20%20_treat_key%20%3D%20%5Bidx%20for%20idx%20in%20_s2.index%20if%20idx.strip().lower()%20%3D%3D%20'treated'%5D%0A%20%20%20%20if%20_treat_key%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_hr_treat%20%3D%20_s2.loc%5B_treat_key%5B0%5D%2C%20'exp(coef)'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_p_treat%20%3D%20_s2.loc%5B_treat_key%5B0%5D%2C%20'p'%5D%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_hr_treat%2C%20_p_treat%20%3D%20float('nan')%2C%20float('nan')%0A%0A%20%20%20%20_ten_yr_risk%20%3D%20((_hr_age%20**%2010)%20-%201)%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%23%23%23%20Interpretation%3A%20Confounding%20by%20Age%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Model%201**%20(payer%20type%20only)%20shows%20Medicare%20Advantage%20with%20HR%20%3D%20**%7B_hr1%3A.2f%7D**%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22(p%20%3D%20%7B_p1%3A.4f%7D)%2C%20suggesting%20substantially%20higher%20mortality%20risk%20vs%20the%20reference%20payer.%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Model%202**%20adds%20%60treated%60%20and%20%60age_at_diagnosis%60%20as%20covariates.%20Medicare%20Advantage%20HR%20drops%20to%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**%7B_hr2%3A.2f%7D**%20(p%20%3D%20%7B_p2%3A.4f%7D)%20%E2%80%94%20the%20apparent%20payer%20effect%20largely%20disappears.%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Why%3F**%20This%20is%20a%20classic%20example%20of%20**confounding%20by%20age**%3A%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Medicare%20enrollees%20are%20predominantly%20aged%2065%2B%2C%20so%20%5C%22Medicare%20Advantage%5C%22%20is%20a%20proxy%20for%20older%20age.%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Age%20independently%20predicts%20mortality%3A%20HR%20%3D%20**%7B_hr_age%3A.3f%7D**%20per%20year%20(p%20%3D%20%7B_p_age%3A.4f%7D).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Each%20additional%20year%20adds%20~%7B(_hr_age%20-%201)%20*%20100%3A.1f%7D%25%20hazard%3B%20a%2010-year%20age%20gap%20corresponds%20to%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22~%7B_ten_yr_risk%3A.0f%7D%25%20higher%20risk.%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Once%20age%20is%20in%20the%20model%2C%20the%20payer%20type%20coefficient%20captures%20only%20the%20*residual*%20association%20%E2%80%94%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22which%20is%20near%20null.%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Treatment%20effect%3A**%20%60treated%60%20HR%20%3D%20**%7B_hr_treat%3A.3f%7D**%20(p%20%3D%20%7B_p_treat%3A.4f%7D).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20(%22Treatment%20is%20significantly%20associated%20with%20lower%20mortality%20risk%20after%20adjusting%20for%20age%20and%20payer%20type.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_p_treat%20%3C%200.05%20else%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Treatment%20does%20not%20reach%20significance%20after%20adjusting%20for%20age%20and%20payer%20type.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20%22%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Conclusion%3A**%20The%20survival%20difference%20across%20payer%20types%20observed%20in%20Model%201%20was%20driven%20by%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22age%20composition%2C%20not%20by%20the%20insurance%20type%20itself.%20After%20adjusting%20for%20age%20(and%20treatment)%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22payer%20type%20has%20minimal%20independent%20effect%20on%20survival.%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20chi2_payer%2C%0A%20%20%20%20chi2_plan%2C%0A%20%20%20%20enrollment_final%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20model_treated%2C%0A%20%20%20%20p_payer%2C%0A%20%20%20%20p_plan%2C%0A%20%20%20%20time_to_treatment%2C%0A%20%20%20%20treated_odds_ratios%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20_n_total%20%3D%20len(enrollment_final)%0A%20%20%20%20_n_treated%20%3D%20int(enrollment_final%5B'treated'%5D.sum())%0A%20%20%20%20_n_untreated%20%3D%20_n_total%20-%20_n_treated%0A%20%20%20%20_pct_treated%20%3D%20_n_treated%20%2F%20_n_total%20*%20100%0A%20%20%20%20_median_months%20%3D%20time_to_treatment%5B'months_to_treatment'%5D.median()%0A%20%20%20%20_top_payer%20%3D%20enrollment_final.groupby('payer_type').size().idxmax()%0A%20%20%20%20_top_payer_pct%20%3D%20enrollment_final%5B'payer_type'%5D.value_counts(normalize%3DTrue).iloc%5B0%5D%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_tg%20%3D%20enrollment_final%5B'treatment_group'%5D.value_counts()%0A%20%20%20%20def%20_fg(name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20c%20%3D%20_tg.get(name%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20str(c)%20%2B%20%22%20(%22%20%2B%20f%22%7Bc%2F_n_total*100%3A.1f%7D%22%20%2B%20%22%25)%22%0A%0A%20%20%20%20def%20_sig(p)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20p%20%3C%200.001%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22p%20%3C%200.001%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20p%20%3C%200.05%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22p%20%3D%20%22%20%2B%20f%22%7Bp%3A.4f%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22p%20%3D%20%22%20%2B%20f%22%7Bp%3A.3f%7D%22%20%2B%20%22%2C%20not%20significant%22%0A%0A%20%20%20%20def%20_or_line(row)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v%20%3D%20row%5B'Variable'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20o%20%3D%20row%5B'Odds%20Ratio'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lo%20%3D%20row%5B'OR%2095%25%20CI%20Lower'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hi%20%3D%20row%5B'OR%2095%25%20CI%20Upper'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22-%20**%22%20%2B%20v%20%2B%20%22**%20(OR%20%22%20%2B%20f%22%7Bo%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%2C%2095%25%20CI%20%22%20%2B%20f%22%7Blo%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%5Cu2013%22%20%2B%20f%22%7Bhi%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22)%22%0A%0A%20%20%20%20_sig_treated%20%3D%20treated_odds_ratios%5Btreated_odds_ratios%5B'Significant'%5D%5D.sort_values('Odds%20Ratio'%2C%20ascending%3DFalse)%0A%20%20%20%20_treated_hi%20%3D%20%22%5Cn%20%20%20%20%22.join(_or_line(r)%20for%20_%2C%20r%20in%20_sig_treated.head(3).iterrows())%20if%20len(_sig_treated)%20%3E%200%20else%20%22-%20No%20significant%20predictors%22%0A%20%20%20%20_treated_lo%20%3D%20%22%5Cn%20%20%20%20%22.join(_or_line(r)%20for%20_%2C%20r%20in%20_sig_treated.tail(3).iterrows())%20if%20len(_sig_treated)%20%3E%203%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20_treated_lo_section%20%3D%20%22%5Cn%5Cn%20%20%20%20Lowest%20odds%3A%5Cn%20%20%20%20%22%20%2B%20_treated_lo%20if%20_treated_lo%20else%20%22%22%0A%0A%20%20%20%20_assoc_note%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Insurance%20type%20is%20significantly%20associated%20with%20treatment%20status%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22suggesting%20coverage%20and%20formulary%20differences%20may%20influence%20prescribing.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20p_payer%20%3C%200.05%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%20%22No%20significant%20association%20was%20found%20between%20insurance%20type%20and%20treatment%20status.%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Treatment%20rates%20by%20payer%20type%0A%20%20%20%20_payer_rates%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('payer_type')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(_n%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%20_rate%3D('treated'%2C%20'mean'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values('_rate'%2C%20ascending%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_payer_rows%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20_%2C%20r%20in%20_payer_rates.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_payer_rows.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20%22%20%2B%20r%5B'payer_type'%5D%20%2B%20%22%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7Br%5B'_n'%5D%3A%2C%7D%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7Br%5B'_rate'%5D*100%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%25%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Treatment%20rates%20by%20plan%20design%0A%20%20%20%20_plan_rates%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('plan_design')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(_n%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%20_rate%3D('treated'%2C%20'mean'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values('_rate'%2C%20ascending%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_plan_rows%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20_%2C%20r%20in%20_plan_rates.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_plan_rows.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20%22%20%2B%20r%5B'plan_design'%5D%20%2B%20%22%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7Br%5B'_n'%5D%3A%2C%7D%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7Br%5B'_rate'%5D*100%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%25%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%205.%20Summary%20and%20Key%20Findings%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22---%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%20Cohort%20Overview%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Metric%20%7C%20Value%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C--------%7C-------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Patients%20analyzed%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7B_n_total%3A%2C%7D%22%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Treated%20(PARP%2Fbevacizumab)%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7B_n_treated%3A%2C%7D%22%20%2B%20%22%20(%22%20%2B%20f%22%7B_pct_treated%3A.1f%7D%22%20%2B%20%22%25)%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Not%20treated%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7B_n_untreated%3A%2C%7D%22%20%2B%20%22%20(%22%20%2B%20f%22%7B_n_untreated%2F_n_total*100%3A.1f%7D%22%20%2B%20%22%25)%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Dominant%20payer%20type%20%7C%20%22%20%2B%20_top_payer%20%2B%20%22%20(%22%20%2B%20f%22%7B_top_payer_pct%3A.1f%7D%22%20%2B%20%22%25)%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Median%20time%20to%20treatment%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7B_median_months%3A.1f%7D%22%20%2B%20%22%20months%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%20Treatment%20Breakdown%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Group%20%7C%20N%20(%25)%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C-------%7C-------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20PARP%20only%20%7C%20%22%20%2B%20_fg('PARP%20only')%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Bevacizumab%20only%20%7C%20%22%20%2B%20_fg('Bevacizumab%20only')%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Both%20%7C%20%22%20%2B%20_fg('Both')%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Neither%20%7C%20%22%20%2B%20_fg('Neither')%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%20Treatment%20Rates%20by%20Payer%20Type%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20Type%20%7C%20N%20%7C%20Treatment%20Rate%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------------%7C---%7C---------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%20%2B%20_payer_rows%20%2B%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%20Treatment%20Rates%20by%20Plan%20Design%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Plan%20Design%20%7C%20N%20%7C%20Treatment%20Rate%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C-------------%7C---%7C---------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%20%2B%20_plan_rows%20%2B%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%20Statistical%20Associations%20(Chi-Square)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Test%20%7C%20Chi-square%20%7C%20Result%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C------%7C-----------%7C--------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Treated%20x%20Payer%20Type%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7Bchi2_payer%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22%20%2B%20_sig(p_payer)%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Treated%20x%20Plan%20Design%20%7C%20%22%20%2B%20f%22%7Bchi2_plan%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22%20%2B%20_sig(p_plan)%20%2B%20%22%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%20Logistic%20Regression%3A%20Key%20Predictors%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Any%20Treatment**%20(Pseudo%20R%5Cu00b2%20%3D%20%22%20%2B%20f%22%7Bmodel_treated.prsquared%3A.4f%7D%22%20%2B%20%22)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Highest%20odds%3A%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_treated_hi%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_treated_lo_section%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%20Interpretation%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22-%20The%20majority%20of%20ovarian%20cancer%20patients%20(%22%20%2B%20_fg('Neither')%20%2B%20%22)%20did%20not%20receive%20PARP%20inhibitors%20or%20bevacizumab%20during%20observed%20enrollment%20periods.%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22-%20%22%20%2B%20_assoc_note%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22-%20**Highest%20treatment%20rate%20by%20payer%3A**%20%22%20%2B%20_payer_rates.iloc%5B0%5D%5B'payer_type'%5D%20%2B%20%22%20(%22%20%2B%20f%22%7B_payer_rates.iloc%5B0%5D%5B'_rate'%5D*100%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%25).%20**Lowest%3A**%20%22%20%2B%20_payer_rates.iloc%5B-1%5D%5B'payer_type'%5D%20%2B%20%22%20(%22%20%2B%20f%22%7B_payer_rates.iloc%5B-1%5D%5B'_rate'%5D*100%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%25).%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22-%20**Highest%20treatment%20rate%20by%20plan%3A**%20%22%20%2B%20_plan_rates.iloc%5B0%5D%5B'plan_design'%5D%20%2B%20%22%20(%22%20%2B%20f%22%7B_plan_rates.iloc%5B0%5D%5B'_rate'%5D*100%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%25).%20**Lowest%3A**%20%22%20%2B%20_plan_rates.iloc%5B-1%5D%5B'plan_design'%5D%20%2B%20%22%20(%22%20%2B%20f%22%7B_plan_rates.iloc%5B-1%5D%5B'_rate'%5D*100%3A.2f%7D%22%20%2B%20%22%25).%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22-%20The%20low%20Pseudo%20R%5Cu00b2%20(%22%20%2B%20f%22%7Bmodel_treated.prsquared%3A.4f%7D%22%20%2B%20%22)%20indicates%20that%20insurance%20characteristics%20alone%20explain%20only%20a%20small%20portion%20of%20treatment%20variation%20%5Cu2014%20clinical%20factors%20(stage%2C%20biomarkers%2C%20physician%20preference)%20likely%20dominate.%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%206.%20Tumor%20Sub-Analysis%0A%0A%20%20%20%20Patients%20who%20appear%20in%20%60tumor.parquet%60%20linked%20to%20their%20C56%20diagnosis.%20Examines%20whether%20having%20tumor%20data%20corresponds%20to%20demographic%2Ftreatment%20differences%2C%20and%20tests%20whether%20targeted%20therapy%20use%20varies%20by%20stage%20and%20histology%20subtype.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20tumor_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Filter%20to%20ovarian%20cancer%20tumors%20only%20(C56%20in%20ICD-10%3B%2056.x%20in%20ICD-O-3%20topography)%0A%20%20%20%20_cohort_ids%20%3D%20enrollment_final%5B'patient_id'%5D%0A%20%20%20%20_all_cohort_tumors%20%3D%20tumor_df%5Btumor_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids)%5D%0A%20%20%20%20_ovarian_mask%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_cohort_tumors%5B'tumor_site_code'%5D.str.startswith('C56'%2C%20na%3DFalse)%20%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_cohort_tumors%5B'tumor_site_code'%5D.str.match(r'%5E56%5B.%5Cd%5D*%24'%2C%20na%3DFalse)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_ovarian_tumors%20%3D%20_all_cohort_tumors%5B_ovarian_mask%5D%0A%0A%20%20%20%20_site_counts%20%3D%20_all_cohort_tumors%5B'tumor_site_code'%5D.value_counts().head(10)%0A%20%20%20%20_site_lines%20%3D%20%5B%22%7C%20Site%20Code%20%7C%20Count%20%7C%22%2C%20%22%7C-----------%7C-------%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_code%2C%20_cnt%20in%20_site_counts.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_site_lines.append(f%22%7C%20%7B_code%7D%20%7C%20%7B_cnt%3A%2C%7D%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Keep%20first%20ovarian%20tumor%20record%20per%20patient%0A%20%20%20%20_tumor_first%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ovarian_tumors%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values('diagnosis_date')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby('patient_id')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.first()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20tumor_cohort%20%3D%20enrollment_final.merge(_tumor_first%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%20%20%20%20tumor_cohort_missing%20%3D%20enrollment_final%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20~enrollment_final%5B'patient_id'%5D.isin(tumor_cohort%5B'patient_id'%5D)%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Tumor%20records%20for%20cohort%20patients%20(all%20sites)%3A**%20%7Blen(_all_cohort_tumors)%3A%2C%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Ovarian%20tumor%20records%20(C56%20%2F%2056.x)%3A**%20%7Blen(_ovarian_tumors)%3A%2C%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Top%20tumor%20site%20codes%3A**%5Cn%5Cn%22%20%2B%20%22%5Cn%22.join(_site_lines)%20%2B%20%22%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22---%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Tumor%20Cohort%20(ovarian%20tumors%20only)**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Metric%20%7C%20Value%20%7C%5Cn%7C--------%7C-------%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Enrollment%20final%20patients%20%7C%20%7Blen(enrollment_final)%3A%2C%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Patients%20with%20tumor%20data%20%7C%20%7Blen(tumor_cohort)%3A%2C%7D%20(%7Blen(tumor_cohort)%2Flen(enrollment_final)*100%3A.1f%7D%25)%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Patients%20without%20tumor%20data%20%7C%20%7Blen(tumor_cohort_missing)%3A%2C%7D%20(%7Blen(tumor_cohort_missing)%2Flen(enrollment_final)*100%3A.1f%7D%25)%20%7C%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(tumor_cohort%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(chi2_contingency%2C%20enrollment_final%2C%20mo%2C%20pd%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Compare%20with%20vs%20without%20tumor%20data%20on%20treatment%20rates%20and%20payer%20type%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20enrollment_final.copy()%0A%20%20%20%20_df%5B'tumor_data'%5D%20%3D%20_df%5B'patient_id'%5D.isin(tumor_cohort%5B'patient_id'%5D).map(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTrue%3A%20'With%20tumor%20data'%2C%20False%3A%20'Without%20tumor%20data'%7D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_treat_summary%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df.groupby('tumor_data')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(n%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%20n_treated%3D('treated'%2C%20'sum')%2C%20treat_rate%3D('treated'%2C%20'mean'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_treat_summary%5B'treat_pct'%5D%20%3D%20(_treat_summary%5B'treat_rate'%5D%20*%20100).round(1)%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Descriptives%3A%20With%20vs%20Without%20Tumor%20Data**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Group%20%7C%20N%20%7C%20N%20Treated%20%7C%20Treat%20%25%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C-------%7C---%7C-----------%7C---------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_%2C%20_row%20in%20_treat_summary.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_row%5B'tumor_data'%5D%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_row%5B'n_treated'%5D)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_row%5B'treat_pct'%5D%3A.1f%7D%25%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20_payer_cross%20%3D%20pd.crosstab(_df%5B'tumor_data'%5D%2C%20_df%5B'payer_type'%5D%2C%20normalize%3D'index')%20*%20100%0A%20%20%20%20_payer_cross%20%3D%20_payer_cross.round(1)%0A%20%20%20%20_pcols%20%3D%20_payer_cross.columns.tolist()%0A%20%20%20%20_lines.append(%22%5Cn**Payer%20type%20distribution%20(%25)**%5Cn%22)%0A%20%20%20%20_lines.append(%22%7C%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(str(c)%20for%20c%20in%20_pcols)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%20%20%20%20_lines.append(%22%7C---%7C%22%20%2B%20%22%7C%22.join(%5B%22---%22%5D%20*%20len(_pcols))%20%2B%20%22%7C%22)%0A%20%20%20%20for%20_idx%2C%20_row%20in%20_payer_cross.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.append(f%22%7C%20%7B_idx%7D%20%7C%20%22%20%2B%20%22%20%7C%20%22.join(f%22%7Bv%3A.1f%7D%25%22%20for%20v%20in%20_row.values)%20%2B%20%22%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20_ct_treat%20%3D%20pd.crosstab(_df%5B'tumor_data'%5D%2C%20_df%5B'treated'%5D)%0A%20%20%20%20_chi2_t%2C%20_p_t%2C%20_%2C%20_%20%3D%20chi2_contingency(_ct_treat)%0A%0A%20%20%20%20_ct_payer%20%3D%20pd.crosstab(_df%5B'tumor_data'%5D%2C%20_df%5B'payer_type'%5D)%0A%20%20%20%20_chi2_p%2C%20_p_p%2C%20_%2C%20_%20%3D%20chi2_contingency(_ct_payer)%0A%0A%20%20%20%20_lines.append(f%22%5CnChi-square%20(tumor%20data%20%C3%97%20treated)%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_chi2_t%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_p_t%3A.4f%7D%22)%0A%20%20%20%20_lines.append(f%22%5CnChi-square%20(tumor%20data%20%C3%97%20payer_type)%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_chi2_p%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_p_p%3A.4f%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20px%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Percent%20treated%20by%20year%2C%20split%20by%20tumor%20data%20cohort%0A%20%20%20%20_df%20%3D%20enrollment_final.copy()%0A%20%20%20%20_df%5B'tumor_data'%5D%20%3D%20_df%5B'patient_id'%5D.isin(tumor_cohort%5B'patient_id'%5D).map(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTrue%3A%20'With%20tumor%20data'%2C%20False%3A%20'Without%20tumor%20data'%7D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_df%5B'year'%5D%20%3D%20_df%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.dt.year%0A%0A%20%20%20%20_yearly%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df.groupby(%5B'year'%2C%20'tumor_data'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(n%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%20n_treated%3D('treated'%2C%20'sum'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_yearly%5B'pct_treated'%5D%20%3D%20_yearly%5B'n_treated'%5D%20%2F%20_yearly%5B'n'%5D%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20px.bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_yearly%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'year'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'pct_treated'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'tumor_data'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20barmode%3D'group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B'year'%3A%20'Diagnosis%20Year'%2C%20'pct_treated'%3A%20'Treated%20(%25)'%2C%20'tumor_data'%3A%20'Cohort'%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Percent%20Treated%20by%20Year%3A%20With%20vs%20Without%20Tumor%20Data'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D_yearly%5B'pct_treated'%5D.round(1).astype(str)%20%2B%20'%25'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig.update_traces(textposition%3D'outside'%2C%20textfont_size%3D10)%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(yaxis_range%3D%5B0%2C%20_yearly%5B'pct_treated'%5D.max()%20*%201.15%5D%2C%20xaxis%3Ddict(dtick%3D1))%0A%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20px%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Number%20diagnosed%20per%20year%2C%20split%20by%20tumor%20data%20cohort%0A%20%20%20%20_df2%20%3D%20enrollment_final.copy()%0A%20%20%20%20_df2%5B'tumor_data'%5D%20%3D%20_df2%5B'patient_id'%5D.isin(tumor_cohort%5B'patient_id'%5D).map(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTrue%3A%20'With%20tumor%20data'%2C%20False%3A%20'Without%20tumor%20data'%7D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_df2%5B'year'%5D%20%3D%20_df2%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.dt.year%0A%0A%20%20%20%20_yearly2%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df2.groupby(%5B'year'%2C%20'tumor_data'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(n%3D('patient_id'%2C%20'count'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_fig2%20%3D%20px.bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_yearly2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'year'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'n'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'tumor_data'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20barmode%3D'group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B'year'%3A%20'Diagnosis%20Year'%2C%20'n'%3A%20'Patients%20Diagnosed'%2C%20'tumor_data'%3A%20'Cohort'%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Patients%20Diagnosed%20per%20Year%3A%20With%20vs%20Without%20Tumor%20Data'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D'n'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig2.update_traces(textposition%3D'outside'%2C%20textfont_size%3D10)%0A%20%20%20%20_fig2.update_layout(yaxis_range%3D%5B0%2C%20_yearly2%5B'n'%5D.max()%20*%201.15%5D%2C%20xaxis%3Ddict(dtick%3D1))%0A%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig2)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20px%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Year-over-year%20percent%20change%20in%20patients%20diagnosed%2C%20by%20cohort%0A%20%20%20%20_df3%20%3D%20enrollment_final.copy()%0A%20%20%20%20_df3%5B'tumor_data'%5D%20%3D%20_df3%5B'patient_id'%5D.isin(tumor_cohort%5B'patient_id'%5D).map(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTrue%3A%20'With%20tumor%20data'%2C%20False%3A%20'Without%20tumor%20data'%7D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_df3%5B'year'%5D%20%3D%20_df3%5B'earliest_diagnosis_date'%5D.dt.year%0A%0A%20%20%20%20_yearly3%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df3.groupby(%5B'year'%2C%20'tumor_data'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(n%3D('patient_id'%2C%20'count'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_yearly3%20%3D%20_yearly3.sort_values(%5B'tumor_data'%2C%20'year'%5D)%0A%20%20%20%20_yearly3%5B'yoy_pct'%5D%20%3D%20_yearly3.groupby('tumor_data')%5B'n'%5D.pct_change()%20*%20100%0A%0A%20%20%20%20_fig3%20%3D%20px.bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_yearly3.dropna(subset%3D%5B'yoy_pct'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'year'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'yoy_pct'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'tumor_data'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20barmode%3D'group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B'year'%3A%20'Diagnosis%20Year'%2C%20'yoy_pct'%3A%20'YoY%20Change%20(%25)'%2C%20'tumor_data'%3A%20'Cohort'%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Year-over-Year%20Change%20in%20Patients%20Diagnosed%3A%20With%20vs%20Without%20Tumor%20Data'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D_yearly3.dropna(subset%3D%5B'yoy_pct'%5D)%5B'yoy_pct'%5D.round(1).astype(str)%20%2B%20'%25'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig3.update_traces(textposition%3D'outside'%2C%20textfont_size%3D10)%0A%20%20%20%20_fig3.update_layout(xaxis%3Ddict(dtick%3D1))%0A%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig3)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMF%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrt%0A%0A%20%20%20%20%23%20Tag%20each%20patient%20as%20with%20%2F%20without%20tumor%20data%0A%20%20%20%20_surv%20%3D%20survival_df.copy()%0A%20%20%20%20_surv%5B'cohort'%5D%20%3D%20_surv%5B'patient_id'%5D.isin(tumor_cohort%5B'patient_id'%5D).map(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTrue%3A%20'With%20tumor%20data'%2C%20False%3A%20'Without%20tumor%20data'%7D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_colors%20%3D%20%7B'With%20tumor%20data'%3A%20'%23636EFA'%2C%20'Without%20tumor%20data'%3A%20'%23EF553B'%7D%0A%20%20%20%20_results%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20_fig_surv%20%3D%20go.Figure()%0A%0A%20%20%20%20for%20_days%2C%20_tag%2C%20_label%20in%20%5B(730%2C%20'2yr'%2C%20'2-Year')%2C%20(1825%2C%20'5yr'%2C%20'5-Year')%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20_surv.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_s%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_s%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20_days)).astype(int)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'time_w'%5D%20%20%3D%20_s%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D_days)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr%20%3D%20_mlrt(_s%5B'time_w'%5D%2C%20_s%5B'event_w'%5D%2C%20_s%5B'cohort'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_point_ests%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_cohort%20in%20%5B'With%20tumor%20data'%2C%20'Without%20tumor%20data'%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_s%5B_s%5B'cohort'%5D%20%3D%3D%20_cohort%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20_KMF()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_w'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_w'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%20%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors%5B_cohort%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_dash%20%3D%20'solid'%20if%20_cohort%20%3D%3D%20'With%20tumor%20data'%20else%20'dash'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_surv.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D.tolist()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3D_cohort%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2%2C%20dash%3D_dash)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legendgroup%3D_cohort%2C%20showlegend%3D(_tag%20%3D%3D%20'2yr')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_surv.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D.tolist()%20%2B%20_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D.tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.12%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(width%3D0)%2C%20hoverinfo%3D'skip'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legendgroup%3D_cohort%2C%20showlegend%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_idx%20%3D%20max(_sf.index.searchsorted(_days%2C%20side%3D'right')%20-%201%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_est%20%3D%20float(_sf.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_hi%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%201%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_n_g%20%3D%20len(_g)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ev_g%20%3D%20int(_g%5B'event_w'%5D.sum())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_cens_g%20%3D%20_n_g%20-%20_ev_g%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_point_ests%5B_cohort%5D%20%3D%20(_est%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_n_g%2C%20_ev_g%2C%20_cens_g)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_results%5B_tag%5D%20%3D%20(_label%2C%20_lr%2C%20_point_ests)%0A%0A%20%20%20%20for%20_x%2C%20_lbl%20in%20%5B(730%2C%20'2yr')%2C%20(1825%2C%20'5yr')%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_surv.add_vline(x%3D_x%2C%20line_dash%3D'dot'%2C%20line_color%3D'grey'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20annotation_text%3D_lbl%2C%20annotation_position%3D'top%20right')%0A%0A%20%20%20%20_fig_surv.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Kaplan-Meier%20Survival%3A%20With%20vs%20Without%20Tumor%20Data'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B0%2C%201.05%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Cohort'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_rows%20%3D%20%5B'%23%23%23%20Survival%20Summary%5Cn'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C%20Horizon%20%7C%20Cohort%20%7C%20N%20%7C%20Events%20%7C%20Censored%20%7C%20KM%20Estimate%20%7C%2095%25%20CI%20%7C'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C---------%7C--------%7C---%7C--------%7C----------%7C-------------%7C--------%7C'%5D%0A%20%20%20%20for%20_tag%2C%20(_label%2C%20_lr%2C%20_ests)%20in%20_results.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_cohort%2C%20(_est%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_n%2C%20_ev%2C%20_cens)%20in%20_ests.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7B_label%7D%20%7C%20%7B_cohort%7D%20%7C%20%7B_n%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_ev%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_cens%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_est*100%3A.1f%7D%25%20%7C%20%5B%7B_lo*100%3A.1f%7D%25%2C%20%7B_hi*100%3A.1f%7D%25%5D%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'**significant%20difference**'%20if%20_lr.p_value%20%3C%200.05%20else%20'no%20significant%20difference'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows.append(f%22%5Cn**%7B_label%7D%20log-rank%3A**%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%20%E2%80%94%20%7B_sig%7D%5Cn%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.ui.plotly(_fig_surv)%2C%20mo.md('%5Cn'.join(_rows))%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20tumor_cohort%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Explore%20stage%20codes%20and%20map%20to%20readable%20labels%0A%20%20%20%20_stage_counts%20%3D%20tumor_cohort%5B'stage_code'%5D.value_counts()%0A%20%20%20%20_sc_lines%20%3D%20%5B%22**Stage%20Code%20Value%20Counts**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Stage%20Code%20%7C%20Count%20%7C%22%2C%20%22%7C------------%7C-------%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_code%2C%20_cnt%20in%20_stage_counts.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sc_lines.append(f%22%7C%20%7B_code%7D%20%7C%20%7B_cnt%3A%2C%7D%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20_stage_map%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'S1'%3A%20'Stage%20I'%2C%20'S1A'%3A%20'Stage%20I'%2C%20'S1B'%3A%20'Stage%20I'%2C%20'S1C'%3A%20'Stage%20I'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'S2'%3A%20'Stage%20II'%2C%20'S2A'%3A%20'Stage%20II'%2C%20'S2B'%3A%20'Stage%20II'%2C%20'S2C'%3A%20'Stage%20II'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'S3'%3A%20'Stage%20III'%2C%20'S3A'%3A%20'Stage%20III'%2C%20'S3B'%3A%20'Stage%20III'%2C%20'S3C'%3A%20'Stage%20III'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'S4'%3A%20'Stage%20IV'%2C%20'S4A'%3A%20'Stage%20IV'%2C%20'S4B'%3A%20'Stage%20IV'%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20tumor_cohort_staged%20%3D%20tumor_cohort%5Btumor_cohort%5B'stage_code'%5D.isin(_stage_map)%5D.copy()%0A%20%20%20%20tumor_cohort_staged%5B'stage_label'%5D%20%3D%20tumor_cohort_staged%5B'stage_code'%5D.map(_stage_map)%0A%0A%20%20%20%20_stage_order%20%3D%20%5B'Stage%20I'%2C%20'Stage%20II'%2C%20'Stage%20III'%2C%20'Stage%20IV'%5D%0A%20%20%20%20_sl_counts%20%3D%20tumor_cohort_staged%5B'stage_label'%5D.value_counts().reindex(_stage_order)%0A%20%20%20%20_sl_lines%20%3D%20%5Bf%22%5CnPatients%20with%20mappable%20stage%3A%20%7Blen(tumor_cohort_staged)%3A%2C%7D%20%2F%20%7Blen(tumor_cohort)%3A%2C%7D%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22**Stage%20Label%20Counts**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Stage%20%7C%20Count%20%7C%22%2C%20%22%7C-------%7C-------%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_label%2C%20_cnt%20in%20_sl_counts.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sl_lines.append(f%22%7C%20%7B_label%7D%20%7C%20%7B_cnt%3A%2C%7D%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%5Cn%22.join(_sc_lines%20%2B%20_sl_lines))%0A%20%20%20%20return%20(tumor_cohort_staged%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(chi2_contingency%2C%20mo%2C%20pd%2C%20px%2C%20tumor_cohort_staged)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Treatment%20rate%20by%20payer_type%20%C3%97%20stage%0A%20%20%20%20_cross5%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tumor_cohort_staged%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby(%5B'stage_label'%2C%20'payer_type'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(n%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%20n_treated%3D('treated'%2C%20'sum'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_cross5%5B'treat_pct'%5D%20%3D%20(_cross5%5B'n_treated'%5D%20%2F%20_cross5%5B'n'%5D%20*%20100).round(1)%0A%0A%20%20%20%20_fig5%20%3D%20px.bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_cross5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'stage_label'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'treat_pct'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'payer_type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20barmode%3D'group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Treatment%20Rate%20by%20Stage%20and%20Insurance%20Type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'stage_label'%3A%20'Tumor%20Stage'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'treat_pct'%3A%20'Treatment%20Rate%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'payer_type'%3A%20'Payer%20Type'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20custom_data%3D%5B'n'%2C%20'n_treated'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig5.update_traces(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7BfullData.name%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EStage%3A%20%25%7Bx%7D%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Treatment%20Rate%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cbr%3EN%3A%20%25%7Bcustomdata%5B0%5D%3A%2C%7D%20%7C%20Treated%3A%20%25%7Bcustomdata%5B1%5D%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_ct5%20%3D%20pd.crosstab(tumor_cohort_staged%5B'stage_label'%5D%2C%20tumor_cohort_staged%5B'treated'%5D)%0A%20%20%20%20_chi2_5%2C%20_p_5%2C%20_dof_5%2C%20_%20%3D%20chi2_contingency(_ct5)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Chi-square%20(treatment%20%C3%97%20stage)%3A%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_chi2_5%3A.2f%7D%2C%20df%20%3D%20%7B_dof_5%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_p_5%3A.4f%7D%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20_n_missing%20%3D%20tumor_cohort%5B'tumor_size'%5D.isna().sum()%0A%20%20%20%20_n_total%20%3D%20len(tumor_cohort)%0A%20%20%20%20_v_counts%20%3D%20tumor_cohort%5B'tumor_size'%5D.value_counts()%0A%20%20%20%20if%20len(_v_counts)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_size_note%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22The%20%60tumor_size%60%20field%20is%20missing%20for%20%7B_n_missing%3A%2C%7D%20of%20%7B_n_total%3A%2C%7D%20patients.%20%20%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22The%20remaining%20%7B_v_counts.iloc%5B0%5D%3A%2C%7D%20all%20have%20a%20value%20of%20**%7B_v_counts.index%5B0%5D%7D**.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_size_note%20%3D%20f%22The%20%60tumor_size%60%20field%20is%20null%20for%20all%20%7B_n_total%3A%2C%7D%20patients.%22%0A%20%20%20%20mo.md(f%22**Tumor%20size%20not%20available.**%20%7B_size_note%7D%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20pd%2C%20px%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Morphology%20(histology)%20exploration%20and%20treatment%20rate%20by%20histology%20group%0A%20%20%20%20_morph_counts%20%3D%20tumor_cohort%5B'morphology_code'%5D.value_counts().head(20)%0A%20%20%20%20_mc_lines%20%3D%20%5B%22**Morphology%20Code%20Top%2020**%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Morphology%20Code%20%7C%20Count%20%7C%22%2C%20%22%7C----------------%7C-------%7C%22%5D%0A%20%20%20%20for%20_code%2C%20_cnt%20in%20_morph_counts.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_mc_lines.append(f%22%7C%20%7B_code%7D%20%7C%20%7B_cnt%3A%2C%7D%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Group%20into%204%20broad%20categories%0A%20%20%20%20_non_serous%20%3D%20%7B'8310'%2C%20'8380'%2C%20'8480'%7D%20%20%23%20clear%20cell%2C%20endometrioid%2C%20mucinous%0A%0A%20%20%20%20def%20_map_morph(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pd.isna(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20str(code).strip().split('%2F')%5B0%5D.split('.')%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8441'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'High-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8460'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Low-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20in%20_non_serous%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Non-serous%20epithelial'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%0A%20%20%20%20_df7%20%3D%20tumor_cohort.copy()%0A%20%20%20%20_df7%5B'histology'%5D%20%3D%20_df7%5B'morphology_code'%5D.apply(_map_morph)%0A%0A%20%20%20%20_hist_order%20%3D%20%5B'High-grade%20serous'%2C%20'Low-grade%20serous'%2C%20'Non-serous%20epithelial'%2C%20'Other'%5D%0A%0A%20%20%20%20_cross7%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df7.groupby('histology')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(n%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%20n_treated%3D('treated'%2C%20'sum'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_cross7%5B'treat_pct'%5D%20%3D%20(_cross7%5B'n_treated'%5D%20%2F%20_cross7%5B'n'%5D%20*%20100).round(1)%0A%20%20%20%20_cross7%5B'histology'%5D%20%3D%20pd.Categorical(_cross7%5B'histology'%5D%2C%20categories%3D_hist_order%2C%20ordered%3DTrue)%0A%20%20%20%20_cross7%20%3D%20_cross7.sort_values('histology')%0A%0A%20%20%20%20_fig7%20%3D%20px.bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_cross7%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'histology'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'treat_pct'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Treatment%20Rate%20by%20Histology%20Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B'histology'%3A%20'Histology%20Group'%2C%20'treat_pct'%3A%20'Treatment%20Rate%20(%25)'%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20custom_data%3D%5B'n'%2C%20'n_treated'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D'treat_pct'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig7.update_traces(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20texttemplate%3D'%25%7Btext%3A.1f%7D%25'%2C%20textposition%3D'outside'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7Bx%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3ETreatment%20Rate%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'N%3A%20%25%7Bcustomdata%5B0%5D%3A%2C%7D%20%7C%20Treated%3A%20%25%7Bcustomdata%5B1%5D%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig7.update_layout(yaxis_range%3D%5B0%2C%20_cross7%5B'treat_pct'%5D.max()%20*%201.15%5D)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22%5Cn%22.join(_mc_lines))%2C%20_fig7%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(chi2_contingency%2C%20mo%2C%20pd%2C%20px%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Treatment%20rate%20by%20payer%20type%2C%20faceted%20by%20histology%20group%0A%20%20%20%20_non_serous2%20%3D%20%7B'8310'%2C%20'8380'%2C%20'8480'%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20_map_morph2(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pd.isna(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20str(code).strip().split('%2F')%5B0%5D.split('.')%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8441'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'High-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8460'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Low-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20in%20_non_serous2%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Non-serous%20epithelial'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%0A%20%20%20%20_df8%20%3D%20tumor_cohort.copy()%0A%20%20%20%20_df8%5B'histology'%5D%20%3D%20_df8%5B'morphology_code'%5D.apply(_map_morph2)%0A%20%20%20%20_hist_order2%20%3D%20%5B'High-grade%20serous'%2C%20'Low-grade%20serous'%2C%20'Non-serous%20epithelial'%2C%20'Other'%5D%0A%20%20%20%20_df8%5B'histology'%5D%20%3D%20pd.Categorical(_df8%5B'histology'%5D%2C%20categories%3D_hist_order2%2C%20ordered%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20_cross8%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df8.groupby(%5B'histology'%2C%20'payer_type'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.agg(n%3D('patient_id'%2C%20'count')%2C%20n_treated%3D('treated'%2C%20'sum'))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_cross8%5B'treat_pct'%5D%20%3D%20(_cross8%5B'n_treated'%5D%20%2F%20_cross8%5B'n'%5D%20*%20100).round(1)%0A%0A%20%20%20%20_fig8%20%3D%20px.bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_cross8%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'payer_type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'treat_pct'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20facet_col%3D'histology'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20facet_col_wrap%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Treatment%20Rate%20by%20Payer%20Type%2C%20by%20Histology%20Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D%7B'payer_type'%3A%20'Payer%20Type'%2C%20'treat_pct'%3A%20'Treatment%20Rate%20(%25)'%2C%20'histology'%3A%20'Histology'%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20custom_data%3D%5B'n'%2C%20'n_treated'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D'treat_pct'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig8.update_traces(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20texttemplate%3D'%25%7Btext%3A.1f%7D%25'%2C%20textposition%3D'outside'%2C%20cliponaxis%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7Bx%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3ETreatment%20Rate%3A%20%25%7By%3A.1f%7D%25%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'N%3A%20%25%7Bcustomdata%5B0%5D%3A%2C%7D%20%7C%20Treated%3A%20%25%7Bcustomdata%5B1%5D%3A%2C%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_fig8.update_xaxes(tickangle%3D35)%0A%20%20%20%20_fig8.update_yaxes(matches%3DNone%2C%20range%3D%5B0%2C%20_cross8%5B'treat_pct'%5D.max()%20*%201.25%5D)%0A%20%20%20%20_fig8.update_layout(showlegend%3DFalse%2C%20height%3D650)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Chi-square%20test%20within%20each%20histology%20group%0A%20%20%20%20_chi_rows%20%3D%20%5B'**Chi-square%3A%20treatment%20%C3%97%20payer%20type%20within%20each%20histology%20group**%5Cn'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C%20Histology%20%7C%20N%20%7C%20%CF%87%C2%B2%20%7C%20p%20%7C%20Significant%20%7C'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C-----------%7C---%7C----%7C---%7C-------------%7C'%5D%0A%20%20%20%20for%20_hist%20in%20_hist_order2%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_g8%20%3D%20_df8%5B_df8%5B'histology'%5D%20%3D%3D%20_hist%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ct8%20%3D%20pd.crosstab(_g8%5B'payer_type'%5D%2C%20_g8%5B'treated'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_ct8.shape%5B0%5D%20%3C%202%20or%20_ct8.shape%5B1%5D%20%3C%202%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_chi_rows.append(f%22%7C%20%7B_hist%7D%20%7C%20%7Blen(_g8)%3A%2C%7D%20%7C%20%E2%80%94%20%7C%20%E2%80%94%20%7C%20insufficient%20data%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_chi2_8%2C%20_p_8%2C%20_%2C%20_%20%3D%20chi2_contingency(_ct8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig8%20%3D%20'**Yes**'%20if%20_p_8%20%3C%200.05%20else%20'No'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_chi_rows.append(f%22%7C%20%7B_hist%7D%20%7C%20%7Blen(_g8)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_chi2_8%3A.2f%7D%20%7C%20%7B_p_8%3A.4f%7D%20%7C%20%7B_sig8%7D%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B_fig8%2C%20mo.md('%5Cn'.join(_chi_rows))%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20pd%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFh%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrth%0A%0A%20%20%20%20_non_serous3%20%3D%20%7B'8310'%2C%20'8380'%2C%20'8480'%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20_map_morph3(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pd.isna(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20str(code).strip().split('%2F')%5B0%5D.split('.')%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8441'%3A%20return%20'High-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8460'%3A%20return%20'Low-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20in%20_non_serous3%3A%20return%20'Non-serous%20epithelial'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%0A%20%20%20%20_hist_order3%20%3D%20%5B'High-grade%20serous'%2C%20'Low-grade%20serous'%2C%20'Non-serous%20epithelial'%2C%20'Other'%5D%0A%20%20%20%20_colors_h%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'High-grade%20serous'%3A%20%20%20%20%20'%23636EFA'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Low-grade%20serous'%3A%20%20%20%20%20%20'%23EF553B'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Non-serous%20epithelial'%3A%20'%2300CC96'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Other'%3A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%23AB63FA'%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Attach%20histology%20to%20survival_df%20via%20tumor_cohort%0A%20%20%20%20_tc%20%3D%20tumor_cohort%5B%5B'patient_id'%2C%20'morphology_code'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_tc%5B'histology'%5D%20%3D%20_tc%5B'morphology_code'%5D.apply(_map_morph3)%0A%20%20%20%20_sdf%20%3D%20survival_df.merge(_tc%5B%5B'patient_id'%2C%20'histology'%5D%5D%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%0A%20%20%20%20_results_h%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20_fig_h%20%3D%20go.Figure()%0A%0A%20%20%20%20for%20_days%2C%20_tag%2C%20_label%20in%20%5B(730%2C%20'2yr'%2C%20'2-Year')%2C%20(1825%2C%20'5yr'%2C%20'5-Year')%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20_sdf.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_s%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_s%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20_days)).astype(int)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'time_w'%5D%20%20%3D%20_s%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D_days)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_h%20%3D%20_mlrth(_s%5B'time_w'%5D%2C%20_s%5B'event_w'%5D%2C%20_s%5B'histology'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_point_ests_h%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_hist%20in%20_hist_order3%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_s%5B_s%5B'histology'%5D%20%3D%3D%20_hist%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20_KMFh()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_w'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_w'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%20%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors_h%5B_hist%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_dash%20%3D%20'solid'%20if%20_tag%20%3D%3D%20'2yr'%20else%20'dash'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_h.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D(_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3D_hist%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2%2C%20dash%3D_dash)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legendgroup%3D_hist%2C%20showlegend%3D(_tag%20%3D%3D%20'2yr')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_h.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(width%3D0)%2C%20hoverinfo%3D'skip'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legendgroup%3D_hist%2C%20showlegend%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_idx%20%3D%20max(_sf.index.searchsorted(_days%2C%20side%3D'right')%20-%201%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_point_ests_h%5B_hist%5D%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20float(_sf.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%201%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20len(_g)%2C%20int(_g%5B'event_w'%5D.sum())%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_results_h%5B_tag%5D%20%3D%20(_label%2C%20_lr_h%2C%20_point_ests_h)%0A%0A%20%20%20%20for%20_x%2C%20_lbl%20in%20%5B(730%2C%20'2yr')%2C%20(1825%2C%20'5yr')%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_h.add_vline(x%3D_x%2C%20line_dash%3D'dot'%2C%20line_color%3D'grey'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20annotation_text%3D_lbl%2C%20annotation_position%3D'top%20right')%0A%0A%20%20%20%20_fig_h.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Kaplan-Meier%20Survival%20by%20Histology%20Group'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B40%2C%20100%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Histology%20(solid%3D2yr%2C%20dash%3D5yr)'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_rows_h%20%3D%20%5B'%23%23%23%20Survival%20by%20Histology%20Group%5Cn'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C%20Horizon%20%7C%20Histology%20%7C%20N%20%7C%20Events%20%7C%20KM%20Estimate%20%7C%2095%25%20CI%20%7C'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C---------%7C-----------%7C---%7C--------%7C-------------%7C--------%7C'%5D%0A%20%20%20%20for%20_tag%2C%20(_label%2C%20_lr_h%2C%20_ests)%20in%20_results_h.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_hist%2C%20(_est%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_n%2C%20_ev)%20in%20_ests.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_h.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7B_label%7D%20%7C%20%7B_hist%7D%20%7C%20%7B_n%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_ev%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_est*100%3A.1f%7D%25%20%7C%20%5B%7B_lo*100%3A.1f%7D%25%2C%20%7B_hi*100%3A.1f%7D%25%5D%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'**significant**'%20if%20_lr_h.p_value%20%3C%200.05%20else%20'not%20significant'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_h.append(f%22%5Cn**%7B_label%7D%20log-rank%3A**%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr_h.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22p%20%3D%20%7B_lr_h.p_value%3A.4f%7D%20%E2%80%94%20%7B_sig%7D%5Cn%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.ui.plotly(_fig_h)%2C%20mo.md('%5Cn'.join(_rows_h))%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20np%2C%20pd%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20CoxPHFitter%20as%20_CoxHist%0A%20%20%20%20_np%20%3D%20np%0A%0A%20%20%20%20_non_serous4%20%3D%20%7B'8310'%2C%20'8380'%2C%20'8480'%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20_map_morph4(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pd.isna(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20str(code).strip().split('%2F')%5B0%5D.split('.')%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8441'%3A%20return%20'High-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8460'%3A%20return%20'Low-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20in%20_non_serous4%3A%20return%20'Non-serous%20epithelial'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%0A%20%20%20%20_tc4%20%3D%20tumor_cohort%5B%5B'patient_id'%2C%20'morphology_code'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_tc4%5B'histology'%5D%20%3D%20_tc4%5B'morphology_code'%5D.apply(_map_morph4)%0A%20%20%20%20_sdf4%20%3D%20survival_df.merge(_tc4%5B%5B'patient_id'%2C%20'histology'%5D%5D%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%0A%20%20%20%20def%20_run_cox_hist(sdf%2C%20days%2C%20label)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20sdf.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_s%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_s%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20days)).astype(int)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'time_w'%5D%20%20%3D%20_s%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3Ddays)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_cox_df%20%3D%20pd.get_dummies(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B%5B'time_w'%2C%20'event_w'%2C%20'payer_type'%2C%20'histology'%2C%20'age_at_diagnosis'%2C%20'treated'%5D%5D.dropna()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20columns%3D%5B'payer_type'%2C%20'histology'%5D%2C%20drop_first%3DTrue%2C%20dtype%3Dfloat%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_cox_df.columns%20%3D%20%5Bc.replace('%20'%2C%20'_').replace('-'%2C%20'_')%20for%20c%20in%20_cox_df.columns%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_covars%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20_cox_df.columns%20if%20c%20not%20in%20('time_w'%2C%20'event_w')%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_cph%20%3D%20_CoxHist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_cph.fit(_cox_df%2C%20duration_col%3D'time_w'%2C%20event_col%3D'event_w'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula%3D'%20%2B%20'.join(_covars))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_cph%2C%20len(_s)%0A%0A%20%20%20%20_cph_2yr%2C%20_n_2yr%20%3D%20_run_cox_hist(_sdf4%2C%20730%2C%20'2-Year')%0A%20%20%20%20_cph_5yr%2C%20_n_5yr%20%3D%20_run_cox_hist(_sdf4%2C%201825%2C%20'5-Year')%0A%0A%20%20%20%20def%20_cox_table(cph%2C%20label%2C%20n)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20cph.summary%5B%5B'exp(coef)'%2C%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%2C%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%2C%20'p'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s.index%20%3D%20s.index.str.replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20s.rename(columns%3D%7B'exp(coef)'%3A%20'HR'%2C%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%3A%20'CI_lo'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%3A%20'CI_hi'%2C%20'p'%3A%20'p_value'%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**%7Blabel%7D**%20%E2%80%94%20N%3D%7Bn%3A%2C%7D%20%7C%20Events%3D%7Bint(cph.event_observed.sum())%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Concordance%3D%7Bcph.concordance_index_%3A.3f%7D%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Covariate%20%7C%20HR%20%7C%2095%25%20CI%20%7C%20p%20%7C%20Sig%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C-----------%7C-----%7C--------%7C---%7C-----%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20var%2C%20row%20in%20s.iterrows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sig%20%3D%20'%5C%5C*%5C%5C*%5C%5C*'%20if%20row%5B'p_value'%5D%20%3C%200.001%20else%20('%5C%5C*'%20if%20row%5B'p_value'%5D%20%3C%200.05%20else%20'')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lines.append(f%22%7C%20%7Bvar%7D%20%7C%20%7Brow%5B'HR'%5D%3A.3f%7D%20%7C%20%5B%7Brow%5B'CI_lo'%5D%3A.3f%7D%2C%20%7Brow%5B'CI_hi'%5D%3A.3f%7D%5D%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7Brow%5B'p_value'%5D%3A.4f%7D%20%7C%20%7Bsig%7D%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'%5Cn'.join(lines)%0A%0A%20%20%20%20def%20_forest_plot(cph%2C%20title)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20cph.summary%5B%5B'exp(coef)'%2C%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%2C%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%2C%20'p'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s.index%20%3D%20_s.index.str.replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20_s.reset_index().rename(columns%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'index'%3A%20'covariate'%2C%20'exp(coef)'%3A%20'HR'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'exp(coef)%20lower%2095%25'%3A%20'HR_lo'%2C%20'exp(coef)%20upper%2095%25'%3A%20'HR_hi'%2C%20'p'%3A%20'p_val'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20_s.sort_values('HR').reset_index(drop%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Display%20range%3A%2010th%E2%80%9390th%20percentile%20of%20HR%2C%20padded%20%C3%97%201.5%2C%20floored%2Fcapped%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_x_lo%20%3D%20max(0.1%2C%20%20_s%5B'HR'%5D.quantile(0.10)%20%2F%201.5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_x_hi%20%3D%20min(10.0%2C%20_s%5B'HR'%5D.quantile(0.90)%20*%201.5)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Clip%20HR%20and%20CI%20to%20display%20range%3B%20track%20which%20rows%20are%20clipped%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'HR_disp'%5D%20%20%20%3D%20_s%5B'HR'%5D.clip(_x_lo%2C%20_x_hi)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'HR_lo_disp'%5D%20%3D%20_s%5B'HR_lo'%5D.clip(_x_lo%2C%20_x_hi)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'HR_hi_disp'%5D%20%3D%20_s%5B'HR_hi'%5D.clip(_x_lo%2C%20_x_hi)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'clipped'%5D%20%3D%20(_s%5B'HR'%5D%20%3C%20_x_lo)%20%7C%20(_s%5B'HR'%5D%20%3E%20_x_hi)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_colors_fp%20%3D%20%5B'steelblue'%20if%20p%20%3C%200.05%20else%20'lightgray'%20for%20p%20in%20_s%5B'p_val'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_symbols%20%20%20%3D%20%5B'arrow-right'%20if%20row%5B'HR'%5D%20%3E%20_x_hi%20else%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20('arrow-left'%20if%20row%5B'HR'%5D%20%3C%20_x_lo%20else%20'circle')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_%2C%20row%20in%20_s.iterrows()%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_vline(x%3D1%2C%20line_dash%3D'dash'%2C%20line_color%3D'red')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_s%5B'HR_disp'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_s%5B'covariate'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'markers'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20marker%3Ddict(color%3D_colors_fp%2C%20size%3D10%2C%20symbol%3D_symbols)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20error_x%3Ddict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20type%3D'data'%2C%20symmetric%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20array%3D(_s%5B'HR_hi_disp'%5D%20-%20_s%5B'HR_disp'%5D).clip(lower%3D0).values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20arrayminus%3D(_s%5B'HR_disp'%5D%20-%20_s%5B'HR_lo_disp'%5D).clip(lower%3D0).values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'gray'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3D'%3Cb%3E%25%7By%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EHR%3A%20%25%7Bcustomdata%5B0%5D%3A.3f%7D%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'CI%3A%20%25%7Bcustomdata%5B1%5D%3A.3f%7D%E2%80%93%25%7Bcustomdata%5B2%5D%3A.3f%7D%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'p%3A%20%25%7Bcustomdata%5B3%5D%3A.4f%7D%25%7Bcustomdata%5B4%5D%7D%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20customdata%3D_np.column_stack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'HR'%5D%2C%20_s%5B'HR_lo'%5D%2C%20_s%5B'HR_hi'%5D%2C%20_s%5B'p_val'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B'%20%E2%9A%A0%20clipped'%20if%20c%20else%20''%20for%20c%20in%20_s%5B'clipped'%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Dtitle%20%2B%20'%3Cbr%3E%3Csup%3EBlue%20%3D%20p%20%3C%200.05%20%7C%20Arrow%20%3D%20outlier%20clipped%20to%20axis%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis%3Ddict(title%3D'Hazard%20Ratio%20(log%20scale)'%2C%20type%3D'log'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20range%3D%5B_np.log10(_x_lo)%2C%20_np.log10(_x_hi)%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3Dmax(400%2C%20len(_s)%20*%2038)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20margin%3Ddict(l%3D200)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_fig%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_forest_plot(_cph_2yr%2C%20'Cox%20PH%20Forest%20Plot%20%E2%80%94%202-Year%20Horizon'))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_forest_plot(_cph_5yr%2C%20'Cox%20PH%20Forest%20Plot%20%E2%80%94%205-Year%20Horizon'))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(_cox_table(_cph_2yr%2C%20'Cox%20Model%3A%202-Year%20Horizon%20(age%20%2B%20payer%20type%20%2B%20histology%20%2B%20treated)'%2C%20_n_2yr))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md('---')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(_cox_table(_cph_5yr%2C%20'Cox%20Model%3A%205-Year%20Horizon%20(age%20%2B%20payer%20type%20%2B%20histology%20%2B%20treated)'%2C%20_n_5yr))%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFp%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrtp%0A%0A%20%20%20%20%23%20Restrict%20to%20patients%20with%20histology%20data%20(in%20tumor_cohort)%0A%20%20%20%20_sdf_p%20%3D%20survival_df%5Bsurvival_df%5B'patient_id'%5D.isin(tumor_cohort%5B'patient_id'%5D)%5D.copy()%0A%0A%20%20%20%20_colors_p%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%231f77b4'%2C%20'%23ff7f0e'%2C%20'%232ca02c'%2C%20'%23d62728'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%239467bd'%2C%20'%238c564b'%2C%20'%23e377c2'%2C%20'%237f7f7f'%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20_km_by_payer(sdf%2C%20days%2C%20label)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20sdf.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_s%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_s%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20days)).astype(int)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'time_w'%5D%20%20%3D%20_s%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3Ddays)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_payers%20%3D%20sorted(_s%5B'payer_type'%5D.dropna().unique())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows%20%3D%20%5Bf'%7C%20Payer%20Type%20%7C%20N%20%7C%20Events%20%7C%20KM%20at%20%7Blabel%7D%20%7C%2095%25%20CI%20%7C'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C------------%7C---%7C--------%7C--------------%7C--------%7C'%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_i%2C%20_payer%20in%20enumerate(_payers)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_s%5B_s%5B'payer_type'%5D%20%3D%3D%20_payer%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20_KMFp()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_w'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_w'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%20%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors_p%5B_i%20%25%20len(_colors_p)%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct%20%3D%20(_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf.extend(_sf_pct%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist())%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D_sf_pct%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_payer%7D%20(n%3D%7Blen(_g)%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_payer%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_idx%20%3D%20max(_sf.index.searchsorted(days%2C%20side%3D'right')%20-%201%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_est%20%3D%20float(_sf.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_hi%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%201%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ev%20%20%3D%20int(_g%5B'event_w'%5D.sum())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows.append(f'%7C%20%7B_payer%7D%20%7C%20%7Blen(_g)%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_ev%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_est*100%3A.1f%7D%25%20%7C%20%5B%7B_lo*100%3A.1f%7D%25%2C%20%7B_hi*100%3A.1f%7D%25%5D%20%7C')%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr%20%3D%20_mlrtp(_s%5B'time_w'%5D%2C%20_s%5B'event_w'%5D%2C%20_s%5B'payer_type'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_y_min%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf)%20-%202)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'KM%20%7Blabel%7D%20Survival%20by%20Payer%20Type%20(histology%20cohort)%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%20%7C%20All%20patients%2C%20follow-up%20capped%20at%20%7Blabel%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Payer%20Type'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'**significant**'%20if%20_lr.p_value%20%3C%200.05%20else%20'not%20significant'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_summary%20%3D%20f'%5Cn**Log-rank%20across%20payer%20types%3A**%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%20%E2%80%94%20%7B_sig%7D%5Cn'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_fig%2C%20'%5Cn'.join(_rows)%20%2B%20_summary%0A%0A%20%20%20%20_fig_2p%2C%20_tbl_2p%20%3D%20_km_by_payer(_sdf_p%2C%20730%2C%20%20'2-Year')%0A%20%20%20%20_fig_5p%2C%20_tbl_5p%20%3D%20_km_by_payer(_sdf_p%2C%201825%2C%20'5-Year')%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig_2p)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(_tbl_2p)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig_5p)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(_tbl_5p)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Survival%20Analyses%20by%20Stage%20and%20by%20Treatment%20Status%20(Tumor%20Cohort)%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort_staged)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFstage%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrtstage%0A%0A%20%20%20%20_stage_order%20%3D%20%5B'Stage%20I'%2C%20'Stage%20II'%2C%20'Stage%20III'%2C%20'Stage%20IV'%5D%0A%20%20%20%20_colors_stage%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Stage%20I'%3A%20%20%20'%23636EFA'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Stage%20II'%3A%20%20'%23EF553B'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Stage%20III'%3A%20'%2300CC96'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'Stage%20IV'%3A%20%20'%23AB63FA'%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20_tc_stage%20%3D%20tumor_cohort_staged%5B%5B'patient_id'%2C%20'stage_label'%5D%5D.drop_duplicates('patient_id')%0A%20%20%20%20_sdf_stage%20%3D%20survival_df.merge(_tc_stage%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%0A%20%20%20%20_fig_stage%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20_results_stage%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20for%20_days_s%2C%20_tag_s%2C%20_label_s%20in%20%5B(730%2C%20'2yr'%2C%20'2-Year')%2C%20(1825%2C%20'5yr'%2C%20'5-Year')%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20_sdf_stage.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_s%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_s%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20_days_s)).astype(int)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'time_w'%5D%20%20%3D%20_s%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D_days_s)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_s%20%3D%20_mlrtstage(_s%5B'time_w'%5D%2C%20_s%5B'event_w'%5D%2C%20_s%5B'stage_label'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_point_ests_s%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_stage%20in%20_stage_order%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_s%5B_s%5B'stage_label'%5D%20%3D%3D%20_stage%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20_KMFstage()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_w'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_w'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%20%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors_stage%5B_stage%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_dash_s%20%3D%20'solid'%20if%20_tag_s%20%3D%3D%20'2yr'%20else%20'dash'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct%20%3D%20(_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo%20%20%3D%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_stage.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D_sf_pct%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3D_stage%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2%2C%20dash%3D_dash_s)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legendgroup%3D_stage%2C%20showlegend%3D(_tag_s%20%3D%3D%20'2yr')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_stage%7D%20(%7B_label_s%7D)%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_stage.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(width%3D0)%2C%20hoverinfo%3D'skip'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legendgroup%3D_stage%2C%20showlegend%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_idx%20%3D%20max(_sf.index.searchsorted(_days_s%2C%20side%3D'right')%20-%201%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_point_ests_s%5B_stage%5D%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20float(_sf.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%201%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20len(_g)%2C%20int(_g%5B'event_w'%5D.sum())%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_results_stage%5B_tag_s%5D%20%3D%20(_label_s%2C%20_lr_s%2C%20_point_ests_s)%0A%0A%20%20%20%20for%20_x_s%2C%20_lbl_s%20in%20%5B(730%2C%20'2yr')%2C%20(1825%2C%20'5yr')%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_stage.add_vline(x%3D_x_s%2C%20line_dash%3D'dot'%2C%20line_color%3D'grey'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20annotation_text%3D_lbl_s%2C%20annotation_position%3D'top%20right')%0A%0A%20%20%20%20_fig_stage.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Kaplan-Meier%20Survival%20by%20Stage%20(Tumor%20Cohort)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B0%2C%20105%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Stage%20(solid%3D2yr%2C%20dash%3D5yr)'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_rows_stage%20%3D%20%5B'%23%23%23%20Survival%20by%20Stage%5Cn'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C%20Horizon%20%7C%20Stage%20%7C%20N%20%7C%20Events%20%7C%20KM%20Estimate%20%7C%2095%25%20CI%20%7C'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C---------%7C-------%7C---%7C--------%7C-------------%7C--------%7C'%5D%0A%20%20%20%20for%20_tag_s%2C%20(_label_s%2C%20_lr_s%2C%20_ests_s)%20in%20_results_stage.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_stage%2C%20(_est%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_n%2C%20_ev)%20in%20_ests_s.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_stage.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7B_label_s%7D%20%7C%20%7B_stage%7D%20%7C%20%7B_n%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_ev%3A%2C%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_est*100%3A.1f%7D%25%20%7C%20%5B%7B_lo*100%3A.1f%7D%25%2C%20%7B_hi*100%3A.1f%7D%25%5D%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig_s%20%3D%20'**significant**'%20if%20_lr_s.p_value%20%3C%200.05%20else%20'not%20significant'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_stage.append(f%22%5Cn**%7B_label_s%7D%20log-rank%3A**%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr_s.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22p%20%3D%20%7B_lr_s.p_value%3A.4f%7D%20%E2%80%94%20%7B_sig_s%7D%5Cn%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.ui.plotly(_fig_stage)%2C%20mo.md('%5Cn'.join(_rows_stage))%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFpt%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrtpt%0A%0A%20%20%20%20_sdf_pt%20%3D%20survival_df%5Bsurvival_df%5B'patient_id'%5D.isin(tumor_cohort%5B'patient_id'%5D)%5D.copy()%0A%20%20%20%20_sdf_pt%5B'treated_label'%5D%20%3D%20_sdf_pt%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Untreated'%7D)%0A%20%20%20%20_sdf_pt%5B'payer_treatment'%5D%20%3D%20_sdf_pt%5B'payer_type'%5D%20%2B%20'%20%E2%80%93%20'%20%2B%20_sdf_pt%5B'treated_label'%5D%0A%0A%20%20%20%20_colors_pt%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%231f77b4'%2C%20'%23aec7e8'%2C%20'%23ff7f0e'%2C%20'%23ffbb78'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%232ca02c'%2C%20'%2398df8a'%2C%20'%23d62728'%2C%20'%23ff9896'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%239467bd'%2C%20'%23c5b0d5'%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20_km_payer_treat(sdf%2C%20days%2C%20label)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20sdf.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_s%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_s%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20days)).astype(int)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'time_w'%5D%20%20%3D%20_s%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3Ddays)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_groups%20%3D%20sorted(_s%5B'payer_treatment'%5D.dropna().unique())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows%20%3D%20%5Bf'%7C%20Group%20%7C%20N%20%7C%20Events%20%7C%20KM%20at%20%7Blabel%7D%20%7C%2095%25%20CI%20%7C'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C-------%7C---%7C--------%7C--------------%7C--------%7C'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_i%2C%20_grp%20in%20enumerate(_groups)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_s%5B_s%5B'payer_treatment'%5D%20%3D%3D%20_grp%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20_KMFpt()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_w'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_w'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%20%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors_pt%5B_i%20%25%20len(_colors_pt)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct%20%3D%20(_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf.extend(_sf_pct%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D_sf_pct%2C%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp%7D%20(n%3D%7Blen(_g)%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_idx%20%3D%20max(_sf.index.searchsorted(days%2C%20side%3D'right')%20-%201%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_est%20%3D%20float(_sf.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_hi%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%201%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows.append(f'%7C%20%7B_grp%7D%20%7C%20%7Blen(_g)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_g%5B%22event_w%22%5D.sum())%3A%2C%7D%20%7C%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%7B_est*100%3A.1f%7D%25%20%7C%20%5B%7B_lo*100%3A.1f%7D%25%2C%20%7B_hi*100%3A.1f%7D%25%5D%20%7C')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr%20%3D%20_mlrtpt(_s%5B'time_w'%5D%2C%20_s%5B'event_w'%5D%2C%20_s%5B'payer_treatment'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_y_min%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf)%20-%202)%20if%20_all_sf%20else%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'KM%20%7Blabel%7D%20Survival%20by%20Payer%20Type%20%C3%97%20Treatment%20Status%20(Tumor%20Cohort)%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Group'%2C%20hovermode%3D'x%20unified'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'**significant**'%20if%20_lr.p_value%20%3C%200.05%20else%20'not%20significant'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_summary%20%3D%20f'%5Cn**Log-rank%3A**%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%20%E2%80%94%20%7B_sig%7D%5Cn'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_fig%2C%20'%5Cn'.join(_rows)%20%2B%20_summary%0A%0A%20%20%20%20_fig_pt2%2C%20_tbl_pt2%20%3D%20_km_payer_treat(_sdf_pt%2C%20730%2C%20%20'2-Year')%0A%20%20%20%20_fig_pt5%2C%20_tbl_pt5%20%3D%20_km_payer_treat(_sdf_pt%2C%201825%2C%20'5-Year')%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig_pt2)%2C%20mo.md(_tbl_pt2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig_pt5)%2C%20mo.md(_tbl_pt5)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20pd%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFht%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrtht%0A%0A%20%20%20%20_non_serous_ht%20%3D%20%7B'8310'%2C%20'8380'%2C%20'8480'%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20_map_morph_ht(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pd.isna(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20str(code).strip().split('%2F')%5B0%5D.split('.')%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8441'%3A%20return%20'High-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8460'%3A%20return%20'Low-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20in%20_non_serous_ht%3A%20return%20'Non-serous%20epithelial'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%0A%20%20%20%20_tc_ht%20%3D%20tumor_cohort%5B%5B'patient_id'%2C%20'morphology_code'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_tc_ht%5B'histology'%5D%20%3D%20_tc_ht%5B'morphology_code'%5D.apply(_map_morph_ht)%0A%20%20%20%20_sdf_ht%20%3D%20survival_df.merge(_tc_ht%5B%5B'patient_id'%2C%20'histology'%5D%5D%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%20%20%20%20_sdf_ht%5B'treated_label'%5D%20%3D%20_sdf_ht%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Untreated'%7D)%0A%20%20%20%20_sdf_ht%5B'histology_treatment'%5D%20%3D%20_sdf_ht%5B'histology'%5D%20%2B%20'%20%E2%80%93%20'%20%2B%20_sdf_ht%5B'treated_label'%5D%0A%0A%20%20%20%20_colors_ht%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%23636EFA'%2C%20'%23aaaaff'%2C%20'%23EF553B'%2C%20'%23ffaaaa'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%2300CC96'%2C%20'%23aaffee'%2C%20'%23AB63FA'%2C%20'%23ddaaff'%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20_km_hist_treat(sdf%2C%20days%2C%20label)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20sdf.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_s%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_s%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20days)).astype(int)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'time_w'%5D%20%20%3D%20_s%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3Ddays)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_hist_order%20%3D%20%5B'High-grade%20serous%20%E2%80%93%20Treated'%2C%20'High-grade%20serous%20%E2%80%93%20Untreated'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Low-grade%20serous%20%E2%80%93%20Treated'%2C%20'Low-grade%20serous%20%E2%80%93%20Untreated'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Non-serous%20epithelial%20%E2%80%93%20Treated'%2C%20'Non-serous%20epithelial%20%E2%80%93%20Untreated'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Other%20%E2%80%93%20Treated'%2C%20'Other%20%E2%80%93%20Untreated'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_groups%20%3D%20%5Bg%20for%20g%20in%20_hist_order%20if%20g%20in%20_s%5B'histology_treatment'%5D.unique()%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows%20%3D%20%5Bf'%7C%20Group%20%7C%20N%20%7C%20Events%20%7C%20KM%20at%20%7Blabel%7D%20%7C%2095%25%20CI%20%7C'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C-------%7C---%7C--------%7C--------------%7C--------%7C'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_i%2C%20_grp%20in%20enumerate(_groups)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_s%5B_s%5B'histology_treatment'%5D%20%3D%3D%20_grp%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20_KMFht()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_w'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_w'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%20%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors_ht%5B_i%20%25%20len(_colors_ht)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct%20%3D%20(_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf.extend(_sf_pct%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D_sf_pct%2C%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp%7D%20(n%3D%7Blen(_g)%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_idx%20%3D%20max(_sf.index.searchsorted(days%2C%20side%3D'right')%20-%201%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_est%20%3D%20float(_sf.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_hi%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%201%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows.append(f'%7C%20%7B_grp%7D%20%7C%20%7Blen(_g)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_g%5B%22event_w%22%5D.sum())%3A%2C%7D%20%7C%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%7B_est*100%3A.1f%7D%25%20%7C%20%5B%7B_lo*100%3A.1f%7D%25%2C%20%7B_hi*100%3A.1f%7D%25%5D%20%7C')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr%20%3D%20_mlrtht(_s%5B'time_w'%5D%2C%20_s%5B'event_w'%5D%2C%20_s%5B'histology_treatment'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_y_min%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf)%20-%202)%20if%20_all_sf%20else%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'KM%20%7Blabel%7D%20Survival%20by%20Histology%20%C3%97%20Treatment%20Status%20(Tumor%20Cohort)%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Group'%2C%20hovermode%3D'x%20unified'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'**significant**'%20if%20_lr.p_value%20%3C%200.05%20else%20'not%20significant'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_summary%20%3D%20f'%5Cn**Log-rank%3A**%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%20%E2%80%94%20%7B_sig%7D%5Cn'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_fig%2C%20'%5Cn'.join(_rows)%20%2B%20_summary%0A%0A%20%20%20%20_fig_ht2%2C%20_tbl_ht2%20%3D%20_km_hist_treat(_sdf_ht%2C%20730%2C%20%20'2-Year')%0A%20%20%20%20_fig_ht5%2C%20_tbl_ht5%20%3D%20_km_hist_treat(_sdf_ht%2C%201825%2C%20'5-Year')%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig_ht2)%2C%20mo.md(_tbl_ht2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig_ht5)%2C%20mo.md(_tbl_ht5)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(go%2C%20mo%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort_staged)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFst%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrtst%0A%0A%20%20%20%20_tc_st%20%3D%20tumor_cohort_staged%5B%5B'patient_id'%2C%20'stage_label'%5D%5D.drop_duplicates('patient_id')%0A%20%20%20%20_sdf_st%20%3D%20survival_df.merge(_tc_st%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%20%20%20%20_sdf_st%5B'treated_label'%5D%20%3D%20_sdf_st%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Untreated'%7D)%0A%20%20%20%20_sdf_st%5B'stage_treatment'%5D%20%3D%20_sdf_st%5B'stage_label'%5D%20%2B%20'%20%E2%80%93%20'%20%2B%20_sdf_st%5B'treated_label'%5D%0A%0A%20%20%20%20_colors_st%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%23636EFA'%2C%20'%23aaaaff'%2C%20'%23EF553B'%2C%20'%23ffaaaa'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'%2300CC96'%2C%20'%23aaffee'%2C%20'%23AB63FA'%2C%20'%23ddaaff'%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20_km_stage_treat(sdf%2C%20days%2C%20label)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%20%3D%20sdf.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_s%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_s%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20days)).astype(int)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_s%5B'time_w'%5D%20%20%3D%20_s%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3Ddays)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_stage_treat_order%20%3D%20%5B'Stage%20I%20%E2%80%93%20Treated'%2C%20'Stage%20I%20%E2%80%93%20Untreated'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Stage%20II%20%E2%80%93%20Treated'%2C%20'Stage%20II%20%E2%80%93%20Untreated'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Stage%20III%20%E2%80%93%20Treated'%2C%20'Stage%20III%20%E2%80%93%20Untreated'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Stage%20IV%20%E2%80%93%20Treated'%2C%20'Stage%20IV%20%E2%80%93%20Untreated'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_groups%20%3D%20%5Bg%20for%20g%20in%20_stage_treat_order%20if%20g%20in%20_s%5B'stage_treatment'%5D.unique()%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows%20%3D%20%5Bf'%7C%20Group%20%7C%20N%20%7C%20Events%20%7C%20KM%20at%20%7Blabel%7D%20%7C%2095%25%20CI%20%7C'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%7C-------%7C---%7C--------%7C--------------%7C--------%7C'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_i%2C%20_grp%20in%20enumerate(_groups)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_g%20%3D%20_s%5B_s%5B'stage_treatment'%5D%20%3D%3D%20_grp%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_g)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf%20%3D%20_KMFst()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf.fit(_g%5B'time_w'%5D%2C%20event_observed%3D_g%5B'event_w'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf%20%20%3D%20_kmf.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ci%20%20%3D%20_kmf.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_t%20%20%20%3D%20_sf.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_col%20%3D%20_colors_st%5B_i%20%25%20len(_colors_st)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct%20%3D%20(_sf.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_all_sf.extend(_sf_pct%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%2C%20y%3D_sf_pct%2C%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp%7D%20(n%3D%7Blen(_g)%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_col%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t%20%2B%20_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D(_ci.iloc%5B%3A%2C%200%5D%20*%20100).tolist()%20%2B%20(_ci.iloc%5B%3A%2C%201%5D%20*%20100).tolist()%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_col%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_idx%20%3D%20max(_sf.index.searchsorted(days%2C%20side%3D'right')%20-%201%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_est%20%3D%20float(_sf.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%200%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_hi%20%20%3D%20float(_ci.iloc%5B_idx%2C%201%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows.append(f'%7C%20%7B_grp%7D%20%7C%20%7Blen(_g)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Bint(_g%5B%22event_w%22%5D.sum())%3A%2C%7D%20%7C%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%7B_est*100%3A.1f%7D%25%20%7C%20%5B%7B_lo*100%3A.1f%7D%25%2C%20%7B_hi*100%3A.1f%7D%25%5D%20%7C')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr%20%3D%20_mlrtst(_s%5B'time_w'%5D%2C%20_s%5B'event_w'%5D%2C%20_s%5B'stage_treatment'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_y_min%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_sf)%20-%202)%20if%20_all_sf%20else%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'KM%20%7Blabel%7D%20Survival%20by%20Stage%20%C3%97%20Treatment%20Status%20(Tumor%20Cohort)%3Cbr%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Csup%3ELog-rank%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D'Group'%2C%20hovermode%3D'x%20unified'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'**significant**'%20if%20_lr.p_value%20%3C%200.05%20else%20'not%20significant'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_summary%20%3D%20f'%5Cn**Log-rank%3A**%20%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_lr.p_value%3A.4f%7D%20%E2%80%94%20%7B_sig%7D%5Cn'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_fig%2C%20'%5Cn'.join(_rows)%20%2B%20_summary%0A%0A%20%20%20%20_fig_st2%2C%20_tbl_st2%20%3D%20_km_stage_treat(_sdf_st%2C%20730%2C%20%20'2-Year')%0A%20%20%20%20_fig_st5%2C%20_tbl_st5%20%3D%20_km_stage_treat(_sdf_st%2C%201825%2C%20'5-Year')%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig_st2)%2C%20mo.md(_tbl_st2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.plotly(_fig_st5)%2C%20mo.md(_tbl_st5)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Interactive%20Tumor%20KM%20Plot%0A%0A%20%20%20%20Toggle%20segmentation%20by%20tumor%20**Stage**%20and%2For%20**Histology%20subtype**%2C%20then%20click%20**Calculate**%20to%20render.%20Both%20can%20be%20on%20at%20once%20for%20a%20cross-product%20breakdown.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20km_t_stage_toggle%20%3D%20mo.ui.switch(value%3DTrue%2C%20label%3D'Segment%20by%20Stage')%0A%20%20%20%20km_t_hist_toggle%20%3D%20mo.ui.switch(value%3DFalse%2C%20label%3D'Segment%20by%20Histology')%0A%20%20%20%20km_t_treated_toggle%20%3D%20mo.ui.switch(value%3DFalse%2C%20label%3D'Segment%20by%20Treated')%0A%20%20%20%20km_t_payer_toggle%20%3D%20mo.ui.switch(value%3DFalse%2C%20label%3D'Segment%20by%20Payer%20Type')%0A%20%20%20%20km_t_age_toggle%20%3D%20mo.ui.switch(value%3DFalse%2C%20label%3D'Segment%20by%20Age%20Bin')%0A%20%20%20%20km_t_age_bins_input%20%3D%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D'0%2C50%2C65%2C75%2C120'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D'Age%20bin%20edges%20(comma-separated)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20km_t_run_btn%20%3D%20mo.ui.run_button(label%3D'Calculate'%2C%20kind%3D'success')%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bkm_t_stage_toggle%2C%20km_t_hist_toggle%2C%20km_t_treated_toggle%2C%20km_t_payer_toggle%2C%20km_t_age_toggle%2C%20km_t_age_bins_input%2C%20km_t_run_btn%5D)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20km_t_age_bins_input%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20km_t_age_toggle%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20km_t_hist_toggle%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20km_t_payer_toggle%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20km_t_run_btn%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20km_t_stage_toggle%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20km_t_treated_toggle%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20go%2C%0A%20%20%20%20km_t_age_bins_input%2C%0A%20%20%20%20km_t_age_toggle%2C%0A%20%20%20%20km_t_hist_toggle%2C%0A%20%20%20%20km_t_payer_toggle%2C%0A%20%20%20%20km_t_run_btn%2C%0A%20%20%20%20km_t_stage_toggle%2C%0A%20%20%20%20km_t_treated_toggle%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20survival_df%2C%0A%20%20%20%20tumor_cohort%2C%0A%20%20%20%20tumor_cohort_staged%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20from%20lifelines%20import%20KaplanMeierFitter%20as%20_KMFt%0A%20%20%20%20from%20lifelines.statistics%20import%20multivariate_logrank_test%20as%20_mlrtt%0A%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20not%20km_t_run_btn.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22*Configure%20options%20above%20and%20click%20**Calculate**%20to%20render%20the%20plot.*%22)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20not%20(km_t_stage_toggle.value%20or%20km_t_hist_toggle.value%20or%20km_t_treated_toggle.value%20or%20km_t_payer_toggle.value%20or%20km_t_age_toggle.value)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%E2%9A%A0%EF%B8%8F%20Turn%20on%20at%20least%20one%20segmentation%20toggle%20(Stage%2C%20Histology%2C%20Treated%2C%20Payer%20Type%2C%20and%2For%20Age%20Bin).%22)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_non_serous_t%20%3D%20%7B'8310'%2C%20'8380'%2C%20'8480'%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20_map_morph_t(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pd.isna(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20str(code).strip().split('%2F')%5B0%5D.split('.')%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8441'%3A%20return%20'High-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8460'%3A%20return%20'Low-grade%20serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20in%20_non_serous_t%3A%20return%20'Non-serous%20epithelial'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%0A%20%20%20%20_base_t%20%3D%20survival_df%5B%5B'patient_id'%2C%20'survival_days'%2C%20'event'%2C%20'treated'%2C%20'age_at_diagnosis'%2C%20'payer_type'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_base_t%5B'event_w'%5D%20%3D%20((_base_t%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_base_t%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%201825)).astype(int)%0A%20%20%20%20_base_t%5B'time_w'%5D%20%3D%20_base_t%5B'survival_days'%5D.clip(upper%3D1825)%0A%0A%20%20%20%20_dims_t%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20if%20km_t_stage_toggle.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_tc_s%20%3D%20tumor_cohort_staged%5B%5B'patient_id'%2C%20'stage_label'%5D%5D.drop_duplicates('patient_id')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t%20%3D%20_base_t.merge(_tc_s%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_dims_t.append(('Stage'%2C%20'stage_label'))%0A%0A%20%20%20%20if%20km_t_hist_toggle.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_tc_h%20%3D%20tumor_cohort%5B%5B'patient_id'%2C%20'morphology_code'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_tc_h%5B'histology'%5D%20%3D%20_tc_h%5B'morphology_code'%5D.apply(_map_morph_t)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t%20%3D%20_base_t.merge(_tc_h%5B%5B'patient_id'%2C%20'histology'%5D%5D%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_dims_t.append(('Histology'%2C%20'histology'))%0A%0A%20%20%20%20if%20km_t_treated_toggle.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t%5B'treated_label'%5D%20%3D%20_base_t%5B'treated'%5D.map(%7B1%3A%20'Treated'%2C%200%3A%20'Untreated'%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_dims_t.append(('Treated'%2C%20'treated_label'))%0A%0A%20%20%20%20if%20km_t_payer_toggle.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_dims_t.append(('Payer%20Type'%2C%20'payer_type'))%0A%0A%20%20%20%20if%20km_t_age_toggle.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_edges_t%20%3D%20sorted(%7Bfloat(x.strip())%20for%20x%20in%20km_t_age_bins_input.value.split('%2C')%20if%20x.strip()%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20ValueError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_edges_t%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20len(_edges_t)%20%3C%202%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%E2%9A%A0%EF%B8%8F%20Please%20enter%20at%20least%202%20numeric%20bin%20edges%20separated%20by%20commas.%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_age_labels_t%20%3D%20%5Bf%22%7Bint(_edges_t%5B_k%5D)%7D%20%3C%3D%20age%20%3C%20%7Bint(_edges_t%5B_k%2B1%5D)%7D%22%20for%20_k%20in%20range(len(_edges_t)%20-%201)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t%5B'age_bin'%5D%20%3D%20pd.cut(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t%5B'age_at_diagnosis'%5D.astype(float)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bins%3D_edges_t%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D_age_labels_t%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20include_lowest%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20right%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).astype(object)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_dims_t.append(('Age%20Bin'%2C%20'age_bin'))%0A%0A%20%20%20%20if%20len(_dims_t)%20%3D%3D%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_label_t%2C%20_col_t%20%3D%20_dims_t%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t%5B'_group'%5D%20%3D%20_base_t%5B_col_t%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_group_col_t%20%3D%20_label_t%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t%5B'_group'%5D%20%3D%20_base_t%5B_dims_t%5B0%5D%5B1%5D%5D.astype(str)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_d%20in%20_dims_t%5B1%3A%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t%5B'_group'%5D%20%3D%20_base_t%5B'_group'%5D%20%2B%20'%20%7C%20'%20%2B%20_base_t%5B_d%5B1%5D%5D.astype(str)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_null_mask%20%3D%20pd.Series(False%2C%20index%3D_base_t.index)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_d%20in%20_dims_t%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_null_mask%20%3D%20_null_mask%20%7C%20_base_t%5B_d%5B1%5D%5D.isna()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base_t.loc%5B_null_mask%2C%20'_group'%5D%20%3D%20pd.NA%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_group_col_t%20%3D%20'%20%C3%97%20'.join(_d%5B0%5D%20for%20_d%20in%20_dims_t)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_group_col_t%20%3D%20'%20%C3%97%20'.join(_d%5B0%5D%20for%20_d%20in%20_dims_t)%0A%0A%20%20%20%20_base_t%20%3D%20_base_t%5B_base_t%5B'_group'%5D.notna()%5D.copy()%0A%0A%20%20%20%20_palette_t%20%3D%20%5B'%231f77b4'%2C%20'%23ff7f0e'%2C%20'%232ca02c'%2C%20'%23d62728'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%239467bd'%2C%20'%238c564b'%2C%20'%23e377c2'%2C%20'%237f7f7f'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%23bcbd22'%2C%20'%2317becf'%2C%20'%23aec7e8'%2C%20'%23ffbb78'%5D%0A%20%20%20%20_groups_t%20%3D%20sorted(_base_t%5B'_group'%5D.unique().tolist()%2C%20key%3Dstr)%0A%20%20%20%20_all_vals_t%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20_fig_t%20%3D%20go.Figure()%0A%0A%20%20%20%20for%20_idx_t%2C%20_grp_t%20in%20enumerate(_groups_t)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_gd_t%20%3D%20_base_t%5B_base_t%5B'_group'%5D%20%3D%3D%20_grp_t%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_gd_t)%20%3C%205%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf_t%20%3D%20_KMFt()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_kmf_t.fit(_gd_t%5B'time_w'%5D%2C%20event_observed%3D_gd_t%5B'event_w'%5D%2C%20label%3Dstr(_grp_t))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_t%20%3D%20_kmf_t.survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_t%20%3D%20_kmf_t.confidence_interval_survival_function_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_t_t%20%3D%20_sf_t.index.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_color_t%20%3D%20_palette_t%5B_idx_t%20%25%20len(_palette_t)%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_sf_pct_t%20%3D%20(_sf_t.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_lo_t%20%3D%20(_ci_t.iloc%5B%3A%2C%200%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ci_hi_t%20%3D%20(_ci_t.iloc%5B%3A%2C%201%5D.values%20*%20100).tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_all_vals_t.extend(_sf_pct_t%20%2B%20_ci_lo_t)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_t.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t_t%2C%20y%3D_sf_pct_t%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode%3D'lines'%2C%20name%3Df'%7B_grp_t%7D%20(n%3D%7Blen(_gd_t)%3A%2C%7D)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D_color_t%2C%20width%3D2)%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20hovertemplate%3Df'%3Cb%3E%7B_grp_t%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3EDays%3A%20%25%7B%7Bx%7D%7D%3Cbr%3ESurvival%3A%20%25%7B%7By%3A.1f%7D%7D%25%3Cextra%3E%3C%2Fextra%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_fig_t.add_trace(go.Scatter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_t_t%20%2B%20_t_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_ci_lo_t%20%2B%20_ci_hi_t%5B%3A%3A-1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3D'toself'%2C%20fillcolor%3D_color_t%2C%20opacity%3D0.08%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20line%3Ddict(color%3D'rgba(0%2C0%2C0%2C0)')%2C%20line_shape%3D'hv'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20showlegend%3DFalse%2C%20hoverinfo%3D'skip'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%0A%20%20%20%20_y_min_t%20%3D%20max(0%2C%20min(_all_vals_t)%20-%202)%20if%20_all_vals_t%20else%200%0A%0A%20%20%20%20if%20_base_t%5B'_group'%5D.nunique()%20%3E%3D%202%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_t%20%3D%20_mlrtt(_base_t%5B'time_w'%5D%2C%20_base_t%5B'_group'%5D.astype(str)%2C%20_base_t%5B'event_w'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_title_sup_t%20%3D%20f'Log-rank%20p%20%3D%20%7B_lr_t.p_value%3A.4f%7D%20%7C%20follow-up%20capped%20at%205%20years%20%7C%20tumor%20cohort'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_md_t%20%3D%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Overall%20log-rank%20test%20across%20%7B_group_col_t.lower()%7D%20groups%3A%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%CF%87%C2%B2%20%3D%20%7B_lr_t.test_statistic%3A.2f%7D%2C%20p%20%3D%20%7B_lr_t.p_value%3A.4f%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_title_sup_t%20%3D%20'follow-up%20capped%20at%205%20years%20%7C%20tumor%20cohort'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lr_md_t%20%3D%20mo.md(%22*Need%20%E2%89%A52%20groups%20for%20a%20log-rank%20test.*%22)%0A%0A%20%20%20%20_fig_t.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df'Kaplan-Meier%3A%205-Year%20Survival%20by%20%7B_group_col_t%7D%20(Tumor%20Cohort)%3Cbr%3E%3Csup%3E%7B_title_sup_t%7D%3C%2Fsup%3E'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Days%20from%20Diagnosis'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Survival%20Probability%20(%25)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis%3Ddict(range%3D%5B_y_min_t%2C%20102%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_title%3D_group_col_t%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hovermode%3D'x%20unified'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.ui.plotly(_fig_t)%2C%20_lr_md_t%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%207.%20Mediation%20Analysis%0A%0A%20%20%20%20Tests%20whether%20payer%20type's%20association%20with%20survival%20operates%20**through%20treatment**%20(indirect%2Fmediated%20effect)%0A%20%20%20%20or%20**directly**%20(independent%20of%20treatment).%0A%0A%20%20%20%20**Causal%20diagram%3A**%20Payer%20type%20%E2%86%92%20Treatment%20(a-path)%20%E2%86%92%20Survival%20(b-path)%3B%20Payer%20type%20%E2%86%92%20Survival%20directly%20(c'-path).%0A%0A%20%20%20%20-%20**ACME**%20(Average%20Causal%20Mediation%20Effect)%3A%20indirect%20effect%20operating%20through%20treatment%0A%20%20%20%20-%20**ADE**%20(Average%20Direct%20Effect)%3A%20direct%20payer%20%E2%86%92%20survival%20effect%20not%20through%20treatment%0A%20%20%20%20-%20**Total%20effect**%20%3D%20ACME%20%2B%20ADE%0A%20%20%20%20-%20**Proportion%20mediated**%20%3D%20ACME%20%2F%20Total%0A%0A%20%20%20%20Payer%20type%20is%20multi-categorical%3B%20K-1%20dummy%20variables%20are%20created%20(reference%20%3D%20most%20common%20payer).%0A%20%20%20%20Mediation%20is%20run%20separately%20for%20each%20payer%20dummy%20using%20%60statsmodels.stats.mediation.Mediation%60%0A%20%20%20%20(parametric%2C%20n_rep%3D200).%20Outcomes%3A%20binary%20event%20(primary)%20and%20continuous%20survival%20days%20(sensitivity).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20mo%2C%20pd%2C%20survival_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%20Mediation%20data%20prep%20(entire%20cohort)%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_med%20%3D%20survival_df.copy()%0A%20%20%20%20_med%5B'event_2yr'%5D%20%3D%20((_med%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_med%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20730)).astype(int)%0A%20%20%20%20_med%5B'event_5yr'%5D%20%3D%20((_med%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_med%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%201825)).astype(int)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Merge%20plan_design%20from%20enrollment_final%20(not%20in%20survival_df)%0A%20%20%20%20_med%20%3D%20_med.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enrollment_final%5B%5B'patient_id'%2C%20'payer_type'%5D%5D.drop_duplicates('patient_id')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'left'%2C%20suffixes%3D(''%2C%20'_enr')%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Reference%20payer%20%3D%20most%20common%0A%20%20%20%20ref_payer%20%3D%20_med%5B'payer_type'%5D.value_counts().idxmax()%0A%20%20%20%20_med%5B'_payer_clean'%5D%20%3D%20_med%5B'payer_type'%5D.str.replace('%20'%2C%20'_').str.replace('-'%2C%20'_')%0A%20%20%20%20ref_col%20%3D%20'payer_'%20%2B%20ref_payer.replace('%20'%2C%20'_').replace('-'%2C%20'_')%0A%0A%20%20%20%20_dummies%20%3D%20pd.get_dummies(_med%5B'_payer_clean'%5D%2C%20prefix%3D'payer'%2C%20dtype%3Dint)%0A%20%20%20%20_med%20%3D%20pd.concat(%5B_med%2C%20_dummies%5D%2C%20axis%3D1)%0A%20%20%20%20if%20ref_col%20in%20_med.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_med%20%3D%20_med.drop(columns%3D%5Bref_col%5D)%0A%0A%20%20%20%20payer_cols%20%3D%20sorted(%5Bc%20for%20c%20in%20_med.columns%20if%20c.startswith('payer_')%5D)%0A%20%20%20%20_med%20%3D%20_med.dropna(subset%3D%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%2B%20payer_cols)%0A%0A%20%20%20%20mediation_df%20%3D%20_med%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Mediation%20dataset%3A**%20%7Blen(mediation_df)%3A%2C%7D%20patients%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Reference%20payer%3A**%20%7Bref_payer%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Payer%20dummies%3A**%20%7B'%2C%20'.join(payer_cols)%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20mediation_df%2C%20payer_cols%2C%20ref_payer%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mediation_df%2C%20mo%2C%20np%2C%20payer_cols%2C%20ref_payer)%3A%0A%20%20%20%20import%20statsmodels.formula.api%20as%20_smf%0A%0A%20%20%20%20def%20_med_boot(df%2C%20outcome_col%2C%20payer_col%2C%20n_rep%3D200)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_acmes%2C%20_ades%2C%20_totals%20%3D%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_%20in%20range(n_rep)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_b%20%3D%20df.sample(n%3Dlen(df)%2C%20replace%3DTrue).reset_index(drop%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_mfit%20%3D%20_smf.logit(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'treated%20~%20%7Bpayer_col%7D%20%2B%20age_at_diagnosis'%2C%20data%3D_b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).fit(disp%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ofit%20%3D%20_smf.logit(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%7Boutcome_col%7D%20~%20treated%20%2B%20%7Bpayer_col%7D%20%2B%20age_at_diagnosis'%2C%20data%3D_b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).fit(disp%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_d0%20%3D%20df.assign(**%7Bpayer_col%3A%200%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_d1%20%3D%20df.assign(**%7Bpayer_col%3A%201%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m0s%20%3D%20np.random.binomial(1%2C%20np.clip(_mfit.predict(_d0).values%2C%200%2C%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m1s%20%3D%20np.random.binomial(1%2C%20np.clip(_mfit.predict(_d1).values%2C%200%2C%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y00%20%3D%20float(_ofit.predict(_d0.assign(treated%3D_m0s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y01%20%3D%20float(_ofit.predict(_d0.assign(treated%3D_m1s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y10%20%3D%20float(_ofit.predict(_d1.assign(treated%3D_m0s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y11%20%3D%20float(_ofit.predict(_d1.assign(treated%3D_m1s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_acmes.append(_y11%20-%20_y10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ades.append(_y11%20-%20_y01)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_totals.append(_y11%20-%20_y00)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_a%20%3D%20np.array(_acmes)%3B%20_d%20%3D%20np.array(_ades)%3B%20_t%20%3D%20np.array(_totals)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_a)%20%3C%2010%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20RuntimeError('too%20many%20bootstrap%20failures')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_acme%20%3D%20float(_a.mean())%3B%20_ade%20%3D%20float(_d.mean())%3B%20_total%20%3D%20float(_t.mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_prop%20%3D%20_acme%20%2F%20_total%20if%20abs(_total)%20%3E%201e-10%20else%20float('nan')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%3D%20float(np.percentile(_a%2C%202.5))%3B%20_hi%20%3D%20float(np.percentile(_a%2C%2097.5))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_p%20%3D%20float(max(2%20*%20min((_a%20%3E%200).mean()%2C%20(_a%20%3C%200).mean())%2C%201%20%2F%20n_rep))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_acme%2C%20_ade%2C%20_total%2C%20_prop%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_p%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Mediation%20Analysis%3A%20Entire%20Cohort**%20(reference%20payer%3A%20%7Bref_payer%7D)%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22*Outcome%20models%3A%20Logistic%20(binary%20event).%20Bootstrap%20n%3D200.%20ACME%20%3D%20indirect%20effect%20through%20treatment.*%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_horizon%2C%20_outcome_col%20in%20%5B('2-Year'%2C%20'event_2yr')%2C%20('5-Year'%2C%20'event_5yr')%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_med%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5Cn**%7B_horizon%7D%20Horizon**%20(%60%7B_outcome_col%7D%60)%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20(vs%20ref)%20%7C%20ACME%20%7C%20ADE%20%7C%20Total%20%7C%20Prop.%20Med.%20%7C%20ACME%2095%25%20CI%20%7C%20p(ACME)%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C----------------%7C------%7C-----%7C-------%7C-----------%7C-------------%7C---------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_pc%20in%20payer_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_label%20%3D%20_pc.replace('payer_'%2C%20'').replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_acme%2C%20_ade%2C%20_total%2C%20_prop%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_p%20%3D%20_med_boot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mediation_df%2C%20_outcome_col%2C%20_pc%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'%5C%5C*'%20if%20_p%20%3C%200.05%20else%20''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_med.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7B_label%7D%20%7C%20%7B_acme%3A.4f%7D%20%7C%20%7B_ade%3A.4f%7D%20%7C%20%7B_total%3A.4f%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_prop%3A.3f%7D%20%7C%20%5B%7B_lo%3A.4f%7D%2C%20%7B_hi%3A.4f%7D%5D%20%7C%20%7B_p%3A.4f%7D%7B_sig%7D%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20_e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_med.append(f%22%7C%20%7B_label%7D%20%7C%20error%3A%20%7B_e%7D%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines.extend(_rows_med)%0A%0A%20%20%20%20mo.md('%5Cn'.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mediation_df%2C%20mo%2C%20np%2C%20payer_cols%2C%20ref_payer)%3A%0A%20%20%20%20import%20statsmodels.formula.api%20as%20_smf_ols%0A%0A%20%20%20%20def%20_med_boot_ols(df%2C%20payer_col%2C%20n_rep%3D200)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_acmes%2C%20_ades%2C%20_totals%20%3D%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_%20in%20range(n_rep)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_b%20%3D%20df.sample(n%3Dlen(df)%2C%20replace%3DTrue).reset_index(drop%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_mfit%20%3D%20_smf_ols.logit(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'treated%20~%20%7Bpayer_col%7D%20%2B%20age_at_diagnosis'%2C%20data%3D_b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).fit(disp%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ofit%20%3D%20_smf_ols.ols(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'survival_days%20~%20treated%20%2B%20%7Bpayer_col%7D%20%2B%20age_at_diagnosis'%2C%20data%3D_b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).fit()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_d0%20%3D%20df.assign(**%7Bpayer_col%3A%200%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_d1%20%3D%20df.assign(**%7Bpayer_col%3A%201%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m0s%20%3D%20np.random.binomial(1%2C%20np.clip(_mfit.predict(_d0).values%2C%200%2C%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m1s%20%3D%20np.random.binomial(1%2C%20np.clip(_mfit.predict(_d1).values%2C%200%2C%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y00%20%3D%20float(_ofit.predict(_d0.assign(treated%3D_m0s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y01%20%3D%20float(_ofit.predict(_d0.assign(treated%3D_m1s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y10%20%3D%20float(_ofit.predict(_d1.assign(treated%3D_m0s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y11%20%3D%20float(_ofit.predict(_d1.assign(treated%3D_m1s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_acmes.append(_y11%20-%20_y10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ades.append(_y11%20-%20_y01)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_totals.append(_y11%20-%20_y00)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_a%20%3D%20np.array(_acmes)%3B%20_d%20%3D%20np.array(_ades)%3B%20_t%20%3D%20np.array(_totals)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_a)%20%3C%2010%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20RuntimeError('too%20many%20bootstrap%20failures')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_acme%20%3D%20float(_a.mean())%3B%20_ade%20%3D%20float(_d.mean())%3B%20_total%20%3D%20float(_t.mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_prop%20%3D%20_acme%20%2F%20_total%20if%20abs(_total)%20%3E%201e-10%20else%20float('nan')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%3D%20float(np.percentile(_a%2C%202.5))%3B%20_hi%20%3D%20float(np.percentile(_a%2C%2097.5))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_p%20%3D%20float(max(2%20*%20min((_a%20%3E%200).mean()%2C%20(_a%20%3C%200).mean())%2C%201%20%2F%20n_rep))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_acme%2C%20_ade%2C%20_total%2C%20_prop%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_p%0A%0A%20%20%20%20_lines_ols%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Sensitivity%3A%20Continuous%20Outcome%20(survival_days)**%20%E2%80%94%20Entire%20Cohort%20(reference%3A%20%7Bref_payer%7D)%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22*%E2%9A%A0%20Censored%20patients%20have%20truncated%20survival_days%3B%20interpret%20directionally.*%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20(vs%20ref)%20%7C%20ACME%20(days)%20%7C%20ADE%20(days)%20%7C%20Total%20(days)%20%7C%20Prop.%20Med.%20%7C%20ACME%2095%25%20CI%20%7C%20p(ACME)%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C----------------%7C-------------%7C-----------%7C--------------%7C-----------%7C-------------%7C---------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_pc%20in%20payer_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_label%20%3D%20_pc.replace('payer_'%2C%20'').replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_acme%2C%20_ade%2C%20_total%2C%20_prop%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_p%20%3D%20_med_boot_ols(mediation_df%2C%20_pc)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'%5C%5C*'%20if%20_p%20%3C%200.05%20else%20''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lines_ols.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7B_label%7D%20%7C%20%7B_acme%3A.1f%7D%20%7C%20%7B_ade%3A.1f%7D%20%7C%20%7B_total%3A.1f%7D%20%7C%20%7B_prop%3A.3f%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5B%7B_lo%3A.1f%7D%2C%20%7B_hi%3A.1f%7D%5D%20%7C%20%7B_p%3A.4f%7D%7B_sig%7D%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20_e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lines_ols.append(f%22%7C%20%7B_label%7D%20%7C%20error%3A%20%7B_e%7D%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.md('%5Cn'.join(_lines_ols))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20pd%2C%20survival_df%2C%20tumor_cohort%2C%20tumor_cohort_staged)%3A%0A%20%20%20%20_non_serous_tm%20%3D%20%7B'8310'%2C%20'8380'%2C%20'8480'%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20_map_morph_tm(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pd.isna(code)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20str(code).strip().split('%2F')%5B0%5D.split('.')%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8441'%3A%20return%20'High_grade_serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20%3D%3D%20'8460'%3A%20return%20'Low_grade_serous'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s%20in%20_non_serous_tm%3A%20return%20'Non_serous_epithelial'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20'Other'%0A%0A%20%20%20%20_tc_tm%20%3D%20tumor_cohort%5B%5B'patient_id'%2C%20'morphology_code'%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20_tc_tm%5B'histology'%5D%20%3D%20_tc_tm%5B'morphology_code'%5D.apply(_map_morph_tm)%0A%0A%20%20%20%20_staged_tm%20%3D%20tumor_cohort_staged%5B%5B'patient_id'%2C%20'stage_label'%5D%5D.drop_duplicates('patient_id').copy()%0A%20%20%20%20_staged_tm%5B'stage_clean'%5D%20%3D%20_staged_tm%5B'stage_label'%5D.str.replace('%20'%2C%20'_')%0A%0A%20%20%20%20_tmed%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20survival_df%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.merge(_tc_tm%5B%5B'patient_id'%2C%20'histology'%5D%5D%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.merge(_staged_tm%5B%5B'patient_id'%2C%20'stage_clean'%5D%5D%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_tmed%5B'event_2yr'%5D%20%3D%20((_tmed%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_tmed%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%20730)).astype(int)%0A%20%20%20%20_tmed%5B'event_5yr'%5D%20%3D%20((_tmed%5B'event'%5D%20%3D%3D%201)%20%26%20(_tmed%5B'survival_days'%5D%20%3C%3D%201825)).astype(int)%0A%0A%20%20%20%20ref_payer_t%20%3D%20_tmed%5B'payer_type'%5D.value_counts().idxmax()%0A%20%20%20%20_tmed%5B'_payer_clean'%5D%20%3D%20_tmed%5B'payer_type'%5D.str.replace('%20'%2C%20'_').str.replace('-'%2C%20'_')%0A%20%20%20%20ref_col_t%20%3D%20'payer_'%20%2B%20ref_payer_t.replace('%20'%2C%20'_').replace('-'%2C%20'_')%0A%20%20%20%20_payer_dummies_t%20%3D%20pd.get_dummies(_tmed%5B'_payer_clean'%5D%2C%20prefix%3D'payer'%2C%20dtype%3Dint)%0A%20%20%20%20_hist_dummies_t%20%20%3D%20pd.get_dummies(_tmed%5B'histology'%5D%2C%20%20%20prefix%3D'hist'%2C%20%20dtype%3Dint)%0A%20%20%20%20_stage_dummies_t%20%3D%20pd.get_dummies(_tmed%5B'stage_clean'%5D%2C%20prefix%3D'stage'%2C%20dtype%3Dint)%0A%20%20%20%20_tmed%20%3D%20pd.concat(%5B_tmed%2C%20_payer_dummies_t%2C%20_hist_dummies_t%2C%20_stage_dummies_t%5D%2C%20axis%3D1)%0A%0A%20%20%20%20if%20ref_col_t%20in%20_tmed.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_tmed%20%3D%20_tmed.drop(columns%3D%5Bref_col_t%5D)%0A%0A%20%20%20%20payer_cols_t%20%20%20%20%3D%20sorted(%5Bc%20for%20c%20in%20_tmed.columns%20if%20c.startswith('payer_')%5D)%0A%20%20%20%20histology_cols%20%20%3D%20sorted(%5Bc%20for%20c%20in%20_tmed.columns%20if%20c.startswith('hist_')%5D)%0A%20%20%20%20stage_cols%20%20%20%20%20%20%3D%20sorted(%5Bc%20for%20c%20in%20_tmed.columns%20if%20c.startswith('stage_')%5D)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Drop%20reference%20histology%20(most%20common)%20and%20Stage_I%0A%20%20%20%20_hist_ref%20%3D%20'hist_'%20%2B%20_tmed%5B'histology'%5D.value_counts().idxmax()%0A%20%20%20%20if%20_hist_ref%20in%20histology_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20histology_cols%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20histology_cols%20if%20c%20!%3D%20_hist_ref%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_tmed%20%3D%20_tmed.drop(columns%3D%5B_hist_ref%5D)%0A%20%20%20%20if%20'stage_Stage_I'%20in%20stage_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stage_cols%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20stage_cols%20if%20c%20!%3D%20'stage_Stage_I'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_tmed%20%3D%20_tmed.drop(columns%3D%5B'stage_Stage_I'%5D)%0A%0A%20%20%20%20_tmed%20%3D%20_tmed.dropna(subset%3D%5B'age_at_diagnosis'%5D%20%2B%20payer_cols_t)%0A%20%20%20%20tumor_mediation_df%20%3D%20_tmed%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Tumor%20Cohort%20Mediation%20Dataset%3A**%20%7Blen(tumor_mediation_df)%3A%2C%7D%20patients%20(with%20stage%20%2B%20histology)%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Reference%20payer%3A%20%7Bref_payer_t%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Payer%20dummies%3A%20%7Blen(payer_cols_t)%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Histology%20dummies%3A%20%7Blen(histology_cols)%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Stage%20dummies%3A%20%7Blen(stage_cols)%7D%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20histology_cols%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20payer_cols_t%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ref_payer_t%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stage_cols%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tumor_mediation_df%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20histology_cols%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20payer_cols_t%2C%0A%20%20%20%20ref_payer_t%2C%0A%20%20%20%20stage_cols%2C%0A%20%20%20%20tumor_mediation_df%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20import%20statsmodels.formula.api%20as%20_smf_t%0A%0A%20%20%20%20_extra_cols_t%20%3D%20histology_cols%20%2B%20stage_cols%0A%20%20%20%20_cov_t%20%3D%20'age_at_diagnosis'%20%2B%20('%20%2B%20'%20%2B%20'%20%2B%20'.join(_extra_cols_t)%20if%20_extra_cols_t%20else%20'')%0A%0A%20%20%20%20def%20_med_boot_t(df%2C%20outcome_col%2C%20payer_col%2C%20cov%2C%20n_rep%3D200)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_acmes%2C%20_ades%2C%20_totals%20%3D%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_%20in%20range(n_rep)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_b%20%3D%20df.sample(n%3Dlen(df)%2C%20replace%3DTrue).reset_index(drop%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_mfit%20%3D%20_smf_t.logit(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'treated%20~%20%7Bpayer_col%7D%20%2B%20%7Bcov%7D'%2C%20data%3D_b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).fit(disp%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ofit%20%3D%20_smf_t.logit(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'%7Boutcome_col%7D%20~%20treated%20%2B%20%7Bpayer_col%7D%20%2B%20%7Bcov%7D'%2C%20data%3D_b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).fit(disp%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_d0%20%3D%20df.assign(**%7Bpayer_col%3A%200%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_d1%20%3D%20df.assign(**%7Bpayer_col%3A%201%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m0s%20%3D%20np.random.binomial(1%2C%20np.clip(_mfit.predict(_d0).values%2C%200%2C%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m1s%20%3D%20np.random.binomial(1%2C%20np.clip(_mfit.predict(_d1).values%2C%200%2C%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y00%20%3D%20float(_ofit.predict(_d0.assign(treated%3D_m0s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y01%20%3D%20float(_ofit.predict(_d0.assign(treated%3D_m1s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y10%20%3D%20float(_ofit.predict(_d1.assign(treated%3D_m0s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y11%20%3D%20float(_ofit.predict(_d1.assign(treated%3D_m1s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_acmes.append(_y11%20-%20_y10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ades.append(_y11%20-%20_y01)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_totals.append(_y11%20-%20_y00)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_a%20%3D%20np.array(_acmes)%3B%20_d%20%3D%20np.array(_ades)%3B%20_t%20%3D%20np.array(_totals)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_a)%20%3C%2010%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20RuntimeError('too%20many%20bootstrap%20failures')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_acme%20%3D%20float(_a.mean())%3B%20_ade%20%3D%20float(_d.mean())%3B%20_total%20%3D%20float(_t.mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_prop%20%3D%20_acme%20%2F%20_total%20if%20abs(_total)%20%3E%201e-10%20else%20float('nan')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%3D%20float(np.percentile(_a%2C%202.5))%3B%20_hi%20%3D%20float(np.percentile(_a%2C%2097.5))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_p%20%3D%20float(max(2%20*%20min((_a%20%3E%200).mean()%2C%20(_a%20%3C%200).mean())%2C%201%20%2F%20n_rep))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_acme%2C%20_ade%2C%20_total%2C%20_prop%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_p%0A%0A%20%20%20%20_lines_t%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Mediation%20Analysis%3A%20Tumor%20Cohort**%20(reference%20payer%3A%20%7Bref_payer_t%7D)%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22*Controls%3A%20age%2C%20histology%2C%20stage.%20Bootstrap%20n%3D200.%20ACME%20%3D%20indirect%20effect%20through%20treatment.*%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_horizon_t%2C%20_outcome_t%20in%20%5B('2-Year'%2C%20'event_2yr')%2C%20('5-Year'%2C%20'event_5yr')%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_t%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5Cn**%7B_horizon_t%7D%20Horizon**%20(%60%7B_outcome_t%7D%60)%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20(vs%20ref)%20%7C%20ACME%20%7C%20ADE%20%7C%20Total%20%7C%20Prop.%20Med.%20%7C%20ACME%2095%25%20CI%20%7C%20p(ACME)%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C----------------%7C------%7C-----%7C-------%7C-----------%7C-------------%7C---------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_pc_t%20in%20payer_cols_t%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_label_t%20%3D%20_pc_t.replace('payer_'%2C%20'').replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_acme%2C%20_ade%2C%20_total%2C%20_prop%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_p%20%3D%20_med_boot_t(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tumor_mediation_df%2C%20_outcome_t%2C%20_pc_t%2C%20_cov_t%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'%5C%5C*'%20if%20_p%20%3C%200.05%20else%20''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_t.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7B_label_t%7D%20%7C%20%7B_acme%3A.4f%7D%20%7C%20%7B_ade%3A.4f%7D%20%7C%20%7B_total%3A.4f%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_prop%3A.3f%7D%20%7C%20%5B%7B_lo%3A.4f%7D%2C%20%7B_hi%3A.4f%7D%5D%20%7C%20%7B_p%3A.4f%7D%7B_sig%7D%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20_e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows_t.append(f%22%7C%20%7B_label_t%7D%20%7C%20error%3A%20%7B_e%7D%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lines_t.extend(_rows_t)%0A%0A%20%20%20%20mo.md('%5Cn'.join(_lines_t))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20histology_cols%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20payer_cols_t%2C%0A%20%20%20%20ref_payer_t%2C%0A%20%20%20%20stage_cols%2C%0A%20%20%20%20tumor_mediation_df%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20import%20statsmodels.formula.api%20as%20_smf_tols%0A%0A%20%20%20%20_extra_cols_tols%20%3D%20histology_cols%20%2B%20stage_cols%0A%20%20%20%20_cov_tols%20%3D%20'age_at_diagnosis'%20%2B%20('%20%2B%20'%20%2B%20'%20%2B%20'.join(_extra_cols_tols)%20if%20_extra_cols_tols%20else%20'')%0A%0A%20%20%20%20def%20_med_boot_tols(df%2C%20payer_col%2C%20cov%2C%20n_rep%3D200)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_acmes%2C%20_ades%2C%20_totals%20%3D%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_%20in%20range(n_rep)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_b%20%3D%20df.sample(n%3Dlen(df)%2C%20replace%3DTrue).reset_index(drop%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_mfit%20%3D%20_smf_tols.logit(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'treated%20~%20%7Bpayer_col%7D%20%2B%20%7Bcov%7D'%2C%20data%3D_b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).fit(disp%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ofit%20%3D%20_smf_tols.ols(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f'survival_days%20~%20treated%20%2B%20%7Bpayer_col%7D%20%2B%20%7Bcov%7D'%2C%20data%3D_b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).fit()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_d0%20%3D%20df.assign(**%7Bpayer_col%3A%200%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_d1%20%3D%20df.assign(**%7Bpayer_col%3A%201%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m0s%20%3D%20np.random.binomial(1%2C%20np.clip(_mfit.predict(_d0).values%2C%200%2C%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_m1s%20%3D%20np.random.binomial(1%2C%20np.clip(_mfit.predict(_d1).values%2C%200%2C%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y00%20%3D%20float(_ofit.predict(_d0.assign(treated%3D_m0s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y01%20%3D%20float(_ofit.predict(_d0.assign(treated%3D_m1s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y10%20%3D%20float(_ofit.predict(_d1.assign(treated%3D_m0s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_y11%20%3D%20float(_ofit.predict(_d1.assign(treated%3D_m1s)).mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_acmes.append(_y11%20-%20_y10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ades.append(_y11%20-%20_y01)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_totals.append(_y11%20-%20_y00)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_a%20%3D%20np.array(_acmes)%3B%20_d%20%3D%20np.array(_ades)%3B%20_t%20%3D%20np.array(_totals)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_a)%20%3C%2010%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20RuntimeError('too%20many%20bootstrap%20failures')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_acme%20%3D%20float(_a.mean())%3B%20_ade%20%3D%20float(_d.mean())%3B%20_total%20%3D%20float(_t.mean())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_prop%20%3D%20_acme%20%2F%20_total%20if%20abs(_total)%20%3E%201e-10%20else%20float('nan')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lo%20%3D%20float(np.percentile(_a%2C%202.5))%3B%20_hi%20%3D%20float(np.percentile(_a%2C%2097.5))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_p%20%3D%20float(max(2%20*%20min((_a%20%3E%200).mean()%2C%20(_a%20%3C%200).mean())%2C%201%20%2F%20n_rep))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20_acme%2C%20_ade%2C%20_total%2C%20_prop%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_p%0A%0A%20%20%20%20_lines_tols%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Sensitivity%3A%20Continuous%20Outcome%20(survival_days)**%20%E2%80%94%20Tumor%20Cohort%20(reference%3A%20%7Bref_payer_t%7D)%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22*Controls%3A%20age%2C%20histology%2C%20stage.%20%E2%9A%A0%20Censored%20patients%20have%20truncated%20survival_days.*%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Payer%20(vs%20ref)%20%7C%20ACME%20(days)%20%7C%20ADE%20(days)%20%7C%20Total%20(days)%20%7C%20Prop.%20Med.%20%7C%20ACME%2095%25%20CI%20%7C%20p(ACME)%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C----------------%7C-------------%7C-----------%7C--------------%7C-----------%7C-------------%7C---------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20for%20_pc_tols%20in%20payer_cols_t%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_label_tols%20%3D%20_pc_tols.replace('payer_'%2C%20'').replace('_'%2C%20'%20')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_acme%2C%20_ade%2C%20_total%2C%20_prop%2C%20_lo%2C%20_hi%2C%20_p%20%3D%20_med_boot_tols(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tumor_mediation_df%2C%20_pc_tols%2C%20_cov_tols%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sig%20%3D%20'%5C%5C*'%20if%20_p%20%3C%200.05%20else%20''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lines_tols.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7B_label_tols%7D%20%7C%20%7B_acme%3A.1f%7D%20%7C%20%7B_ade%3A.1f%7D%20%7C%20%7B_total%3A.1f%7D%20%7C%20%7B_prop%3A.3f%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5B%7B_lo%3A.1f%7D%2C%20%7B_hi%3A.1f%7D%5D%20%7C%20%7B_p%3A.4f%7D%7B_sig%7D%20%7C%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20_e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_lines_tols.append(f%22%7C%20%7B_label_tols%7D%20%7C%20error%3A%20%7B_e%7D%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%20%7C%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.md('%5Cn'.join(_lines_tols))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%208.%20Enrollment%20%2F%20Death%20Signal%20Consistency%0A%0A%20%20%20%20Two%20data%20quality%20checks%20on%20the%20relationship%20between%20enrollment%20records%20and%20death%20signals%3A%0A%0A%20%20%20%201.%20**Death%20with%20active%20enrollment**%3A%20Patients%20who%20have%20a%20recorded%20death%20date%20but%20still%20have%20an%20enrollment%20period%20*starting*%20after%20their%20death%20date.%0A%20%20%20%202.%20**Enrollment%20lapse%20without%20death**%3A%20Patients%20with%20no%20death%20signal%20whose%20last%20enrollment%20terminated%20more%20than%20%60LAPSE_YEARS%60%20before%20the%20end%20of%20the%20observation%20window%20%E2%80%94%20potential%20unreported%20deaths%20or%20permanent%20disenrollment.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20lapse_years_slider%20%3D%20mo.ui.slider(start%3D1%2C%20stop%3D5%2C%20step%3D1%2C%20value%3D1%2C%20label%3D'Lapse%20threshold%20(years)')%0A%20%20%20%20lapse_years_slider%0A%20%20%20%20return%20(lapse_years_slider%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20enrollment_final%2C%0A%20%20%20%20lapse_years_slider%2C%0A%20%20%20%20member_enrollment_df%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20patient_df%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20_lapse_years%20%3D%20lapse_years_slider.value%0A%0A%20%20%20%20_cohort_ids%20%3D%20set(enrollment_final%5B'patient_id'%5D)%0A%0A%20%20%20%20_enr%20%3D%20member_enrollment_df%5Bmember_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids)%5D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B'patient_id'%2C%20'effective_date'%2C%20'termination_date'%5D%0A%20%20%20%20%5D.copy()%0A%0A%20%20%20%20_deaths%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20patient_df%5Bpatient_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids)%5D%5B%5B'patient_id'%2C%20'month_year_death'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.loc%5Blambda%20df%3A%20df%5B'month_year_death'%5D.notna()%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%20Check%201%3A%20enrollment%20period%20starting%20after%20death%20date%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20_enr_dead%20%3D%20_enr.merge(_deaths%2C%20on%3D'patient_id'%2C%20how%3D'inner')%0A%20%20%20%20_pts_enr_starts_after%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr_dead%5B_enr_dead%5B'effective_date'%5D%20%3E%20_enr_dead%5B'month_year_death'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B'patient_id'%5D.nunique()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_total_with_death%20%3D%20_deaths%5B'patient_id'%5D.nunique()%0A%0A%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%20Check%202%3A%20no%20death%20signal%2C%20last%20enrollment%20ended%20%3E%20LAPSE_YEARS%20before%20obs%20end%0A%20%20%20%20_dead_ids%20%3D%20set(_deaths%5B'patient_id'%5D)%0A%20%20%20%20_enr_no_death%20%3D%20_enr%5B~_enr%5B'patient_id'%5D.isin(_dead_ids)%5D%0A%20%20%20%20_last_term%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr_no_death.groupby('patient_id')%5B'termination_date'%5D.max()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B'termination_date'%3A%20'last_termination'%7D)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_obs_end%20%3D%20_enr%5B'termination_date'%5D.max()%0A%20%20%20%20_lapse_cutoff%20%3D%20_obs_end%20-%20pd.Timedelta(days%3Dint(_lapse_years%20*%20365.25))%0A%20%20%20%20_lapsed%20%3D%20_last_term%5B_last_term%5B'last_termination'%5D%20%3C%20_lapse_cutoff%5D%0A%20%20%20%20_total_no_death%20%3D%20len(_last_term)%0A%0A%20%20%20%20_lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Cohort%3A**%20%7Blen(_cohort_ids)%3A%2C%7D%20patients%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Observation%20window%20end%3A%20%7B_obs_end.date()%7D%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Lapse%20threshold%3A%20%7B_lapse_years%7D%20year(s)%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23%23%23%20Check%201%3A%20Death%20signal%20with%20enrollment%20starting%20after%20death%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Metric%20%7C%20N%20%7C%20%25%20of%20patients%20with%20death%20signal%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C--------%7C---%7C---------------------------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Patients%20with%20recorded%20death%20date%20%7C%20%7B_total_with_death%3A%2C%7D%20%7C%20100%25%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20...%20with%20an%20enrollment%20period%20**starting%20after**%20death%20date%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B_pts_enr_starts_after%3A%2C%7D%20%7C%20%7B_pts_enr_starts_after%20%2F%20_total_with_death%20*%20100%3A.1f%7D%25%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%23%23%23%20Check%202%3A%20Enrollment%20lapse%20%E2%89%A5%20%7B_lapse_years%7D%20year(s)%20without%20death%20signal%5Cn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%20Metric%20%7C%20N%20%7C%20%25%20of%20patients%20without%20death%20signal%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C--------%7C---%7C-------------------------------------%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Patients%20without%20recorded%20death%20date%20%7C%20%7B_total_no_death%3A%2C%7D%20%7C%20100%25%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20...%20last%20enrollment%20ended%20%3E%20%7B_lapse_years%7D%20year(s)%20before%20obs%20window%20end%20%7C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Blen(_lapsed)%3A%2C%7D%20%7C%20%7Blen(_lapsed)%20%2F%20_total_no_death%20*%20100%3A.1f%7D%25%20%7C%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.md('%5Cn'.join(_lines))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20member_enrollment_df%2C%20mo%2C%20patient_df%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20_cohort_ids2%20%3D%20set(enrollment_final%5B'patient_id'%5D)%0A%0A%20%20%20%20_enr2%20%3D%20member_enrollment_df%5Bmember_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids2)%5D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B'patient_id'%2C%20'effective_date'%2C%20'termination_date'%5D%0A%20%20%20%20%5D.copy()%0A%0A%20%20%20%20_dead_ids2%20%3D%20set(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20patient_df%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20patient_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids2)%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20patient_df%5B'month_year_death'%5D.notna()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%5B'patient_id'%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_obs_end2%20%3D%20_enr2%5B'termination_date'%5D.max()%0A%20%20%20%20_one_year_ago%20%3D%20_obs_end2%20-%20pd.Timedelta(days%3D365)%0A%0A%20%20%20%20%23%20No%20death%20signal%2C%20and%20has%20at%20least%20one%20enrollment%20period%20that%20overlaps%20the%20last%20year%3A%0A%20%20%20%20%23%20effective_date%20%3C%3D%20obs_end%20AND%20termination_date%20%3E%3D%20one_year_ago%0A%20%20%20%20_enr_no_death2%20%3D%20_enr2%5B~_enr2%5B'patient_id'%5D.isin(_dead_ids2)%5D%0A%20%20%20%20_active_last_year%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_enr_no_death2%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(_enr_no_death2%5B'effective_date'%5D%20%3C%3D%20_obs_end2)%20%26%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(_enr_no_death2%5B'termination_date'%5D%20%3E%3D%20_one_year_ago)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%5B'patient_id'%5D.nunique()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_total_no_death2%20%3D%20_enr_no_death2%5B'patient_id'%5D.nunique()%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Diagnostic%20%E2%80%94%20No%20death%20date%2C%20active%20enrollment%20in%20last%20year%20of%20obs%20window**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Observation%20window%20end%3A%20%7B_obs_end2.date()%7D%20%7C%20Last-year%20window%3A%20%7B_one_year_ago.date()%7D%20%E2%86%92%20%7B_obs_end2.date()%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Metric%20%7C%20N%20%7C%5Cn%7C--------%7C---%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Cohort%20patients%20without%20death%20date%20%7C%20%7B_total_no_death2%3A%2C%7D%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20...%20with%20enrollment%20overlapping%20last%20year%20of%20obs%20window%20%7C%20%7B_active_last_year%3A%2C%7D%20(%7B_active_last_year%20%2F%20_total_no_death2%20*%20100%3A.1f%7D%25)%20%7C%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20go%2C%20member_enrollment_df%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20_cohort_ids3%20%3D%20set(enrollment_final%5B'patient_id'%5D)%0A%20%20%20%20_enr3%20%3D%20member_enrollment_df%5Bmember_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids3)%5D.copy()%0A%20%20%20%20_enr3%5B'duration_days'%5D%20%3D%20(_enr3%5B'termination_date'%5D%20-%20_enr3%5B'effective_date'%5D).dt.days%0A%20%20%20%20_enr3%5B'duration_months'%5D%20%3D%20_enr3%5B'duration_days'%5D%20%2F%2030.44%0A%0A%20%20%20%20_d%20%3D%20_enr3%5B'duration_days'%5D%0A%20%20%20%20_stats%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Enrollment%20period%20duration%20(days)**%20%E2%80%94%20%7Blen(_enr3)%3A%2C%7D%20periods%20across%20%7B_enr3%5B'patient_id'%5D.nunique()%3A%2C%7D%20patients%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20%7C%20%7C%5Cn%7C---%7C---%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Median%20%7C%20%7B_d.median()%3A.0f%7D%20days%20(%7B_d.median()%2F30.44%3A.1f%7D%20mo)%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Mean%20%7C%20%7B_d.mean()%3A.0f%7D%20days%20(%7B_d.mean()%2F30.44%3A.1f%7D%20mo)%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Min%20%7C%20%7B_d.min()%3A.0f%7D%20days%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%20Max%20%7C%20%7B_d.max()%3A.0f%7D%20days%20(%7B_d.max()%2F365.25%3A.1f%7D%20yr)%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%2025th%20pct%20%7C%20%7B_d.quantile(0.25)%3A.0f%7D%20days%20%7C%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7C%2075th%20pct%20%7C%20%7B_d.quantile(0.75)%3A.0f%7D%20days%20%7C%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_plot_data%20%3D%20_enr3%5B_enr3%5B'duration_months'%5D%20%3E%3D%200%5D.copy()%0A%20%20%20%20_plot_data%5B'duration_years'%5D%20%3D%20_plot_data%5B'duration_months'%5D%20%2F%2012%0A%20%20%20%20_edges_yr%20%3D%20list(range(0%2C%2011))%0A%20%20%20%20_labels_yr%20%3D%20%5Bf'%7B_edges_yr%5Bi%5D%7D%E2%80%93%7B_edges_yr%5Bi%2B1%5D%7D'%20for%20i%20in%20range(len(_edges_yr)%20-%201)%5D%20%2B%20%5B'10%2B'%5D%0A%20%20%20%20_plot_data%5B'bin'%5D%20%3D%20pd.cut(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_plot_data%5B'duration_years'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bins%3D_edges_yr%20%2B%20%5Bfloat('inf')%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3D_labels_yr%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20right%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_bin_counts%20%3D%20_plot_data%5B'bin'%5D.value_counts().reindex(_labels_yr).fillna(0).reset_index()%0A%20%20%20%20_bin_counts.columns%20%3D%20%5B'bin'%2C%20'count'%5D%0A%0A%20%20%20%20_fig%20%3D%20go.Figure(go.Bar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D_bin_counts%5B'bin'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D_bin_counts%5B'count'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20marker_line_width%3D0.3%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20marker_line_color%3D'white'%2C%0A%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20_fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Distribution%20of%20Enrollment%20Period%20Duration'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xaxis_title%3D'Duration%20(years)'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yaxis_title%3D'Number%20of%20enrollment%20periods'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bargap%3D0.02%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(_stats)%2C%20_fig%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20member_enrollment_df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20_cohort_ids_diag%20%3D%20set(enrollment_final%5B'patient_id'%5D)%0A%20%20%20%20_enr_diag%20%3D%20member_enrollment_df%5Bmember_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids_diag)%5D.copy()%0A%20%20%20%20_enr_diag%5B'duration_days'%5D%20%3D%20(_enr_diag%5B'termination_date'%5D%20-%20_enr_diag%5B'effective_date'%5D).dt.days%0A%20%20%20%20_enr_diag%5B'duration_years'%5D%20%3D%20(_enr_diag%5B'duration_days'%5D%20%2F%20365.25).round(1)%0A%20%20%20%20_top%20%3D%20_enr_diag.sort_values('duration_days'%2C%20ascending%3DFalse).head(300)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**Top%20300%20longest%20enrollment%20periods**%20%E2%80%94%20max%20is%20%7B_enr_diag%5B'duration_days'%5D.max()%3A%2C%7D%20days%20(%7B_enr_diag%5B'duration_days'%5D.max()%2F365.25%3A.1f%7D%20yr)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(_top%5B%5B'patient_id'%2C%20'effective_date'%2C%20'termination_date'%2C%20'duration_days'%2C%20'duration_years'%2C%20'payer_type'%2C%20'plan_design'%5D%5D)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20member_enrollment_df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20_cohort_ids4%20%3D%20set(enrollment_final%5B'patient_id'%5D)%0A%20%20%20%20_enr4%20%3D%20member_enrollment_df%5Bmember_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids4)%5D.copy()%0A%20%20%20%20_enr4%5B'duration_days'%5D%20%3D%20(_enr4%5B'termination_date'%5D%20-%20_enr4%5B'effective_date'%5D).dt.days%0A%0A%20%20%20%20_negative%20%3D%20_enr4%5B_enr4%5B'duration_days'%5D%20%3C%200%5D.sort_values('duration_days')%0A%20%20%20%20_over_24m%20%3D%20_enr4%5B_enr4%5B'duration_days'%5D%20%3E%2024%20*%2030.44%5D.sort_values('duration_days'%2C%20ascending%3DFalse)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**Negative%20duration%20periods%3A%20%7Blen(_negative)%3A%2C%7D**%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(_negative)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**Periods%20over%2024%20months%3A%20%7Blen(_over_24m)%3A%2C%7D**%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(_over_24m)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(enrollment_final%2C%20member_enrollment_df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20_cohort_ids5%20%3D%20set(enrollment_final%5B'patient_id'%5D)%0A%20%20%20%20_enr5%20%3D%20member_enrollment_df%5Bmember_enrollment_df%5B'patient_id'%5D.isin(_cohort_ids5)%5D.copy()%0A%20%20%20%20_enr5%5B'duration_years'%5D%20%3D%20(_enr5%5B'termination_date'%5D%20-%20_enr5%5B'effective_date'%5D).dt.days%20%2F%20365.25%0A%0A%20%20%20%20_long%20%3D%20_enr5%5B_enr5%5B'duration_years'%5D%20%3E%206%5D%0A%20%20%20%20_grouped%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_long.groupby(%5B'effective_date'%2C%20'termination_date'%5D%2C%20as_index%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.size()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B'size'%3A%20'count'%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values('count'%2C%20ascending%3DFalse)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20_grouped%5B'duration_years'%5D%20%3D%20((_grouped%5B'termination_date'%5D%20-%20_grouped%5B'effective_date'%5D).dt.days%20%2F%20365.25).round(1)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**Enrollment%20periods%20with%20duration%20%3E%206%20years%3A%20%7Blen(_long)%3A%2C%7D%20records%20%E2%80%94%20%7B_grouped%5B'effective_date'%5D.nunique()%7D%20unique%20(effective%2C%20termination)%20pairs**%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(_grouped%5B%5B'effective_date'%2C%20'termination_date'%2C%20'duration_years'%2C%20'count'%5D%5D)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A